seq1 = pF1KE1546.tfa, 684 bp
seq2 = pF1KE1546/gi568815586f_6100500.tfa (gi568815586f:6100500_6337825), 237326 bp

>pF1KE1546 684
>gi568815586f:6100500_6337825 (Chr12)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-175  (124927-125035)   100% ->
176-273  (132133-132230)   100% ->
274-348  (132913-132987)   100% ->
349-447  (134730-134828)   100% ->
448-537  (134977-135066)   100% ->
538-621  (135693-135776)   100% ->
622-684  (137264-137326)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGTCAAAGGAGGCACCAAGTGCATCAAATACCTGCTGTTCGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGGTCAAAGGAGGCACCAAGTGCATCAAATACCTGCTGTTCGGATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAACTTCATCTTCTGG         CTTGCCGGGATTGCTGTCCTTGCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 TAACTTCATCTTCTGGGTG...CAGCTTGCCGGGATTGCTGTCCTTGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGGACTATGGCTCCGATTCGACTCTCAGACCAAGAGCATCTTCGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124952 TTGGACTATGGCTCCGATTCGACTCTCAGACCAAGAGCATCTTCGAGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAACTAATAATAATAATTCCAGCTTCTACACAG         GAGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 125002 GAAACTAATAATAATAATTCCAGCTTCTACACAGGTG...CAGGAGTCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TATTCTGATCGGAGCCGGCGCCCTCATGATGCTGGTGGGCTTCCTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132140 TATTCTGATCGGAGCCGGCGCCCTCATGATGCTGGTGGGCTTCCTGGGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTGCGGGGCTGTGCAGGAGTCCCAGTGCATGCTGGGACTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 132190 GCTGCGGGGCTGTGCAGGAGTCCCAGTGCATGCTGGGACTGGTG...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTCTTCGGCTTCCTCTTGGTGATATTCGCCATTGAAATAGCTGCGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132913 TTCTTCGGCTTCCTCTTGGTGATATTCGCCATTGAAATAGCTGCGGCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTGGGGATATTCCCACAAGGATGAG         GTGATTAAGGAAGTCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 132963 CTGGGGATATTCCCACAAGGATGAGGTA...TAGGTGATTAAGGAAGTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGGAGTTTTACAAGGACACCTACAACAAGCTGAAAACCAAGGATGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134746 AGGAGTTTTACAAGGACACCTACAACAAGCTGAAAACCAAGGATGAGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAGCGGGAAACGCTGAAAGCCATCCACTATGCG         TTGAACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 134796 CAGCGGGAAACGCTGAAAGCCATCCACTATGCGGTA...TAGTTGAACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTGTGGTTTGGCTGGGGGCGTGGAACAGTTTATCTCAGACATCTGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134985 CTGTGGTTTGGCTGGGGGCGTGGAACAGTTTATCTCAGACATCTGCCCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGAAGGACGTACTCGAAACCTTCACCGTGAAG         TCCTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 135035 AGAAGGACGTACTCGAAACCTTCACCGTGAAGGTA...AAGTCCTGTCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GATGCCATCAAAGAGGTCTTCGACAATAAATTCCACATCATCGGCGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135702 GATGCCATCAAAGAGGTCTTCGACAATAAATTCCACATCATCGGCGCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGGCATCGGCATTGCCGTGGTCATG         ATATTTGGCATGATCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 135752 GGGCATCGGCATTGCCGTGGTCATGGTG...TAGATATTTGGCATGATCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    638 TCAGTATGATCTTGTGCTGTGCTATCCGCAGGAACCGCGAGATGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137280 TCAGTATGATCTTGTGCTGTGCTATCCGCAGGAACCGCGAGATGGTC