seq1 = pF1KE1552.tfa, 1680 bp
seq2 = pF1KE1552/gi568815588f_113453122.tfa (gi568815588f:113453122_113688366), 235245 bp

>pF1KE1552 1680
>gi568815588f:113453122_113688366 (Chr10)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-106  (114368-114404)   100% ->
107-223  (121168-121284)   100% ->
224-331  (122776-122883)   100% ->
332-448  (124029-124145)   100% ->
449-568  (124905-125024)   100% ->
569-740  (125506-125677)   100% ->
741-838  (127474-127571)   100% ->
839-1094  (128755-129010)   100% ->
1095-1237  (130095-130237)   100% ->
1238-1372  (131027-131161)   100% ->
1373-1518  (132672-132817)   100% ->
1519-1680  (135084-135245)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTGCCAGGATGTCTGATCTCCATGTTCTGCTGTTAATGGCTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTGCCAGGATGTCTGATCTCCATGTTCTGCTGTTAATGGCTCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGAAAGACAGCCTGTGGG         TTCTCCCTGATGTCTTTATTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 GGGAAAGACAGCCTGTGGGGTA...CAGTTCTCCCTGATGTCTTTATTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAGCCTGGACCCAG         ACTGGACCCCTGACCAGTATGATTAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 114390 AAAGCCTGGACCCAGGTA...CAGACTGGACCCCTGACCAGTATGATTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGCTACGAGGATTATAATCAGGAAGAGAACACCAGTAGCACACTTACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121194 AGCTACGAGGATTATAATCAGGAAGAGAACACCAGTAGCACACTTACCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGCTGAGAATCCTGACTGGTACTACACTGAGGACCAAGCTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 121244 CGCTGAGAATCCTGACTGGTACTACACTGAGGACCAAGCTGGTA...TAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATCCATGCCAGCCCAACCCCTGTGAACACGGTGGGGACTGCCTCGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122776 ATCCATGCCAGCCCAACCCCTGTGAACACGGTGGGGACTGCCTCGTCCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGGAGCACCTTCACATGCAGCTGCCTGGCTCCTTTCTCTGGGAATAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122826 GGGAGCACCTTCACATGCAGCTGCCTGGCTCCTTTCTCTGGGAATAAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCAGAAAG         TGCAAAATACGTGCAAGGACAACCCATGTGGCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 122876 TCAGAAAGGTG...CAGTGCAAAATACGTGCAAGGACAACCCATGTGGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GGGGCCAATGTCTCATTACCCAGAGTCCTCCCTACTACCGCTGTGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124062 GGGGCCAATGTCTCATTACCCAGAGTCCTCCCTACTACCGCTGTGTCTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAACACCCTTACACAGGTCCCAGCTGCTCCCAAG         TGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 124112 AAACACCCTTACACAGGTCCCAGCTGCTCCCAAGGTA...CAGTGGTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGTATGCAGGCCAAACCCCTGCCAGAATGGGGCTACCTGCTCCCGGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124912 TGTATGCAGGCCAAACCCCTGCCAGAATGGGGCTACCTGCTCCCGGCATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGCGGAGATCCAAGTTCACCTGTGCCTGTCCCGACCAGTTCAAGGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124962 AGCGGAGATCCAAGTTCACCTGTGCCTGTCCCGACCAGTTCAAGGGGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTCTGTGAAATAG         GTTCTGATGACTGCTATGTTGGCGATGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 125012 TTCTGTGAAATAGGTA...GAGGTTCTGATGACTGCTATGTTGGCGATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTACTCTTACCGAGGGAAAATGAATAGGACAGTCAACCAGCATGCGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125534 CTACTCTTACCGAGGGAAAATGAATAGGACAGTCAACCAGCATGCGTGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTTACTGGAACTCCCACCTCCTCTTGCAGGAGAATTACAACATGTTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125584 TTTACTGGAACTCCCACCTCCTCTTGCAGGAGAATTACAACATGTTTATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAGGATGCTGAAACCCATGGGATTGGGGAACACAATTTCTGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 125634 GAGGATGCTGAAACCCATGGGATTGGGGAACACAATTTCTGCAGGTA...

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    741    AAACCCAGATGCGGACGAAAAGCCCTGGTGCTTTATTAAAGTTACCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127471 TAGAAACCCAGATGCGGACGAAAAGCCCTGGTGCTTTATTAAAGTTACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATGACAAGGTGAAATGGGAATACTGTGATGTCTCAGCCTGCTCAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127521 ATGACAAGGTGAAATGGGAATACTGTGATGTCTCAGCCTGCTCAGCCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 G         ACGTTGCCTACCCAGAGGAAAGCCCCACTGAGCCATCAAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127571 GGTA...CAGACGTTGCCTACCCAGAGGAAAGCCCCACTGAGCCATCAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAAGCTTCCGGGGTTTGACTCCTGTGGAAAGACTGAGATAGCAGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128795 CAAGCTTCCGGGGTTTGACTCCTGTGGAAAGACTGAGATAGCAGAGAGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGATCAAGAGAATCTATGGAGGCTTTAAGAGCACGGCGGGCAAGCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128845 AGATCAAGAGAATCTATGGAGGCTTTAAGAGCACGGCGGGCAAGCACCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TGGCAGGCGTCCCTCCAGTCCTCGCTGCCTCTGACCATCTCCATGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128895 TGGCAGGCGTCCCTCCAGTCCTCGCTGCCTCTGACCATCTCCATGCCCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGGCCACTTCTGTGGTGGGGCGCTGATCCACCCCTGCTGGGTGCTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128945 GGGCCACTTCTGTGGTGGGGCGCTGATCCACCCCTGCTGGGTGCTCACTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTGCCCACTGCACCGA         CATAAAAACCAGACATCTAAAGGTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 128995 CTGCCCACTGCACCGAGTA...CAGCATAAAAACCAGACATCTAAAGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTGCTAGGGGACCAGGACCTGAAGAAAGAAGAATTTCATGAGCAGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130120 GTGCTAGGGGACCAGGACCTGAAGAAAGAAGAATTTCATGAGCAGAGCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TAGGGTGGAGAAGATATTCAAGTACAGCCACTACAATGAAAGAGATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130170 TAGGGTGGAGAAGATATTCAAGTACAGCCACTACAATGAAAGAGATGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTCCCCACAATGATATTG         CATTGCTCAAGTTAAAGCCAGTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 130220 TTCCCCACAATGATATTGGCA...TAGCATTGCTCAAGTTAAAGCCAGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GATGGTCACTGTGCTCTAGAATCCAAATACGTGAAGACTGTGTGCTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131050 GATGGTCACTGTGCTCTAGAATCCAAATACGTGAAGACTGTGTGCTTGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGATGGGTCCTTTCCCTCTGGGAGTGAGTGCCACATCTCTGGCTGGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131100 TGATGGGTCCTTTCCCTCTGGGAGTGAGTGCCACATCTCTGGCTGGGGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TTACAGAAACAG         GAAAAGGGTCCCGCCAGCTCCTGGATGCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 131150 TTACAGAAACAGGTG...CAGGAAAAGGGTCCCGCCAGCTCCTGGATGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AAAGTCAAGCTGATTGCCAACACTTTGTGCAACTCCCGCCAACTCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132701 AAAGTCAAGCTGATTGCCAACACTTTGTGCAACTCCCGCCAACTCTATGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CCACATGATTGATGACAGTATGATCTGTGCAGGAAATCTTCAGAAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132751 CCACATGATTGATGACAGTATGATCTGTGCAGGAAATCTTCAGAAACCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GGCAAGACACCTGCCAG         GGTGACTCTGGAGGCCCCCTGACC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 132801 GGCAAGACACCTGCCAGGTC...TAGGGTGACTCTGGAGGCCCCCTGACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TGTGAGAAGGACGGCACCTACTACGTCTATGGGATAGTGAGCTGGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135108 TGTGAGAAGGACGGCACCTACTACGTCTATGGGATAGTGAGCTGGGGCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GGAGTGTGGGAAGAGGCCAGGGGTCTACACCCAAGTTACCAAATTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135158 GGAGTGTGGGAAGAGGCCAGGGGTCTACACCCAAGTTACCAAATTCCTGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .
   1643 ATTGGATCAAAGCCACCATCAAAAGTGAAAGTGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135208 ATTGGATCAAAGCCACCATCAAAAGTGAAAGTGGCTTC