seq1 = pF1KE1537.tfa, 2736 bp
seq2 = pF1KE1537/gi568815579f_41788191.tfa (gi568815579f:41788191_42006783), 218593 bp

>pF1KE1537 2736
>gi568815579f:41788191_42006783 (Chr19)

1-24  (99893-99916)   100% ->
25-111  (100002-100088)   100% ->
112-225  (100562-100675)   100% ->
226-324  (103835-103933)   100% ->
325-367  (104141-104183)   100% ->
368-614  (104413-104659)   100% ->
615-644  (105084-105113)   100% ->
645-744  (106017-106116)   100% ->
745-841  (106261-106357)   100% ->
842-877  (106436-106471)   100% ->
878-1015  (107159-107296)   100% ->
1016-1121  (108187-108292)   100% ->
1122-1267  (110252-110397)   100% ->
1268-1414  (113697-113843)   100% ->
1415-1497  (114084-114166)   100% ->
1498-1623  (114343-114468)   100% ->
1624-1738  (114594-114708)   100% ->
1739-1839  (115117-115217)   100% ->
1840-1917  (115517-115594)   100% ->
1918-1993  (115845-115920)   100% ->
1994-2161  (116026-116193)   100% ->
2162-2249  (116759-116846)   100% ->
2250-2336  (116985-117071)   100% ->
2337-2404  (117570-117637)   100% ->
2405-2491  (117749-117835)   100% ->
2492-2655  (118267-118430)   100% ->
2656-2736  (118513-118593)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGACTTCGCCCGAGGGGCG         GCCTCCCCAGGCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  99893 ATGGAAGACTTCGCCCGAGGGGCGGTG...CAGGCCTCCCCAGGCCCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCGGCCTGGCCTGGTTCCCGTCAGCATCATCGGGGCTGAGGATGAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100019 CCGGCCTGGCCTGGTTCCCGTCAGCATCATCGGGGCTGAGGATGAGGATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGAGAACGAGCTGGAGACA         AACTCAGAAGAGCAAAACAGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100069 TTGAGAACGAGCTGGAGACAGTG...CAGAACTCAGAAGAGCAAAACAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CAGTTCCAGAGCCTGGAGCAGGTGAAGCGGCGCCCAGCCCACCTCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100583 CAGTTCCAGAGCCTGGAGCAGGTGAAGCGGCGCCCAGCCCACCTCATGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTCCTGCAGCACGTGGCCCTGCAGTTTGAGCCAGGACCCCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100633 CCTCCTGCAGCACGTGGCCCTGCAGTTTGAGCCAGGACCCCTGGTG...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    226   CTTTGCTGTCTGCATGCCGACATGCTGGGCTCACTGGGCCCCAAGGAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103833 AGCTTTGCTGTCTGCATGCCGACATGCTGGGCTCACTGGGCCCCAAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCCAAGAAGGCCTTCCTGGACTTCTACCACAGCTTCCTGGAGAAGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103883 GCCAAGAAGGCCTTCCTGGACTTCTACCACAGCTTCCTGGAGAAGACAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 G         GTTCTCCGGGTGCCGGTCCCTCCCAACGTCGCCTTTGAAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103933 GGTG...CAGGTTCTCCGGGTGCCGGTCCCTCCCAACGTCGCCTTTGAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTG         ACCGCACTAGGGCTGACCTCATCTCCGAGGATGTCCAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104181 TTGGTA...CAGACCGCACTAGGGCTGACCTCATCTCCGAGGATGTCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CGGCGGTTCGTGCAGGAGGTGGTGCAAAGCCAGCAGGTAGCCGTGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104451 CGGCGGTTCGTGCAGGAGGTGGTGCAAAGCCAGCAGGTAGCCGTGGGCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCAGCTGGAGGACTTCCGTTCCAAGCGGCTCATGGGCATGACGCCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104501 GCAGCTGGAGGACTTCCGTTCCAAGCGGCTCATGGGCATGACGCCCTGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGCAGGAGCTGGCCCAGCTGGAGGCTTGGGTTGGGCGGGACCGAGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104551 AGCAGGAGCTGGCCCAGCTGGAGGCTTGGGTTGGGCGGGACCGAGCCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TACGAGGCCCGGGAGCGGCACGTGGCGGAGCGGCTGCTCATGCACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104601 TACGAGGCCCGGGAGCGGCACGTGGCGGAGCGGCTGCTCATGCACCTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGAGATGCA         ACATACCATCTCTACCGACGAAGAAAAGAG  
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104651 GGAGATGCAGTG...CAGACATACCATCTCTACCGACGAAGAAAAGAGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    645        TGCTGCCGTGGTCAACGCCATTGGCCTGTACATGCGCCACCTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105116 G...CAGTGCTGCCGTGGTCAACGCCATTGGCCTGTACATGCGCCACCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GGGGTGCGGACCAAGAGTGGAGACAAGAAGTCGGGGAGGAACTTCTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106060 GGGGTGCGGACCAAGAGTGGAGACAAGAAGTCGGGGAGGAACTTCTTCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAAAAAG         GTGATGGGGAACCGGCGGTCGGACGAGCCTGCCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106110 GAAAAAGGTG...CAGGTGATGGGGAACCGGCGGTCGGACGAGCCTGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGACCAAGAAGGGGCTGAGCAGCATCCTGGATGCCGCCCGCTGGAACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106295 AGACCAAGAAGGGGCTGAGCAGCATCCTGGATGCCGCCCGCTGGAACCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GGAGAGCCCCAGG         TTCCAGATTTTCGACACCTCAAAGCAGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 106345 GGAGAGCCCCAGGGTA...CAGTTCCAGATTTTCGACACCTCAAAGCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GGTTGATG         CCGAGAAGCCAGGTGCTACAGACCGGAAGGGAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106464 GGTTGATGGTA...CAGCCGAGAAGCCAGGTGCTACAGACCGGAAGGGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GCGTGGGGATGCCCTCTCGGGACCGGAATATCGGGGCTCCTGGGCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107192 GCGTGGGGATGCCCTCTCGGGACCGGAATATCGGGGCTCCTGGGCAGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 ACCCCTGGAGTCTCTCTGCACCCTCTGTCCCTGGACAGCCCAGACCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107242 ACCCCTGGAGTCTCTCTGCACCCTCTGTCCCTGGACAGCCCAGACCGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 ACCAG         GTGCTGACGCCCCCCTGGAGCTGGGGGACTCATCCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107292 ACCAGGTG...CAGGTGCTGACGCCCCCCTGGAGCTGGGGGACTCATCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CGCAGGGCCCAATGAGCCTGGAGTCCTTGGCGCCCCCAGAGAGTACCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108223 CGCAGGGCCCAATGAGCCTGGAGTCCTTGGCGCCCCCAGAGAGTACCGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GAGGGGGCCGAAACCGAGAG         CCCCGAGCCTGGAGATGAGGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 108273 GAGGGGGCCGAAACCGAGAGGTG...CAGCCCCGAGCCTGGAGATGAGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GGAGCCGGGGCGGTCGGGACTGGAGCTTGAACCAGAAGAGCCTCCCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110273 GGAGCCGGGGCGGTCGGGACTGGAGCTTGAACCAGAAGAGCCTCCCGGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GGCGGGAACTCGTCCCCCCAGACACCCTGCACAGCCTGCCCAAGAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110323 GGCGGGAACTCGTCCCCCCAGACACCCTGCACAGCCTGCCCAAGAGCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GTGAAGCGGCAGGAGGTCATCAGCG         AGCTGCTGGTGACAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 110373 GTGAAGCGGCAGGAGGTCATCAGCGGTG...CAGAGCTGCTGGTGACAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GGCGGCCCACGTGCGCATGCTGCGGGTGCTGCACGACCTCTTCTTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113713 GGCGGCCCACGTGCGCATGCTGCGGGTGCTGCACGACCTCTTCTTCCAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CCATGGCAGAATGCCTGTTCTTCCCCTTGGAGGAGCTGCAGAACATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113763 CCATGGCAGAATGCCTGTTCTTCCCCTTGGAGGAGCTGCAGAACATCTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CCCAGCCTGGACGAGCTCATCGAGGTGCATT         CCCTGTTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 113813 CCCAGCCTGGACGAGCTCATCGAGGTGCATTGTG...CAGCCCTGTTCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 CGATCGCCTGATGAAGCGGAGGCAGGAGAGTGGCTACCTCATCGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114094 CGATCGCCTGATGAAGCGGAGGCAGGAGAGTGGCTACCTCATCGAGGAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 TCGGAGACGTGCTGCTGGCCCGG         TTTGATGGTGCTGAGGGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 114144 TCGGAGACGTGCTGCTGGCCCGGGTG...TAGTTTGATGGTGCTGAGGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 TCCTGGTTCCAGAAAATCTCCTCCCGCTTCTGCAGCCGCCAGTCATTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114361 TCCTGGTTCCAGAAAATCTCCTCCCGCTTCTGCAGCCGCCAGTCATTTGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CTTAGAGCAGCTCAAAGCCAAGCAACGCAAGGACCCTCGGTTCTGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114411 CTTAGAGCAGCTCAAAGCCAAGCAACGCAAGGACCCTCGGTTCTGTGCCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 TCGTGCAG         GAAGCTGAGAGCCGCCCGCGGTGCCGCCGCCTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 114461 TCGTGCAGGTG...CAGGAAGCTGAGAGCCGCCCGCGGTGCCGCCGCCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 CAGCTGAAGGACATGATCCCCACGGAGATGCAGCGGCTGACCAAGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114627 CAGCTGAAGGACATGATCCCCACGGAGATGCAGCGGCTGACCAAGTACCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 CCTGCTCCTGCAGAGCATCGGGCAGAACACAG         AAGAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 114677 CCTGCTCCTGCAGAGCATCGGGCAGAACACAGGTA...CAGAAGAGCCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 CAGAACGGGAGAAAGTGGAGCTGGCAGCCGAGTGCTGCCGGGAAATTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115126 CAGAACGGGAGAAAGTGGAGCTGGCAGCCGAGTGCTGCCGGGAAATTCTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 CACCACGTCAACCAAGCCGTGCGTGACATGGAGGACCTGCTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 115176 CACCACGTCAACCAAGCCGTGCGTGACATGGAGGACCTGCTGGTG...CA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1840  AGGCTCAAGGACTATCAGCGGCGCCTGGACTTGTCCCACCTTCGGCAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115516 GAGGCTCAAGGACTATCAGCGGCGCCTGGACTTGTCCCACCTTCGGCAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 GCAGCGACCCTATGCTGAGCGAGTTCAAG         AACCTGGACATC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 115566 GCAGCGACCCTATGCTGAGCGAGTTCAAGGTG...CAGAACCTGGACATC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 ACCAAGAAGAAATTGGTCCACGAGGGCCCACTGACGTGGCGGGTGACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115857 ACCAAGAAGAAATTGGTCCACGAGGGCCCACTGACGTGGCGGGTGACTAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 GGACAAGGCAGTGG         AGGTGCATGTGCTGCTGCTGGACGACC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 115907 GGACAAGGCAGTGGGTG...TAGAGGTGCATGTGCTGCTGCTGGACGACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2021 TGCTGCTGCTGCTCCAGCGCCAGGACGAGCGGCTGCTGCTCAAGTCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116053 TGCTGCTGCTGCTCCAGCGCCAGGACGAGCGGCTGCTGCTCAAGTCCCAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 AGCCGGACACTGACGCCCACGCCCGATGGCAAGACCATGCTGCGGCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116103 AGCCGGACACTGACGCCCACGCCCGATGGCAAGACCATGCTGCGGCCCGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 GCTGCGGCTCACCTCCGCCATGACCCGCGAGGTGGCCACCG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 116153 GCTGCGGCTCACCTCCGCCATGACCCGCGAGGTGGCCACCGGTG...CAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2162 ATCACAAAGCCTTCTACGTCCTTTTTACCTGGGACCAGGAGGCCCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116759 ATCACAAAGCCTTCTACGTCCTTTTTACCTGGGACCAGGAGGCCCAGATA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2212 TACGAGCTGGTGGCACAGACTGTGTCGGAGCGGAAAAA         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 116809 TACGAGCTGGTGGCACAGACTGTGTCGGAGCGGAAAAAGTG...CAGCTG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2253 GTGTGCTCTCATCACTGAGACTGCCGGATCCCTGAAAGTCCCTGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116988 GTGTGCTCTCATCACTGAGACTGCCGGATCCCTGAAAGTCCCTGCCCCTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2303 CCTCTCGCCCTAAGCCCCGGCCCAGCCCGAGCAG         CACCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 117038 CCTCTCGCCCTAAGCCCCGGCCCAGCCCGAGCAGGTG...CAGCACCCGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2344 GAACCCCTCCTCAGCAGCTCTGAGAACGGCAATGGTGGCCGAGAGACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117577 GAACCCCTCCTCAGCAGCTCTGAGAACGGCAATGGTGGCCGAGAGACGTC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2394 TCCAGCTGATG         CCCGGACCGAGAGAATCCTCAGTGACCTCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 117627 TCCAGCTGATGGTG...CAGCCCGGACCGAGAGAATCCTCAGTGACCTCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2435 TGCCCTTCTGCAGACCAGGCCCCGAGGGCCAGCTCGCTGCCACGGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117779 TGCCCTTCTGCAGACCAGGCCCCGAGGGCCAGCTCGCTGCCACGGCCCTT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2485 CGGAAAG         TGCTGTCCCTGAAGCAGCTTCTGTTTCCGGCGGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117829 CGGAAAGGTA...CAGTGCTGTCCCTGAAGCAGCTTCTGTTTCCGGCGGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2526 GGAAGACAATGGGGCGGGGCCTCCTCGAGATGGGGATGGGGTCCCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118301 GGAAGACAATGGGGCGGGGCCTCCTCGAGATGGGGATGGGGTCCCAGGGG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2576 GCGGCCCCCTGAGCCCAGCACGGACCCAGGAAATCCAGGAGAACCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118351 GCGGCCCCCTGAGCCCAGCACGGACCCAGGAAATCCAGGAGAACCTGCTC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2626 AGCTTGGAGGAGACCATGAAGCAGCTGGAG         GAGTTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 118401 AGCTTGGAGGAGACCATGAAGCAGCTGGAGGTG...CAGGAGTTGGAGGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2667 GGAATTTTGCCGCCTGAGACCCCTCCTGTCTCAGCTTGGGGGGAACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118524 GGAATTTTGCCGCCTGAGACCCCTCCTGTCTCAGCTTGGGGGGAACTCTG

   2950     .    :    .    :
   2717 TCCCCCAGCCTGGCTGCACT
        ||||||||||||||||||||
 118574 TCCCCCAGCCTGGCTGCACT