seq1 = pF1KE1531.tfa, 1200 bp
seq2 = pF1KE1531/gi568815575f_1182704.tfa (gi568815575f:1182704_1409476), 226773 bp

>pF1KE1531 1200
>gi568815575f:1182704_1409476 (ChrX)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-219  (103075-103217)   100% ->
220-343  (105816-105939)   100% ->
344-473  (106056-106185)   100% ->
474-646  (107634-107806)   100% ->
647-780  (111625-111758)   100% ->
781-810  (112724-112753)   100% ->
811-946  (117788-117923)   100% ->
947-1043  (121220-121316)   100% ->
1044-1125  (122743-122824)   100% ->
1126-1200  (126699-126773)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTCTCCTGGTGACAAGCCTTCTGCTCTGTGAGTTACCACACCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTTCTCCTGGTGACAAGCCTTCTGCTCTGTGAGTTACCACACCCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTCCTCCTGATCCCAGAGAAATCGG         ATCTGCGAACAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 ATTCCTCCTGATCCCAGAGAAATCGGGTA...CAGATCTGCGAACAGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CACCAGCCTCTAGTCTCAATGTGAGGTTTGACTCCAGGACGATGAATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103090 CACCAGCCTCTAGTCTCAATGTGAGGTTTGACTCCAGGACGATGAATTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCTGGGACTGCCAAGAAAACACAACCTTCAGCAAGTGTTTCTTAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103140 AGCTGGGACTGCCAAGAAAACACAACCTTCAGCAAGTGTTTCTTAACTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAGAAGAACAGAGTCGTGGAACCCAGG         CTCAGTAACAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103190 CAAGAAGAACAGAGTCGTGGAACCCAGGGTG...CAGCTCAGTAACAACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATGTTCGTGCACATTTCGTGAAATTTGTCTGCATGAAGGAGTCACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105829 AATGTTCGTGCACATTTCGTGAAATTTGTCTGCATGAAGGAGTCACATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGTTCACGTGAATACTAGTCAAAGAGGATTTCAACAGAAACTGCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105879 GAGGTTCACGTGAATACTAGTCAAAGAGGATTTCAACAGAAACTGCTTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCAAATTCAG         GAAGGGAGGGTACCGCTGCTCAGAATTTCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105929 TCCAAATTCAGGTA...CAGGAAGGGAGGGTACCGCTGCTCAGAATTTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCTGTTTCATCTACAATGCGGATTTAATGAACTGTACCTGGGCGAGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106086 CCTGTTTCATCTACAATGCGGATTTAATGAACTGTACCTGGGCGAGGGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCGACGGCCCCCCGTGACGTCCAGTATTTTTTGTACATACGAAACTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106136 CCGACGGCCCCCCGTGACGTCCAGTATTTTTTGTACATACGAAACTCAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474          GAGAAGGAGGGAGATCCGGTGTCCTTATTACATACAAGACT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106186 GTA...CAGGAGAAGGAGGGAGATCCGGTGTCCTTATTACATACAAGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGGAACCCATGTGGGATGTCACCTGGATAACCTGTCAGGATTAACGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107675 CAGGAACCCATGTGGGATGTCACCTGGATAACCTGTCAGGATTAACGTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGCAATTACTTTCTGGTTAACGGAACCAGCCGAGAAATTGGCATCCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107725 CGCAATTACTTTCTGGTTAACGGAACCAGCCGAGAAATTGGCATCCAATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTTTGATTCACTTTTGGACACAAAGAAAATAG         AACGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107775 CTTTGATTCACTTTTGGACACAAAGAAAATAGGTG...CAGAACGATTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACCCTCCCAGCAATGTCACCGTACGTTGCAACACGACGCACTGCCTCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111634 ACCCTCCCAGCAATGTCACCGTACGTTGCAACACGACGCACTGCCTCGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGGTGGAAACAGCCCAGGACCTATCAGAAGCTGTCGTACCTGGACTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111684 CGGTGGAAACAGCCCAGGACCTATCAGAAGCTGTCGTACCTGGACTTTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTACCAGCTGGACGTCCACAGAAAG         AATACCCAGCCTGGCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 111734 GTACCAGCTGGACGTCCACAGAAAGGTC...TAGAATACCCAGCCTGGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CGGAAAACCTACTG         ATTAATGTTTCTGGTGATTTGGAAAAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112740 CGGAAAACCTACTGGTA...AAGATTAATGTTTCTGGTGATTTGGAAAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AGATACAACTTTCCAAGCTCTGAGCCCAGAGCAAAACACAGTGTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117815 AGATACAACTTTCCAAGCTCTGAGCCCAGAGCAAAACACAGTGTGAAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAGAGCTGCAGACGTCCGCATCTTGAATTGGAGCTCCTGGAGTGAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117865 CAGAGCTGCAGACGTCCGCATCTTGAATTGGAGCTCCTGGAGTGAAGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTGAATTTG         GTTCTGACGACGGGAACCTCGGCTCTGTGTAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 117915 TTGAATTTGGTA...CAGGTTCTGACGACGGGAACCTCGGCTCTGTGTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATTTATGTGCTCCTAATCGTGGGAACCCTTGTCTGTGGCATCGTCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121252 ATTTATGTGCTCCTAATCGTGGGAACCCTTGTCTGTGGCATCGTCCTCGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTTCCTCTTTAAAAG         GTTCCTTAGGATACAGCGGCTGTTCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 121302 CTTCCTCTTTAAAAGGTA...CAGGTTCCTTAGGATACAGCGGCTGTTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CGCCAGTTCCACAGATCAAAGACAAACTGAATGATAACCATGAGGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122769 CGCCAGTTCCACAGATCAAAGACAAACTGAATGATAACCATGAGGTGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GACGAG         ATCATCTGGGAGGAATTCACCCCAGAGGAAGGGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122819 GACGAGGTA...CAGATCATCTGGGAGGAATTCACCCCAGAGGAAGGGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGGCTACCGCGAAGAGGTCTTGACCGTGAAGGAAATTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126734 AGGCTACCGCGAAGAGGTCTTGACCGTGAAGGAAATTACC