seq1 = pF1KE1538.tfa, 351 bp
seq2 = pF1KE1538/gi568815578f_45074923.tfa (gi568815578f:45074923_45276132), 201210 bp

>pF1KE1538 351
>gi568815578f:45074923_45276132 (Chr20)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-351  (100939-101210)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGGCCAGCAGCTTCTTGATCGTGGTGGTGTTCCTCATCGCTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGGCCAGCAGCTTCTTGATCGTGGTGGTGTTCCTCATCGCTGGGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGTTCTAGAGGCAGCTGTCACGGGAG         TTCCTGTTAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 GCTGGTTCTAGAGGCAGCTGTCACGGGAGGTG...CAGTTCCTGTTAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTCAAGACACTGTCAAAGGCCGTGTTCCATTCAATGGACAAGATCCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GTCAAGACACTGTCAAAGGCCGTGTTCCATTCAATGGACAAGATCCCGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGGACAAGTTTCAGTTAAAGGTCAAGATAAAGTCAAAGCGCAAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AAAGGACAAGTTTCAGTTAAAGGTCAAGATAAAGTCAAAGCGCAAGAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTCAAAGGTCCAGTCTCCACTAAGCCTGGCTCCTGCCCCATTATCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AGTCAAAGGTCCAGTCTCCACTAAGCCTGGCTCCTGCCCCATTATCTTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCGGTGCGCCATGTTGAATCCCCCTAACCGCTGCTTGAAAGATACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TCCGGTGCGCCATGTTGAATCCCCCTAACCGCTGCTTGAAAGATACTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGCCCAGGAATCAAGAAGTGCTGTGAAGGCTCTTGCGGGATGGCCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TGCCCAGGAATCAAGAAGTGCTGTGAAGGCTCTTGCGGGATGGCCTGTTT

    350     .    :
    342 CGTTCCCCAG
        ||||||||||
 101201 CGTTCCCCAG