seq1 = pF1KE1550.tfa, 2541 bp
seq2 = pF1KE1550/gi568815581r_63719805.tfa (gi568815581r:63719805_63926902), 207098 bp

>pF1KE1550 2541
>gi568815581r:63719805_63926902 (Chr17)

(complement)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-173  (100231-100336)   100% ->
174-220  (100599-100645)   100% ->
221-300  (100768-100847)   98% ->
301-400  (101268-101367)   100% ->
401-595  (101467-101661)   100% ->
596-711  (101740-101855)   100% ->
712-816  (101974-102078)   100% ->
817-917  (102166-102266)   100% ->
918-998  (102492-102572)   100% ->
999-1154  (102664-102819)   100% ->
1155-1290  (102951-103086)   99% ->
1291-1475  (104735-104919)   100% ->
1476-1596  (105060-105180)   100% ->
1597-1886  (105260-105549)   100% ->
1887-1972  (105788-105873)   100% ->
1973-2072  (105965-106064)   100% ->
2073-2256  (106465-106648)   100% ->
2257-2351  (106730-106824)   100% ->
2352-2541  (106909-107098)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAAGAAGGGCAAAGTTGGCAAGAGCCGACGAGACAAGTTTTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCAAGAAGGGCAAAGTTGGCAAGAGCCGACGAGACAAGTTTTATCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGGCGAAGGAGACGG         GTTACCGTTCCCGATCTGCTTTCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGGCGAAGGAGACGGGTG...CAGGTTACCGTTCCCGATCTGCTTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCTGATCCAGCTCAATCGCCGCTTTCAGTTCCTGCAGAAAGCCCGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100255 AGCTGATCCAGCTCAATCGCCGCTTTCAGTTCCTGCAGAAAGCCCGAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTGCTGGACCTGTGTGCTGCGCCAGGGGGATG         GCTGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100305 TTGCTGGACCTGTGTGCTGCGCCAGGGGGATGGTT...TAGGCTGCAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGCTGCCAAGTTTATGCCTGTATCCAGCCTTATTGTGG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100608 AGCTGCCAAGTTTATGCCTGTATCCAGCCTTATTGTGGGTG...CAGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGGACCTGGTTCCAATCAAGCCTCTCCCCAATGTGGTGACTCTCCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100771 TGGACCTGGTTCCAATCAAGCCTCTCCCCAATGTGGTGACTCTCCAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GACATCACAACAGAACGTTGTAGGCAG         GCCCTGAGGAAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100821 GACATCACAACAGAACGTTGTAGGCAGGTA...TAGGCCCTGAGGAAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GCTGAAGACCTGGAAGGTTGATGTTGTGCTCAATGATGGGGCCCCCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101282 GCTGAAGACCTGGAAGGTTGATGTTGTGCTCAATGATGGGGCCCCCAACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTGGGGCTAGCTGGGTCCATGATGCTTACTCACAAG         CCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101332 TTGGGGCTAGCTGGGTCCATGATGCTTACTCACAAGGTA...CAGCCCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TTGACACTGATGGCTCTACGTTTGGCTTGTGACTTTTTGGCCCGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101472 TTGACACTGATGGCTCTACGTTTGGCTTGTGACTTTTTGGCCCGTGGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CAGCTTCATCACAAAGGTTTTCCGTTCTCGTGACTATCAGCCTCTGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101522 CAGCTTCATCACAAAGGTTTTCCGTTCTCGTGACTATCAGCCTCTGCTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGATCTTTCAGCAGCTGTTCCGCCGTGTCCAGGCCACCAAGCCCCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101572 GGATCTTTCAGCAGCTGTTCCGCCGTGTCCAGGCCACCAAGCCCCAAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCTCGCCATGAATCTGCAGAGATCTTTGTAGTCTGCCAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101622 TCTCGCCATGAATCTGCAGAGATCTTTGTAGTCTGCCAAGGTG...TAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ATTCCTGGCCCCTGACAAGGTTGACAGTAAATTCTTTGACCCCAAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101741 ATTCCTGGCCCCTGACAAGGTTGACAGTAAATTCTTTGACCCCAAATTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCTTTAAGGAGGTTGAAGTTCAGGCTAAGACCGTTACTGAATTGGTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101791 CCTTTAAGGAGGTTGAAGTTCAGGCTAAGACCGTTACTGAATTGGTTACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAGAAGAAGCCAAAG         GCTGAAGGCTATGCTGAGGGTGACCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101841 AAGAAGAAGCCAAAGGTG...AAGGCTGAAGGCTATGCTGAGGGTGACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CACTCTCTATCACCGTACCTCAGTCACTGACTTCCTCCGAGCTGCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102000 CACTCTCTATCACCGTACCTCAGTCACTGACTTCCTCCGAGCTGCCAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTGTTGACTTCCTCTCCAAGGCCAGCGAA         ATCATGGTAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102050 CTGTTGACTTCCTCTCCAAGGCCAGCGAAGTG...CAGATCATGGTAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GATGAAGAGTTGGCACAGCATCCAGCTACCACTGAGGACATACGGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102178 GATGAAGAGTTGGCACAGCATCCAGCTACCACTGAGGACATACGGGTGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTGTCAGGACATCAGAGTGTTGGGGCGCAAGGAGCTCAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102228 CTGTCAGGACATCAGAGTGTTGGGGCGCAAGGAGCTCAGGTA...CAGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CGCTACTAAACTGGAGAACAAAACTTCGGCGATATGTGGCCAAGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102494 CGCTACTAAACTGGAGAACAAAACTTCGGCGATATGTGGCCAAGAAGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAAGAACAAGCAAAGGCACTGGACATCAG         CCTCAGCTCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102544 AAAGAACAAGCAAAGGCACTGGACATCAGGTG...CAGCCTCAGCTCTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AGAGGAAGATGAAGGTGATGAGGAGGACTCAACAGCTGGAACCACAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102676 AGAGGAAGATGAAGGTGATGAGGAGGACTCAACAGCTGGAACCACAAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AGCCCTCTAAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAACAACTGAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102726 AGCCCTCTAAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAACAACTGAACCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ACCTTGGCAGAAATGAAGGCCCAGGAGGTGGCGGAATTGAAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102776 ACCTTGGCAGAAATGAAGGCCCAGGAGGTGGCGGAATTGAAGAGGTG...

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1155    GAAGAAAAAGAAGCTGTTGCGTGAGCAGAGAAAGCAGCGGGAGCGTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102948 CAGGAAGAAAAAGAAGCTGTTGCGTGAGCAGAGAAAGCAGCGGGAGCGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGGAGCTGAAGATGGATCTGCCTGGGGTTTCCATTGCAGACGAGGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102998 TGGAGCTGAAGATGGATCTGCCTGGGGTTTCCATTGCAGACGAGGGGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 ACTGGCATGTTCTCCTTGTGCACCATCCGGGGTCACCAG         TT
        |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103048 ACTGGCATGTTCTCCTTGAGCACCATCCGGGGTCACCAGGTG...CAGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 ATTAGAGGAAGTAACACAAGGGGATATGAGTGCAGCAGACACATTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104737 ATTAGAGGAAGTAACACAAGGGGATATGAGTGCAGCAGACACATTTCTGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CCGATCTGCCAAGGGATGATATCTATGTGTCAGATGTTGAGGACGACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104787 CCGATCTGCCAAGGGATGATATCTATGTGTCAGATGTTGAGGACGACGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GATGACACATCTCTGGATAGTGACCTGGATCCAGAGGAGCTGGCAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104837 GATGACACATCTCTGGATAGTGACCTGGATCCAGAGGAGCTGGCAGGAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CAGGGGACATCAGGGTCTAAGGGACCAAAAGCG         TATGCGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104887 CAGGGGACATCAGGGTCTAAGGGACCAAAAGCGGTA...CAGTATGCGAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TTACTGAAGTGCAAGATGATAAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGAATCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105068 TTACTGAAGTGCAAGATGATAAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGAATCCACTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CTGGTACCACTGGAGGAAAAGGCAGTACTGCAGGAAGAACAAGCCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105118 CTGGTACCACTGGAGGAAAAGGCAGTACTGCAGGAAGAACAAGCCAACCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GTGGTTCTCAAAG         GGCAGCTTTGCTGGGATCGAGGACGATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105168 GTGGTTCTCAAAGGTA...CAGGGCAGCTTTGCTGGGATCGAGGACGATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CCGATGAGGCCCTGGAGATCAGTCAGGCCCAGCTGTTATTTGAGAACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105288 CCGATGAGGCCCTGGAGATCAGTCAGGCCCAGCTGTTATTTGAGAACCGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CGGAAGGGACGGCAGCAGCAGCAGAAGCAGCAGCTGCCACAGACACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105338 CGGAAGGGACGGCAGCAGCAGCAGAAGCAGCAGCTGCCACAGACACCCCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TTCCTGTTTGAAGACTGAGATAATGTCTCCCCTGTACCAAGATGAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105388 TTCCTGTTTGAAGACTGAGATAATGTCTCCCCTGTACCAAGATGAAGCCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CTAAGGGAACAGAGGCTTCTTCGGGGACAGAAGCTGCCACTGGCCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105438 CTAAGGGAACAGAGGCTTCTTCGGGGACAGAAGCTGCCACTGGCCTTGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GGGGAAGAAAAGGATGGCATCTCAGACAGTGATAGCAGTACTAGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105488 GGGGAAGAAAAGGATGGCATCTCAGACAGTGATAGCAGTACTAGCAGTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GGAAGAAGAGAG         CTGGGAACCCCTCCGTGGTAAGAAGCGAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105538 GGAAGAAGAGAGGTG...CAGCTGGGAACCCCTCCGTGGTAAGAAGCGAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 GCCGTGGGCCTAAGTCAGATGATGACGGGTTTGAGATAGTGCCTATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105817 GCCGTGGGCCTAAGTCAGATGATGACGGGTTTGAGATAGTGCCTATTGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GACCCAG         CGAAACATCGGATACTGGACCCCGAAGGCCTTGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105867 GACCCAGGTG...TAGCGAAACATCGGATACTGGACCCCGAAGGCCTTGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 TCTAGGTGCTGTTATTGCCTCTTCCAAAAAGGCCAAGAGAGACCTCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105999 TCTAGGTGCTGTTATTGCCTCTTCCAAAAAGGCCAAGAGAGACCTCATAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 ATAACTCCTTCAACCG         GTACACATTTAATGAGGATGAGGGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106049 ATAACTCCTTCAACCGGTA...CAGGTACACATTTAATGAGGATGAGGGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GAGCTTCCGGAGTGGTTTGTGCAAGAGGAAAAGCAGCACCGGATACGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106490 GAGCTTCCGGAGTGGTTTGTGCAAGAGGAAAAGCAGCACCGGATACGACA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 GTTGCCTGTTGGTAAGAAGGAGGTGGAGCATTACCGGAAACGCTGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106540 GTTGCCTGTTGGTAAGAAGGAGGTGGAGCATTACCGGAAACGCTGGCGGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 AAATCAATGCACGTCCCATCAAGAAGGTGGCTGAGGCTAAGGCTAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106590 AAATCAATGCACGTCCCATCAAGAAGGTGGCTGAGGCTAAGGCTAGAAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 AAAAGGAGG         ATGCTGAAGAGGCTGGAGCAGACCAGGAAGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106640 AAAAGGAGGGTA...CAGATGCTGAAGAGGCTGGAGCAGACCAGGAAGAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 GGCAGAAGCCGTGGTGAACACAGTGGACATCTCAGAACGAGAGAAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106762 GGCAGAAGCCGTGGTGAACACAGTGGACATCTCAGAACGAGAGAAAGTGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 CACAGCTGCGAAG         TCTCTACAAGAAGGCTGGGCTTGGCAAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 106812 CACAGCTGCGAAGGTA...TAGTCTCTACAAGAAGGCTGGGCTTGGCAAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 GAGAAACGCCATGTCACCTACGTTGTAGCCAAAAAAGGTGTGGGCCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106937 GAGAAACGCCATGTCACCTACGTTGTAGCCAAAAAAGGTGTGGGCCGCAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 AGTGCGCCGGCCAGCTGGAGTCAGAGGTCATTTCAAGGTGGTGGACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106987 AGTGCGCCGGCCAGCTGGAGTCAGAGGTCATTTCAAGGTGGTGGACTCAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 GGATGAAGAAGGACCAAAGAGCACAGCAACGTAAGGAACAAAAGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107037 GGATGAAGAAGGACCAAAGAGCACAGCAACGTAAGGAACAAAAGAAAAAA

   2700     .    :
   2530 CACAAACGGAAG
        ||||||||||||
 107087 CACAAACGGAAG