seq1 = pF1KE1536.tfa, 969 bp
seq2 = pF1KE1536/gi568815593r_87294449.tfa (gi568815593r:87294449_87512794), 218346 bp

>pF1KE1536 969
>gi568815593r:87294449_87512794 (Chr5)

(complement)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-240  (101449-101571)   100% ->
241-314  (103432-103505)   100% ->
315-525  (104609-104819)   100% ->
526-689  (107788-107951)   100% ->
690-760  (111023-111093)   100% ->
761-872  (113290-113401)   100% ->
873-933  (117691-117751)   100% ->
934-969  (118311-118346)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACCACAACAGTAGTCAGAAGCGGCACTGGACCTTCTCCAGCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTACCACAACAGTAGTCAGAAGCGGCACTGGACCTTCTCCAGCGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCTGGCAAGACTGCGGGCTGACGCCAACCGCAAATTCAGATGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGCTGGCAAGACTGCGGGCTGACGCCAACCGCAAATTCAGATGCAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGTGGCCAACGGGAAG         GTTCTTCCGAATGATCCAGTCTTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGTGGCCAACGGGAAGGTG...AAGGTTCTTCCGAATGATCCAGTCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTGAGCCTCATGAAGAAATGACACTCTGCAAATACTATGAGAAAAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101473 CTTGAGCCTCATGAAGAAATGACACTCTGCAAATACTATGAGAAAAGGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATTGGAATTCTGTTCGGTGTTTAAGCCAGCAATGCCAAGATCTGTTGTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101523 ATTGGAATTCTGTTCGGTGTTTAAGCCAGCAATGCCAAGATCTGTTGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         GGTACGGCTTGTATGTATTTCAAACGTTTTTATCTTAATAAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101573 TA...TAGGGTACGGCTTGTATGTATTTCAAACGTTTTTATCTTAATAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCAGTAATGGAATATCACCCCAGGATAATAAT         GCTCACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103474 TCAGTAATGGAATATCACCCCAGGATAATAATGTG...TAGGCTCACTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGCATTTTTGGCCTGCAAAGTAGATGAATTCAATGTATCTAGTCCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104618 TGCATTTTTGGCCTGCAAAGTAGATGAATTCAATGTATCTAGTCCTCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGTTGGAAACCTCCGGGAGAGTCCTCTTGGACAGGAGAAGGCACTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104668 TTGTTGGAAACCTCCGGGAGAGTCCTCTTGGACAGGAGAAGGCACTTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGATACTGGAATATGAACTACTTCTTATACAGCAACTTAATTTCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104718 CAGATACTGGAATATGAACTACTTCTTATACAGCAACTTAATTTCCACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TATTGTCCACAATCCTTACAGACCATTTGAGGGCTTCCTCATCGACTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104768 TATTGTCCACAATCCTTACAGACCATTTGAGGGCTTCCTCATCGACTTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AG         ACCCGCTATCCCATATTGGAGAATCCAGAGATTTTGAGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104818 AGGTA...TAGACCCGCTATCCCATATTGGAGAATCCAGAGATTTTGAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAAACAGCTGATGACTTTCTTAATAGAATTGCATTGACGGATGCTTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107827 AAAACAGCTGATGACTTTCTTAATAGAATTGCATTGACGGATGCTTACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTTATACACACCTTCCCAAATTGCCCTGACTGCCATTTTATCTAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107877 TTTATACACACCTTCCCAAATTGCCCTGACTGCCATTTTATCTAGTGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCAGGGCTGGAATTACTATGGAAAG         TTATTTATCAGAGAGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 107927 CCAGGGCTGGAATTACTATGGAAAGGTA...TAGTTATTTATCAGAGAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGATGCTGAAAGAGAACAGAACTTGCCTGTCACAGTTACTAGATATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111039 CTGATGCTGAAAGAGAACAGAACTTGCCTGTCACAGTTACTAGATATAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAAAA         GCATGAGAAACTTAGTAAAGAAGTATGAACCACCCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111089 GAAAAGTA...TAGGCATGAGAAACTTAGTAAAGAAGTATGAACCACCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GATCTGAAGAAGTTGCTGTTCTGAAACAGAAGTTGGAGCGATGTCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113326 GATCTGAAGAAGTTGCTGTTCTGAAACAGAAGTTGGAGCGATGTCATTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCTGAGCTTGCACTTAACGTAATCAC         GAAGAAGAGGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 113376 GCTGAGCTTGCACTTAACGTAATCACGTA...TAGGAAGAAGAGGAAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTATGAAGATGATGATTACGTCTCAAAGAAATCCAAACATGAGGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 117706 CTATGAAGATGATGATTACGTCTCAAAGAAATCCAAACATGAGGAGGTA.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    934      GAAGAATGGACTGATGACGACCTGGTAGAATCTCTC
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117756 ..TAGGAAGAATGGACTGATGACGACCTGGTAGAATCTCTC