seq1 = pF1KE1533.tfa, 2313 bp
seq2 = pF1KE1533/gi568815575f_129807365.tfa (gi568815575f:129807365_130029605), 222241 bp

>pF1KE1533 2313
>gi568815575f:129807365_130029605 (ChrX)

1-26  (98847-98872)   100% ->
27-102  (100003-100078)   100% ->
103-173  (100696-100766)   100% ->
174-238  (101306-101370)   100% ->
239-381  (103644-103786)   100% ->
382-537  (104402-104557)   100% ->
538-657  (111811-111930)   100% ->
658-752  (112031-112125)   100% ->
753-876  (113093-113216)   100% ->
877-954  (113311-113388)   100% ->
955-1348  (113830-114223)   100% ->
1349-1749  (117431-117831)   100% ->
1750-1943  (118555-118748)   100% ->
1944-2043  (118876-118975)   100% ->
2044-2313  (121972-122241)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGCGAACCGGCTTGCAGAGAG         CCTTCTGGCTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  98847 ATGACTGCGAACCGGCTTGCAGAGAGGTG...CAGCCTTCTGGCTTTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCAACAGGAAGAACTAGCGGATTTGCCAAAAGACTACCTCTTGAGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 CCAACAGGAAGAACTAGCGGATTTGCCAAAAGACTACCTCTTGAGTGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGAAGATGAG         GGGGACAATGATGGAGAGAGAAAGCATCAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100068 GTGAAGATGAGGTG...TAGGGGGACAATGATGGAGAGAGAAAGCATCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAGCTTCTGGAAGCAATCAGTTCCCTTGATGGAAAGAATAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100726 AAGCTTCTGGAAGCAATCAGTTCCCTTGATGGAAAGAATAGGTA...CAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 GCGGAAATTGGCTGAGAGGTCTGAGGCTAGTCTGAAGGTGTCAGAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101306 GCGGAAATTGGCTGAGAGGTCTGAGGCTAGTCTGAAGGTGTCAGAGTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATGTCAGTTCTGAAG         GATCAGGAGAAAAGCTGGTCCTTGCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101356 ATGTCAGTTCTGAAGGTA...CAGGATCAGGAGAAAAGCTGGTCCTTGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GATCTGCTTGAGCCTGTTAAAACTTCATCTTCTTTGGCCACTGTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103670 GATCTGCTTGAGCCTGTTAAAACTTCATCTTCTTTGGCCACTGTGAAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GCAACTGAGTAGAGTCAAATCAAAGAAGACAGTGGAGTTACCTCTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103720 GCAACTGAGTAGAGTCAAATCAAAGAAGACAGTGGAGTTACCTCTGAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAGAAGAGATTGAACGG         ATCCACAGAGAAGTAGCATTCAAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103770 AAGAAGAGATTGAACGGGTA...CAGATCCACAGAGAAGTAGCATTCAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AAAACCGCACAAGTCCTCTCCAAATGGGACCCTGTCGTCCTGAAGAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104426 AAAACCGCACAAGTCCTCTCCAAATGGGACCCTGTCGTCCTGAAGAACCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCAGGCAGAGCAGCTGGTTTTTCCCCTGGAGAAAGAGGAGCCAGCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104476 GCAGGCAGAGCAGCTGGTTTTTCCCCTGGAGAAAGAGGAGCCAGCCATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTCCCATTGAACATGTGCTCAGTGGCTGGAAG         GCAAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104526 CTCCCATTGAACATGTGCTCAGTGGCTGGAAGGTG...AAGGCAAGAACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CCCCTGGAGCAGGAAATTTTCAACCTCCTCCATAAGAACAAGCAGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111820 CCCCTGGAGCAGGAAATTTTCAACCTCCTCCATAAGAACAAGCAGCCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GACAGACCCTTTACTGACCCCTGTGGAAAAGGCCTCTCTCCGAGCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111870 GACAGACCCTTTACTGACCCCTGTGGAAAAGGCCTCTCTCCGAGCCATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCCTAGAAGAG         GCAAAGATGCGACGAGCAGAGCTTCAGAGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 111920 GCCTAGAAGAGGTA...TAGGCAAAGATGCGACGAGCAGAGCTTCAGAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCTCGGGCTCTGCAGTCCTACTATGAGGCCAAGGCTCGAAGAGAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112061 GCTCGGGCTCTGCAGTCCTACTATGAGGCCAAGGCTCGAAGAGAGAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AATCAAAAGTAAAAA         GTATCACAAAGTCGTGAAGAAAGGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 112111 AATCAAAAGTAAAAAGTA...CAGGTATCACAAAGTCGTGAAGAAAGGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGGCCAAGAAAGCCCTAAAAGAGTTTGAGCAGCTGCGGAAGGTTAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113119 AGGCCAAGAAAGCCCTAAAAGAGTTTGAGCAGCTGCGGAAGGTTAATCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCTGCAGCACTAGAAGAACTGGAAAAAATTGAAAAGGCCAGAATGATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 113169 GCTGCAGCACTAGAAGAACTGGAAAAAATTGAAAAGGCCAGAATGATGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    877        GAAAGAATGAGCCTTAAGCACCAAAACAGTGGGAAATGGGCCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113219 G...TAGGAAAGAATGAGCCTTAAGCACCAAAACAGTGGGAAATGGGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AGTCAAAGGCAATTATGGCCAAATATGACCTGGAG         GCTCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 113354 AGTCAAAGGCAATTATGGCCAAATATGACCTGGAGGTA...CAGGCTCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CAAGCTATGCAGGAACAGTTGTCTAAGAACAAAGAACTGACACAGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113836 CAAGCTATGCAGGAACAGTTGTCTAAGAACAAAGAACTGACACAGAAACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCAGGTAGCCTCTGAGAGTGAGGAAGAGGAGGGAGGCACAGAAGATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113886 CCAGGTAGCCTCTGAGAGTGAGGAAGAGGAGGGAGGCACAGAAGATGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AAGAACTCCTTGTCCCTGATGTAGTGAATGAAGTGCAGATGAATGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113936 AAGAACTCCTTGTCCCTGATGTAGTGAATGAAGTGCAGATGAATGCAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GGGCCGAATCCCTGGATGCTCAGGAGCTGCACCAGTGACACCAAAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113986 GGGCCGAATCCCTGGATGCTCAGGAGCTGCACCAGTGACACCAAAGAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGCAACCCAGGAGGACCCTGAGCAACTGCCAGAGCTTGAGGCCCATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114036 TGCAACCCAGGAGGACCCTGAGCAACTGCCAGAGCTTGAGGCCCATGGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TTTCTGAAAGTGAGGGAGAAGAAAGACCAGTGGCAGAAGAAGAAATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114086 TTTCTGAAAGTGAGGGAGAAGAAAGACCAGTGGCAGAAGAAGAAATTTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTGAGAGAATTTGAGGAAAGGCGATCCCTTAGAAAAAGATCTGAGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114136 TTGAGAGAATTTGAGGAAAGGCGATCCCTTAGAAAAAGATCTGAGCTCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCAAGATGCTGAGCCAGCAGGCAGTCAAGAAACAAAAG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 114186 CCAAGATGCTGAGCCAGCAGGCAGTCAAGAAACAAAAGGTG...CAGATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CTGGCAGCCAGGAGGTGCTGTCTGAATTGAGAGTACTATCTCAGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117434 CTGGCAGCCAGGAGGTGCTGTCTGAATTGAGAGTACTATCTCAGAAATTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AAGGAAAACCATCAGTCCAGGAAGCAAAAAGCAAGTTCAGAGGGGACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117484 AAGGAAAACCATCAGTCCAGGAAGCAAAAAGCAAGTTCAGAGGGGACTAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TCCCCAGGTCCAGAGAGAGGAACCTGCCCCAGAAGAAGAGGAGCCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117534 TCCCCAGGTCCAGAGAGAGGAACCTGCCCCAGAAGAAGAGGAGCCCCTGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGCTACAGAGACCAGAGAGAGTACAGACGCTGGAAGAGCTAGAAGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117584 TGCTACAGAGACCAGAGAGAGTACAGACGCTGGAAGAGCTAGAAGAGCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GGAAAAGAAGAATGTTTTCAAAATAAGGAGCTTCCCAGACCTGTGTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117634 GGAAAAGAAGAATGTTTTCAAAATAAGGAGCTTCCCAGACCTGTGTTAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 AGGGCAGCAGTCAGAGAGGACCCCAAATAATCGCCCTGATGCCCCTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117684 AGGGCAGCAGTCAGAGAGGACCCCAAATAATCGCCCTGATGCCCCTAAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AGAAGAAAAAGAAGGAGCAAATGATCGACCTACAGAACCTCCTAACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117734 AGAAGAAAAAGAAGGAGCAAATGATCGACCTACAGAACCTCCTAACCACA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CAATCTCCCTCCGTGAAGTCTTTGGCAGTTCCCACAATAGAGGAGCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 117784 CAATCTCCCTCCGTGAAGTCTTTGGCAGTTCCCACAATAGAGGAGCTGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1750        GAAGATGAAGAGGAGAGAAACCATAGGCAGATGATAAAGGAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117834 G...CAGGAAGATGAAGAGGAGAGAAACCATAGGCAGATGATAAAGGAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 CTTTTGCTGGGGATGATGTCATCAGAGATTTCTTGAAAGAGAAGAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118598 CTTTTGCTGGGGATGATGTCATCAGAGATTTCTTGAAAGAGAAGAGGGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 GCTGTGGAGGCGAGTAAGCCAAAGGACGTGGACCTGACACTACCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118648 GCTGTGGAGGCGAGTAAGCCAAAGGACGTGGACCTGACACTACCTGGCTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 GGGCGAGTGGGGTGGTGTGGGCCTAAAGCCCAGTGCCAAGAAAAGACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118698 GGGCGAGTGGGGTGGTGTGGGCCTAAAGCCCAGTGCCAAGAAAAGACGCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 G         GTTTCTCATTAAAGCCCCTGAGGGTCCTCCAAGAAAAGAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118748 GGTA...CAGGTTTCTCATTAAAGCCCCTGAGGGTCCTCCAAGAAAAGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 AAGAATTTGCCAAATGTGATTATCAATGAGAAGCGCAACATCCACGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118916 AAGAATTTGCCAAATGTGATTATCAATGAGAAGCGCAACATCCACGCAGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 TGCTCATCAG         GTACGAGTGCTTCCATATCCATTTACCCACC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 118966 TGCTCATCAGGTG...CAGGTACGAGTGCTTCCATATCCATTTACCCACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 ATTGGCAATTTGAAAGGACCATCCAGACCCCCATAGGATCCACATGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122003 ATTGGCAATTTGAAAGGACCATCCAGACCCCCATAGGATCCACATGGAAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 ACCCAGAGGGCTTTCCAAAAGCTGACTACTCCCAAGGTCGTCACCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122053 ACCCAGAGGGCTTTCCAAAAGCTGACTACTCCCAAGGTCGTCACCAAGCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 AGGCCATATCATTAACCCCATAAAAGCAGAAGACGTGGGCTACCGGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122103 AGGCCATATCATTAACCCCATAAAAGCAGAAGACGTGGGCTACCGGTCTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 CCTCAAGGTCGGACCTGTCTGTCATACAGAGGAATCCAAAACGAATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122153 CCTCAAGGTCGGACCTGTCTGTCATACAGAGGAATCCAAAACGAATCACC

   2400     .    :    .    :    .    :    .
   2275 ACACGTCACAAAAAACAGCTGAAGAAATGCTCTGTAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122203 ACACGTCACAAAAAACAGCTGAAGAAATGCTCTGTAGAT