seq1 = pF1KE1532.tfa, 366 bp
seq2 = pF1KE1532/gi568815587f_18166888.tfa (gi568815587f:18166888_18369852), 202965 bp

>pF1KE1532 366
>gi568815587f:18166888_18369852 (Chr11)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-230  (102308-102446)   97% ->
231-366  (102830-102965)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTTCTCACGGGCCTGGTTTTCTGCTCCTTGGTCCTGGGTGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCTTCTCACGGGCCTGGTTTTCTGCTCCTTGGTCCTGGGTGTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCCGAAGCTTCTTTTCGTTCCTTGGCGAGGCTTTTGATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 CAGCCGAAGCTTCTTTTCGTTCCTTGGCGAGGCTTTTGATGGTA...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGGCTCGGGACATGTGGAGAGCCTACTCTGACATGAGAGAAGCCAATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102308 GGGCTCGGGACATGTGGAGAGCCTACTCTGACATGAGAGAAGCCAATTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCGGCTCAGACAAATACTTCCATGCTCGGGGGAACTATGATGCTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102358 ATCGGCTCAGACAAATACTTCCATGCTCGGGGGAACTATGATGCTGCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGGGGACCTGGGGGTGTCTGGGCTGCAGAAGCGATCAG         CG
        ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| >>>...>>>||
 102408 AAGGGGACCTGGGGGTGCCTGGGCTGCAGAAGTGATCACGTA...CAGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGCCAGAGAGAATATCCAGAGATTCTTTGGCCATGGTGCGGAGGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 102832 ATGCCAGAGAGAATATCCAGAGATTCTTTGGCCATGGTGCGGAGGACTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGGCCGATCAGGCTGCCGATGAATGGGGCAGGAGTGGCAAAGACCCCAA
        ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 102882 CTGGCTGATCAGGCTGCCAATGAATGGGGCAGGAGTGGCAAAGACCCCAA

    350     .    :    .    :    .    :
    333 TCACTTCCGACCTGCTGGCCTGCCTGAGAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102932 TCACTTCCGACCTGCTGGCCTGCCTGAGAAATAC