seq1 = pF1KE1524.tfa, 1983 bp
seq2 = pF1KE1524/gi568815581f_7282927.tfa (gi568815581f:7282927_7489081), 206155 bp

>pF1KE1524 1983
>gi568815581f:7282927_7489081 (Chr17)

1-163  (100001-100163)   98% ->
164-234  (100324-100394)   100% ->
235-426  (100499-100690)   100% ->
427-582  (100783-100938)   100% ->
583-866  (101044-101327)   99% ->
867-1137  (101558-101828)   100% ->
1138-1232  (103635-103729)   100% ->
1233-1397  (104064-104228)   100% ->
1398-1477  (104452-104531)   100% ->
1478-1776  (105480-105778)   100% ->
1777-1872  (105862-105957)   100% ->
1873-1983  (106045-106155)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTCCTGAGGCTGGCTCTCTGTGGCTACTGAAGCTGCTCCGGGACAT
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTTCCTGAGGCTGGCTCCCTGTGGCTACTGAAGCTGCTCCGGGACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGTTGGCCCAGTTTTACTGGCCCATCCTTGAGGAGCTTAATGTCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGTTGGCCCAGTTTTACTGGCCCATCCTTGAGGAGCTTAATGTCACTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCCAGAGCACTTTGACTTTGTAAAGCCTGAGGACCTGGACGGCATTGGC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCCAGAGCACTTCGACTTTGTAAAGCCTGAGGACCTGGACGGCATTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGGGCCGGCCTG         CCCAGCGCAGACTGTCCGAAGCTCTGAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGGGCCGGCCTGGTG...CAGCCCAGCGCAGACTGTCCGAAGCTCTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGGCTACGTTCTGGGCCTAAGTCTAAGAACTGGGTCTACAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100352 AAGGCTACGTTCTGGGCCTAAGTCTAAGAACTGGGTCTACAAGGTG...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    235   ATCCTTGGAGGTTTTGCCCCTGAGCACAAGGAGCCCACCCTGCCCTCG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100497 AGATCCTTGGAGGTTTTGCCCCTGAGCACAAGGAGCCCACCCTGCCCTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACAGCCCACGGCACCTCCCTGAGCCAGAGGGGGGCCTCAAGTGTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100547 GACAGCCCACGGCACCTCCCTGAGCCAGAGGGGGGCCTCAAGTGTCTGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCAGAGGGTGCTGTTTGCAGAGGGGAGCTGCTGGGTTCAGGCTGCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100597 CCCAGAGGGTGCTGTTTGCAGAGGGGAGCTGCTGGGTTCAGGCTGCTTCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTGTGGTGCACCGAGGGCTGTGGACGCTGCCCAGTGGCAAGAGT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100647 GTGTGGTGCACCGAGGGCTGTGGACGCTGCCCAGTGGCAAGAGTGTG...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    427    GTCCCAGTGGCTGTCAAGTCCCTCCGGGTAGGTCCCGAAGGCCCGAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100780 CAGGTCCCAGTGGCTGTCAAGTCCCTCCGGGTAGGTCCCGAAGGCCCGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGGCACAGAACTGGGGGACTTCCTGCGAGAGGTATCGGTCATGATGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100830 GGGCACAGAACTGGGGGACTTCCTGCGAGAGGTATCGGTCATGATGAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGAGCACCCACACGTGCTGCGTCTGCACGGCCTTGTACTGGGCCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100880 TGGAGCACCCACACGTGCTGCGTCTGCACGGCCTTGTACTGGGCCAGCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTGCAGATG         GTGATGGAGCTGGCGCCACTGGGCTCCCTGCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100930 CTGCAGATGGTG...CAGGTGATGGAGCTGGCGCCACTGGGCTCCCTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGCGCGCCTAACGGCCCCGGCCCCGACACCCCCGCTGCTCGTGGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101076 CGCGCGCCTAACGGCCCCGGCCCCGACACCCCCGCTGCTCGTGGCCCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCTGCCTCTTCCTGCGGCAGCTGGCGGGAGCCATGGCGTACCTGGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101126 TCTGCCTCTTCCTGCGGCAGCTGGCGGGAGCCATGGCGTACCTGGGGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CGCGGGCTGGTGCACCGAGACCTCGCTACGCGCAACCTACTGCTGGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101176 CGCGGGCTGGTGCACCGAGACCTCGCTACGCGCAACCTACTGCTGGCGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCCGCGCACCATCAAGGTGGCTGACTTCGGGCTGGTGCGGCCTCTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101226 GCCGCGCACCATCAAGGTGGCTGACTTCGGGCTGGTGCGGCCTCTGGGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTGCCCGGGGCCGCTACGTCATGGGCGGGCCCCGCCCCATCCCCTACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 101276 GTGCCCGGGGCCGCTACGTCATGGGCGGGCCCCGCCCTATCCCCTACGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TG         GTGTGCCCCAGAGAGCCTGCGCCACGGAGCCTTCTCGTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101326 TGGTG...CAGGTGTGCCCCAGAGAGCCTGCGCCACGGAGCCTTCTCGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGCCTCGGACGTGTGGATGTTTGGGGTGACGCTGTGGGAGATGTTCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101597 TGCCTCGGACGTGTGGATGTTTGGGGTGACGCTGTGGGAGATGTTCTCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GGGGCGAGGAACCCTGGGCCGGGGTCCCACCGTACCTCATCCTGCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101647 GGGGCGAGGAACCCTGGGCCGGGGTCCCACCGTACCTCATCCTGCAGCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTGGAGGACAGAGCCCGGCTGCCTAGGCCTCCCCTCTGCTCCAGGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101697 CTGGAGGACAGAGCCCGGCTGCCTAGGCCTCCCCTCTGCTCCAGGGCCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CTACTCCCTCGCCTTGCGCTGCTGGGCCCCCCACCCTGCCGACCGGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101747 CTACTCCCTCGCCTTGCGCTGCTGGGCCCCCCACCCTGCCGACCGGCCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GCTTTTCCCACCTGGAGGGGCTGCTGCAAGAG         GCCGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101797 GCTTTTCCCACCTGGAGGGGCTGCTGCAAGAGGTG...CAGGCCGGGCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TCGGAAGCATGTTGTGTGAGGGATGTCACAGAACCAGGCGCCCTGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103644 TCGGAAGCATGTTGTGTGAGGGATGTCACAGAACCAGGCGCCCTGAGGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GGAGACTGGTGACCCCATCACAGTCATCGAGGGCAG         CCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103694 GGAGACTGGTGACCCCATCACAGTCATCGAGGGCAGGTG...CAGCCCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ACTCCACAATCTGGAAGGGCCAGAATGGTCGCACCTTCAAAGTGGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104069 ACTCCACAATCTGGAAGGGCCAGAATGGTCGCACCTTCAAAGTGGGCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TTCCCAGCCTCGGCAGTGACGCTGGCAGATGCGGGGGGCTTGCCAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104119 TTCCCAGCCTCGGCAGTGACGCTGGCAGATGCGGGGGGCTTGCCAGCCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CCGTCCAGTCCACAGAGGCACCCCTGCCCGGGGAGATCAACACCCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104169 CCGTCCAGTCCACAGAGGCACCCCTGCCCGGGGAGATCAACACCCAGGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 GCATAGATGG         AGACAGAAAGAAGGCAAATCTTTGGGATGCG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104219 GCATAGATGGGTG...CAGAGACAGAAAGAAGGCAAATCTTTGGGATGCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CCCCCAGCACGGGGCCAGAGGAGGAACATGCCCCTGGAGAGGATGAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104483 CCCCCAGCACGGGGCCAGAGGAGGAACATGCCCCTGGAGAGGATGAAAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1478         GCATTTCCAGGAGTCTGGAGTCAGTTCTGTCCCTCGGTCCTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104533 TG...CAGGCATTTCCAGGAGTCTGGAGTCAGTTCTGTCCCTCGGTCCTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GTCCCACAGGGGGTGGTTCAAGCCCCCCTGAAATTCGACAAGCCAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105522 GTCCCACAGGGGGTGGTTCAAGCCCCCCTGAAATTCGACAAGCCAGAGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GTGCCCCAGGGACCTCCAGGCCTGCCTCCACGCCCACCTTTATCCTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105572 GTGCCCCAGGGACCTCCAGGCCTGCCTCCACGCCCACCTTTATCCTCTAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CTCTCCTCAGCCCAGCCAGCCCTCTAGGGAGAGGCTTCCCTGGCCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105622 CTCTCCTCAGCCCAGCCAGCCCTCTAGGGAGAGGCTTCCCTGGCCCAAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 GAAAACCCCCACACAATCACCCCATGGGAATGCCTGGAGCCCGTAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105672 GAAAACCCCCACACAATCACCCCATGGGAATGCCTGGAGCCCGTAAAGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GCTGCCCTCTCTGGAGGCCTCTTGTCCGATCCTGAGTTGCAGAGGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105722 GCTGCCCTCTCTGGAGGCCTCTTGTCCGATCCTGAGTTGCAGAGGAAGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 TATGGAG         GTGGAGCTGAGTGTGCATGGGGTCACCCACCAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105772 TATGGAGGTG...CAGGTGGAGCTGAGTGTGCATGGGGTCACCCACCAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 AGTGCCAGACAGCACTAGGAGCCACTGGGGGAGATGTGGTTTCTGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105896 AGTGCCAGACAGCACTAGGAGCCACTGGGGGAGATGTGGTTTCTGCCATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 CGGAACCTCAAG         GTAGATCAGCTCTTCCACCTGAGTAGCCG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105946 CGGAACCTCAAGGTA...CAGGTAGATCAGCTCTTCCACCTGAGTAGCCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 GTCCAGAGCTGACTGCTGGCGCATCCTGGAGCATTACCAGTGGGACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106074 GTCCAGAGCTGACTGCTGGCGCATCCTGGAGCATTACCAGTGGGACCTCT

   2050     .    :    .    :    .    :
   1952 CAGCTGCCAGCCGCTATGTCCTGGCCAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 106124 CAGCTGCCAGCCGCTATGTCCTGGCCAGGCCC