seq1 = pF1KE1523.tfa, 1110 bp
seq2 = pF1KE1523/gi568815591f_66140426.tfa (gi568815591f:66140426_66452555), 312130 bp

>pF1KE1523 1110
>gi568815591f:66140426_66452555 (Chr7)

1-845  (100001-100845)   100% ->
846-1044  (146086-146284)   100% ->
1045-1099  (212080-212136)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTGGAAAGCTGAAGCAGAACTTACTATTGGCATGTCTGGTGATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTGGAAAGCTGAAGCAGAACTTACTATTGGCATGTCTGGTGATTAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCTGTGACTGTGTTTTACCTGGGCCAGCATGCCATGGAATGCCATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCTGTGACTGTGTTTTACCTGGGCCAGCATGCCATGGAATGCCATCACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGATAGAGGAACGTAGCCAGCCAGTCAAATTGGAGAGCACAAGGACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGATAGAGGAACGTAGCCAGCCAGTCAAATTGGAGAGCACAAGGACCACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGAGAACTGGCCTGGACCTCAAAGCCAACAAAACCTTTGCCTATCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGAGAACTGGCCTGGACCTCAAAGCCAACAAAACCTTTGCCTATCACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGATATGCCTTTAATATTTATTGGAGGTGTGCCTCGGAGTGGAACCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGATATGCCTTTAATATTTATTGGAGGTGTGCCTCGGAGTGGAACCACAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCATGAGGGCCATGCTGGACGCACATCCTGACATTCGCTGTGGAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCATGAGGGCCATGCTGGACGCACATCCTGACATTCGCTGTGGAGAGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCAGGGTCATTCCCCGAATCCTGGCCCTGAAGCAGATGTGGTCACGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCAGGGTCATTCCCCGAATCCTGGCCCTGAAGCAGATGTGGTCACGGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AAGTAAAGAGAAGATCCGCCTGGATGAGGCTGGTGTTACTGATGAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AAGTAAAGAGAAGATCCGCCTGGATGAGGCTGGTGTTACTGATGAAGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGATTCTGCCATGCAAGCCTTCTTACTAGAAATTATCGTTAAGCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGATTCTGCCATGCAAGCCTTCTTACTAGAAATTATCGTTAAGCATGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGCCAGCCCCTTATTTATGTAATAAAGATCCTTTTGCCCTGAAATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGCCAGCCCCTTATTTATGTAATAAAGATCCTTTTGCCCTGAAATCTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AACTTACCTTTCTAGGTTATTCCCCAATGCCAAATTTCTCCTGATGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AACTTACCTTTCTAGGTTATTCCCCAATGCCAAATTTCTCCTGATGGTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GAGATGGCCGGGCATCAGTACATTCAATGATTTCTCGAAAAGTTACTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GAGATGGCCGGGCATCAGTACATTCAATGATTTCTCGAAAAGTTACTATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCTGGATTTGATCTGAACAGCTATAGGGACTGTTTGACAAAGTGGAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCTGGATTTGATCTGAACAGCTATAGGGACTGTTTGACAAAGTGGAATCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGCTATAGAGACCATGTATAACCAGTGTATGGAGGTTGGTTATAAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGCTATAGAGACCATGTATAACCAGTGTATGGAGGTTGGTTATAAAAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCATGTTGGTTCACTATGAACAACTTGTCTTACATCCTGAACGGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCATGTTGGTTCACTATGAACAACTTGTCTTACATCCTGAACGGTGGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGAACACTCTTAAAGTTCCTCCAGATTCCATGGAACCACTCAGTATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGAACACTCTTAAAGTTCCTCCAGATTCCATGGAACCACTCAGTATTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCATGAAGAGATGATTGGGAAAGCTGGGGGAGTGTCTCTGTCAAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100801 CCATGAAGAGATGATTGGGAAAGCTGGGGGAGTGTCTCTGTCAAAGTG..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    846     AGTGGAGAGATCTACAGACCAAGTAATCAAGCCAGTCAATGTAGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 .CAGAGTGGAGAGATCTACAGACCAAGTAATCAAGCCAGTCAATGTAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GCTCTATCAAAATGGGTTGGGAAGATACCGCCAGATGTTTTACAAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146132 GCTCTATCAAAATGGGTTGGGAAGATACCGCCAGATGTTTTACAAGACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GGCAGTGATTGCTCCTATGCTTGCCAAGCTTGGATATGACCCATATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146182 GGCAGTGATTGCTCCTATGCTTGCCAAGCTTGGATATGACCCATATGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ACCCACCTAACTACGGAAAACCTGATCCCAAAATTATTGAAAACACTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146232 ACCCACCTAACTACGGAAAACCTGATCCCAAAATTATTGAAAACACTCGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AGG         GTCTATAAGGGAGAATTCCAACTACCTGACTTTCTTAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146282 AGGGTA...CAGGTCTATAAGGGAGAATTCCAACTACCTGACTTTCTTAA

   1100     .    :    .
   1083 AGAAAAACCACAG  ACTG
        |||||||||||||--||||
 212118 AGAAAAACCACAGGTACTG