seq1 = pF1KE1528.tfa, 456 bp
seq2 = pF1KE1528/gi568815593f_134271596.tfa (gi568815593f:134271596_134490350), 218755 bp

>pF1KE1528 456
>gi568815593f:134271596_134490350 (Chr5)

1-44  (100001-100044)   100% ->
45-125  (102788-102868)   100% ->
126-151  (105074-105099)   100% ->
152-241  (109124-109213)   100% ->
242-330  (116730-116818)   100% ->
331-456  (118630-118755)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGACCCCGGCCCGGAGGAGGCTCATGCGGGATTTCAAGCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100001 ATGTCGACCCCGGCCCGGAGGAGGCTCATGCGGGATTTCAAGCGGTA...

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     45    GTTACAAGAGGACCCACCTGTGGGTGTCAGTGGCGCACCATCTGAAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102785 CAGGTTACAAGAGGACCCACCTGTGGGTGTCAGTGGCGCACCATCTGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACAACATCATGCAGTGGAATGCAGTTATATTTGG         ACCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102835 ACAACATCATGCAGTGGAATGCAGTTATATTTGGGTG...CAGACCAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGGACACCTTTTGAAGATG         GTACTTTTAAACTAGTAATAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105081 GGGACACCTTTTGAAGATGGTA...TAGGTACTTTTAAACTAGTAATAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 ATTTTCTGAAGAATATCCAAATAAACCACCAACTGTTAGGTTTTTATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109146 ATTTTCTGAAGAATATCCAAATAAACCACCAACTGTTAGGTTTTTATCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AAATGTTTCATCCAAATG         TGTATGCTGATGGTAGCATATGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109196 AAATGTTTCATCCAAATGGTA...CAGTGTATGCTGATGGTAGCATATGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 TTAGATATCCTTCAGAATCGATGGAGTCCAACATATGATGTATCTTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116753 TTAGATATCCTTCAGAATCGATGGAGTCCAACATATGATGTATCTTCTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CTTAACATCAATTCAG         TCTCTGCTGGATGAACCGAATCCTA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 116803 CTTAACATCAATTCAGGTA...TAGTCTCTGCTGGATGAACCGAATCCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 ACAGTCCAGCCAATAGCCAGGCAGCACAGCTTTATCAGGAAAACAAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118655 ACAGTCCAGCCAATAGCCAGGCAGCACAGCTTTATCAGGAAAACAAACGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GAATATGAGAAAAGAGTTTCGGCCATTGTTGAACAAAGCTGGAATGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118705 GAATATGAGAAAAGAGTTTCGGCCATTGTTGAACAAAGCTGGAATGATTC

    500 
    456 A
        |
 118755 A