seq1 = pF1KE1541.tfa, 1425 bp
seq2 = pF1KE1541/gi568815597f_39959347.tfa (gi568815597f:39959347_40171530), 212184 bp

>pF1KE1541 1425
>gi568815597f:39959347_40171530 (Chr1)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-216  (100721-100824)   100% ->
217-294  (102389-102466)   100% ->
295-438  (104881-105024)   100% ->
439-524  (105128-105213)   100% ->
525-630  (106869-106974)   100% ->
631-808  (108194-108371)   96% ->
809-993  (110344-110528)   100% ->
994-1117  (110813-110936)   100% ->
1118-1200  (111084-111166)   100% ->
1201-1344  (111490-111633)   100% ->
1345-1425  (112104-112184)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGACATGCAAAATCTGGTAGAAAGATTGGAGAGGGCAGTGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGACATGCAAAATCTGGTAGAAAGATTGGAGAGGGCAGTGGGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGAGGCAGTATCTCATACCTCTGACATGCACCGTGGGTATGCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGAGGCAGTATCTCATACCTCTGACATGCACCGTGGGTATGCAGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCCTTCAAAAG         CAGGAGCAGCTCCATATGTGCAGGCATTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTCCTTCAAAAGGTA...TAGCAGGAGCAGCTCCATATGTGCAGGCATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACTCGCTGCTTGCTGGTCCTGTGGCAGAGTACTTGAAGATCAGTAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100750 GACTCGCTGCTTGCTGGTCCTGTGGCAGAGTACTTGAAGATCAGTAAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATTGGGGGAGACGTGCAGAAACAT         GCGGAGATGGTCCACA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100800 GATTGGGGGAGACGTGCAGAAACATGTA...CAGGCGGAGATGGTCCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGGTTTGAAGTTGGAGCGAGCTCTGTTGGTTACAGCTTCTCAGTGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102405 CAGGTTTGAAGTTGGAGCGAGCTCTGTTGGTTACAGCTTCTCAGTGTCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGCCAGCAGAA         AATAAGCTTTCCGATTTGTTGGCACCCAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102455 CAGCCAGCAGAAGTA...TAGAATAAGCTTTCCGATTTGTTGGCACCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTCAGAGCAGATCAAAGAAGTGATAACCTTTCGGGAGAAGAACCGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104910 CTCAGAGCAGATCAAAGAAGTGATAACCTTTCGGGAGAAGAACCGAGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCAAGTTGTTTAATCACCTGTCAGCTGTCAGCGAAAGTATCCAGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104960 GCAAGTTGTTTAATCACCTGTCAGCTGTCAGCGAAAGTATCCAGGCCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCTGGGTGGCTATG         GCTCCCAAGCCTGGCCCTTATGTGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105010 GGCTGGGTGGCTATGGTG...TAGGCTCCCAAGCCTGGCCCTTATGTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGAAATGAATGATGCCGCCATGTTTTATACAAACCGAGTCCTCAAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105154 AGAAATGAATGATGCCGCCATGTTTTATACAAACCGAGTCCTCAAAGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACAAAGATGT         GGATAAGAAGCATGTAGACTGGGTCAAAGCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 105204 ACAAAGATGTGTA...CAGGGATAAGAAGCATGTAGACTGGGTCAAAGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TATTTAAGTATATGGACAGAGCTGCAGGCTTACATTAAGGAGTTCCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106900 TATTTAAGTATATGGACAGAGCTGCAGGCTTACATTAAGGAGTTCCATAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CACCGGACTGGCCTGGAGCAAAACG         GGGCCTGTGGCAAAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106950 CACCGGACTGGCCTGGAGCAAAACGGTT...CAGGGGCCTGTGGCAAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AACTGAGCGGACTGCCATCTGGACCCTCTGCCGGATCAGGTCCTCCTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 108210 AACTGAGCGGACTGCCATCTGGACCCTCTGCCGGATCATGTCCTCCTCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCTCCACCAGGCCCCCCTCCTCCCCCAGTCTCTACCAGTTCAGGCTCAGA
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |
 108260 CCTCCACCATGCCCCCCTCCTCCCCCAGTCTCTACCATTTCATGCTCATA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGAGTCTGCTTCCCGCTCAGCACTGTTCGCGCAGATTAATCAGGGGGAGA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 108310 TGAGTCTGCTTCCCGCTCATCACTGTTCGCGCAGATTAATCAGGGGGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCATTACACATG         CCCTGAAACATGTATCTGATGACATGAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 108360 GCATTACACATGGTG...CAGCCCTGAAACATGTATCTGATGACATGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACTCACAAGAACCCTGCCCTGAAGGCTCAGAGTGGTCCAGTACGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110373 ACTCACAAGAACCCTGCCCTGAAGGCTCAGAGTGGTCCAGTACGCAGTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCCCAAACCATTCTCTGCACCTAAACCCCAAACCAGCCCATCCCCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110423 CCCCAAACCATTCTCTGCACCTAAACCCCAAACCAGCCCATCCCCCAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GAGCCACAAAGAAGGAGCCAGCTGTACTTGAACTGGAGGGCAAGAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110473 GAGCCACAAAGAAGGAGCCAGCTGTACTTGAACTGGAGGGCAAGAAGTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGAGTG         GAAAATCAGGAAAATGTTTCCAACCTGGTGATTGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110523 AGAGTGGTG...CAGGAAAATCAGGAAAATGTTTCCAACCTGGTGATTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGACACAGAGCTGAAACAGGTGGCTTACATATACAAGTGTGTCAACACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110848 GGACACAGAGCTGAAACAGGTGGCTTACATATACAAGTGTGTCAACACGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CATTGCAAATCAAGGGCAAAATTAACTCCATTACAGTAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 110898 CATTGCAAATCAAGGGCAAAATTAACTCCATTACAGTAGGTG...TAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AACTGTAAGAAACTTGGCCTGGTATTCGATGACGTGGTGGGCATTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111086 AACTGTAAGAAACTTGGCCTGGTATTCGATGACGTGGTGGGCATTGTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GATAATCAACAGTAAGGATGTCAAAGTTCAG         GTAATGGGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 111136 GATAATCAACAGTAAGGATGTCAAAGTTCAGGTA...CAGGTAATGGGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AAGTGCCAACCATATCCATCAACAAAACAGATGGCTGCCATGCTTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111500 AAGTGCCAACCATATCCATCAACAAAACAGATGGCTGCCATGCTTACCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AGCAAGAATTCCCTGGATTGTGAAATAGTCAGTGCCAAATCTTCCGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111550 AGCAAGAATTCCCTGGATTGTGAAATAGTCAGTGCCAAATCTTCCGAGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GAATGTCCTCATTCCTACAGAAGGCGGTGACTTT         AATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 111600 GAATGTCCTCATTCCTACAGAAGGCGGTGACTTTGTA...CAGAATGAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TCCCAGTTCCTGAGCAGTTCAAGACCCTATGGAACGGGCAGAAGTTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112111 TCCCAGTTCCTGAGCAGTTCAAGACCCTATGGAACGGGCAGAAGTTGGTC

   1500     .    :    .    :
   1402 ACCACAGTGACAGAAATTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||
 112161 ACCACAGTGACAGAAATTGCTGGA