seq1 = pF1KE1553.tfa, 1896 bp
seq2 = pF1KE1553/gi568815594r_53360910.tfa (gi568815594r:53360910_53657965), 297056 bp

>pF1KE1553 1896
>gi568815594r:53360910_53657965 (Chr4)

(complement)

1-92  (100001-100092)   100% ->
93-334  (149739-149980)   100% ->
335-487  (150497-150649)   100% ->
488-690  (159123-159325)   100% ->
691-1062  (161572-161943)   100% ->
1063-1197  (176112-176246)   100% ->
1198-1375  (179224-179401)   100% ->
1376-1604  (180985-181213)   100% ->
1605-1763  (196373-196531)   100% ->
1764-1896  (196924-197056)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGCGCTTCTGTTGCTGGTCTTGCCTTGGCTCAGTCCTGCTAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGCGCTTCTGTTGCTGGTCTTGCCTTGGCTCAGTCCTGCTAACTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTGACAATGTGGGCAACCTGCACTTCCTGTATTCAGAACT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 CATTGACAATGTGGGCAACCTGCACTTCCTGTATTCAGAACTGTG...CA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  CTGTAAAGGTGCCTCCCACTACGGCCTGACCAAAGATAGGAAGAGGCGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149738 GCTGTAAAGGTGCCTCCCACTACGGCCTGACCAAAGATAGGAAGAGGCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCACAAGATGGCTGTCCAGACGGCTGTGCGAGCCTCACAGCCACGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149788 TCACAAGATGGCTGTCCAGACGGCTGTGCGAGCCTCACAGCCACGGCTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCCCCAGAGGTTTCTGCAGCTGCCACCATCTCCTTAATGACAGACGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149838 CTCCCCAGAGGTTTCTGCAGCTGCCACCATCTCCTTAATGACAGACGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGGCCTAGACAACCCTGCCTACGTGTCCTCGGCAGAGGACGGGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149888 CTGGCCTAGACAACCCTGCCTACGTGTCCTCGGCAGAGGACGGGCAGCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCAATCAGCCCAGTGGACTCTGGCCGGAGCAACCGAACTAGGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 149938 GCAATCAGCCCAGTGGACTCTGGCCGGAGCAACCGAACTAGGGGTG...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    335   CACGGCCCTTTGAGAGATCCACTATTAGAAGCAGATCATTTAAAAAAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150495 AGCACGGCCCTTTGAGAGATCCACTATTAGAAGCAGATCATTTAAAAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAAATCGAGCTTTGAGTGTTCTTCGAAGGACAAAGAGCGGGAGTGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150545 TAAATCGAGCTTTGAGTGTTCTTCGAAGGACAAAGAGCGGGAGTGCAGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCAACCATGCCGACCAGGGCAGGGAAAATTCTGAAAACACCACTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150595 GCCAACCATGCCGACCAGGGCAGGGAAAATTCTGAAAACACCACTGCCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGAAG         TCTTTCCAAGGTTGTACCACCTGATTCCAGATGGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150645 TGAAGGTA...CAGTCTTTCCAAGGTTGTACCACCTGATTCCAGATGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAATTACCAGCATCAAGATCAATCGAGTAGATCCCAGTGAAAGCCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159159 AAATTACCAGCATCAAGATCAATCGAGTAGATCCCAGTGAAAGCCTCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATTAGGCTGGTGGGAGGTAGCGAAACCCCACTGGTCCATATCATTATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159209 ATTAGGCTGGTGGGAGGTAGCGAAACCCCACTGGTCCATATCATTATCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACACATTTATCGTGATGGGGTGATCGCCAGAGACGGCCGGCTACTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159259 ACACATTTATCGTGATGGGGTGATCGCCAGAGACGGCCGGCTACTGCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GAGACATCATTCTAAAG         GTCAACGGGATGGACATCAGCAAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 159309 GAGACATCATTCTAAAGGTA...CAGGTCAACGGGATGGACATCAGCAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTCCCTCACAACTACGCTGTGCGTCTCCTGCGGCAGCCCTGCCAGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161596 GTCCCTCACAACTACGCTGTGCGTCTCCTGCGGCAGCCCTGCCAGGTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTGGCTGACTGTGATGCGTGAACAGAAGTTCCGCAGCAGGAACAATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161646 GTGGCTGACTGTGATGCGTGAACAGAAGTTCCGCAGCAGGAACAATGGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGGCCCCGGATGCCTACAGACCCCGAGATGACAGCTTTCATGTGATTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161696 AGGCCCCGGATGCCTACAGACCCCGAGATGACAGCTTTCATGTGATTCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AACAAAAGTAGCCCCGAGGAGCAGCTTGGAATAAAACTGGTGCGCAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161746 AACAAAAGTAGCCCCGAGGAGCAGCTTGGAATAAAACTGGTGCGCAAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GGATGAGCCTGGGGTTTTCATCTTCAATGTGCTGGATGGCGGTGTGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161796 GGATGAGCCTGGGGTTTTCATCTTCAATGTGCTGGATGGCGGTGTGGCAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ATCGACATGGTCAGCTTGAGGAGAATGACCGTGTGTTAGCCATCAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161846 ATCGACATGGTCAGCTTGAGGAGAATGACCGTGTGTTAGCCATCAATGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CATGATCTTCGATATGGCAGCCCAGAAAGTGCGGCTCATCTGATTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 161896 CATGATCTTCGATATGGCAGCCCAGAAAGTGCGGCTCATCTGATTCAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1063        GCCAGTGAAAGACGTGTTCACCTCGTCGTGTCCCGCCAGGTTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161946 G...CAGGCCAGTGAAAGACGTGTTCACCTCGTCGTGTCCCGCCAGGTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GGCAGCGGAGCCCTGACATCTTTCAGGAAGCCGGCTGGAACAGCAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176155 GGCAGCGGAGCCCTGACATCTTTCAGGAAGCCGGCTGGAACAGCAATGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AGCTGGTCCCCAGGGCCAGGGGAGAGGAGCAACACTCCCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 176205 AGCTGGTCCCCAGGGCCAGGGGAGAGGAGCAACACTCCCAAGGTG...CA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1198  CCCCTCCATCCTACAATTACTTGTCATGAGAAGGTGGTAAATATCCAAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179223 GCCCCTCCATCCTACAATTACTTGTCATGAGAAGGTGGTAAATATCCAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AAGACCCCGGTGAATCTCTCGGCATGACCGTCGCAGGGGGAGCATCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179273 AAGACCCCGGTGAATCTCTCGGCATGACCGTCGCAGGGGGAGCATCACAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 AGAGAATGGGATTTGCCTATCTATGTCATCAGTGTTGAGCCCGGAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179323 AGAGAATGGGATTTGCCTATCTATGTCATCAGTGTTGAGCCCGGAGGAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CATAAGCAGAGATGGAAGAATAAAAACAG         GTGACATTTTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 179373 CATAAGCAGAGATGGAAGAATAAAAACAGGTA...CAGGTGACATTTTGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TGAATGTGGATGGGGTCGAACTGACAGAGGTCAGCCGGAGTGAGGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180997 TGAATGTGGATGGGGTCGAACTGACAGAGGTCAGCCGGAGTGAGGCAGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GCATTATTGAAAAGAACATCATCCTCGATAGTACTCAAAGCTTTGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181047 GCATTATTGAAAAGAACATCATCCTCGATAGTACTCAAAGCTTTGGAAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CAAAGAGTATGAGCCCCAGGAAGACTGCAGCAGCCCAGCAGCCCTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181097 CAAAGAGTATGAGCCCCAGGAAGACTGCAGCAGCCCAGCAGCCCTGGACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CCAACCACAACATGGCCCCACCCAGTGACTGGTCCCCATCCTGGGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181147 CCAACCACAACATGGCCCCACCCAGTGACTGGTCCCCATCCTGGGTCATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 TGGCTGGAATTACCACG         GTGCTTGTATAACTGTAAAGATAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 181197 TGGCTGGAATTACCACGGTA...CAGGTGCTTGTATAACTGTAAAGATAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 TGTATTACGAAGAAACACAGCTGGAAGTCTGGGCTTCTGCATTGTAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196397 TGTATTACGAAGAAACACAGCTGGAAGTCTGGGCTTCTGCATTGTAGGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 GTTATGAAGAATACAATGGAAACAAACCTTTTTTCATCAAATCCATTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196447 GTTATGAAGAATACAATGGAAACAAACCTTTTTTCATCAAATCCATTGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 GAAGGAACACCAGCATACAATGATGGAAGAATTAG         ATGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 196497 GAAGGAACACCAGCATACAATGATGGAAGAATTAGGTA...TAGATGTGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 TGATATTCTTCTTGCTGTCAATGGTAGAAGTACATCAGGAATGATACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196930 TGATATTCTTCTTGCTGTCAATGGTAGAAGTACATCAGGAATGATACATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 CTTGCTTGGCAAGACTGCTGAAAGAACTTAAAGGAAGAATTACTCTAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196980 CTTGCTTGGCAAGACTGCTGAAAGAACTTAAAGGAAGAATTACTCTAACT

   1950     .    :    .    :    .
   1870 ATTGTTTCTTGGCCTGGCACTTTTTTA
        |||||||||||||||||||||||||||
 197030 ATTGTTTCTTGGCCTGGCACTTTTTTA