seq1 = pF1KE1539.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE1539/gi568815593r_62289013.tfa (gi568815593r:62289013_62503772), 214760 bp

>pF1KE1539 939
>gi568815593r:62289013_62503772 (Chr5)

(complement)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-153  (100427-100500)   100% ->
154-240  (101651-101737)   100% ->
241-302  (104892-104953)   100% ->
303-396  (105034-105127)   100% ->
397-446  (105213-105262)   98% ->
447-570  (109166-109289)   100% ->
571-663  (109726-109818)   100% ->
664-728  (110783-110847)   100% ->
729-792  (111539-111602)   100% ->
793-899  (112791-112897)   100% ->
900-939  (114721-114760)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGAAGGTCAAGTCGGGGGCCATCGGCCGCCGCCGCGGGCGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGAAGGTCAAGTCGGGGGCCATCGGCCGCCGCCGCGGGCGGCAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCGCCGGGAGCTGAAGAGCGCTGGAG         GACTCATGTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 GCAGCGCCGGGAGCTGAAGAGCGCTGGAGGTG...CAGGACTCATGTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACACGGGGATTGGGCAGCACATTTTGAAAAATCCTCTCATTATTAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100439 ACACGGGGATTGGGCAGCACATTTTGAAAAATCCTCTCATTATTAACAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTATCGATAAG         GCTGCCTTAAGACCAACTGATGTAGTGCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100489 ATTATCGATAAGGTG...TAGGCTGCCTTAAGACCAACTGATGTAGTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAAGTTGGACCTGGAACTGGCAACATGACTGTAAAGTTGTTAGAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101680 GGAAGTTGGACCTGGAACTGGCAACATGACTGTAAAGTTGTTAGAAAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAAAAAAG         GTTGTTGCTTGTGAACTTGACCCAAGGCTAGTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101730 CAAAAAAGGTA...TAGGTTGTTGCTTGTGAACTTGACCCAAGGCTAGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCTGAACTTCACAAAAGAGTTCAGGGCAC         GCCTGTGGCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104925 GCTGAACTTCACAAAAGAGTTCAGGGCACGTG...CAGGCCTGTGGCCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CAAACTTCAAGTACTGGTGGGTGATGTGCTGAAAACAGATTTGCCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105046 CAAACTTCAAGTACTGGTGGGTGATGTGCTGAAAACAGATTTGCCATTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTGATACTTGTGTGGCAAATTTGCCTTATCAG         ATCTCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||| 
 105096 TTGATACTTGTGTGGCAAATTTGCCTTATCAGGTA...CAGATCTCTTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CCTTTTGTCTTCAAGCTGTTGCTACATCGACCTTTTTTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105222 CCTTTTGTCTTCAAGCTGTTGCTACATCGACCTTTTTTCAGGTT...CAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 GTGTGCTATACTTATGTTTCAAAGAGAATTTGCCCTCCGACTGGTTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109166 GTGTGCTATACTTATGTTTCAAAGAGAATTTGCCCTCCGACTGGTTGCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AACCTGGAGATAAGTTATACTGCAGACTCTCAATTAATACACAGCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109216 AACCTGGAGATAAGTTATACTGCAGACTCTCAATTAATACACAGCTGTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCACGTGTGGACCATCTAATGAAA         GTGGGAAAGAATAACTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109266 GCACGTGTGGACCATCTAATGAAAGTA...CAGGTGGGAAAGAATAACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CAGACCACCGCCCAAGGTGGAATCCAGTGTTGTAAGGATAGAACCTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109743 CAGACCACCGCCCAAGGTGGAATCCAGTGTTGTAAGGATAGAACCTAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATCCACCACCACCCATCAATTTTCAG         GAATGGGATGGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 109793 ATCCACCACCACCCATCAATTTTCAGGTG...CAGGAATGGGATGGTCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GTAAGGATAACCTTTGTTAGGAAAAACAAGACACTCTCTGCTGCATTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110798 GTAAGGATAACCTTTGTTAGGAAAAACAAGACACTCTCTGCTGCATTTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729          ATCAAGTGCAGTGCAACAACTCTTGGAAAAAAACTACAGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110848 GTA...TAGATCAAGTGCAGTGCAACAACTCTTGGAAAAAAACTACAGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TTCACTGTTCAGTCCATAATATT         ATAATACCAGAAGATTTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 111580 TTCACTGTTCAGTCCATAATATTGTA...TAGATAATACCAGAAGATTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 AGCATAGCAGATAAAATACAGCAAATCCTAACCAGCACAGGTTTTAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112809 AGCATAGCAGATAAAATACAGCAAATCCTAACCAGCACAGGTTTTAGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CAAACGGGCCCGTTCCATGGACATAGATGACTTCATCAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 112859 CAAACGGGCCCGTTCCATGGACATAGATGACTTCATCAGGTA...CAGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .
    902 TGCTACATGGATTCAACGCAGAAGGTATTCATTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114723 TGCTACATGGATTCAACGCAGAAGGTATTCATTTTTCC