seq1 = pF1KE1522.tfa, 1776 bp
seq2 = pF1KE1522/gi568815596f_215212497.tfa (gi568815596f:215212497_215449652), 237156 bp

>pF1KE1522 1776
>gi568815596f:215212497_215449652 (Chr2)

1-19  (99647-99665)   100% ->
20-146  (100002-100128)   100% ->
147-223  (105661-105737)   100% ->
224-290  (107169-107235)   100% ->
291-379  (112745-112833)   100% ->
380-531  (113491-113642)   100% ->
532-688  (114326-114482)   100% ->
689-814  (119886-120011)   100% ->
815-922  (120854-120961)   100% ->
923-1008  (122423-122508)   100% ->
1009-1098  (123539-123628)   100% ->
1099-1227  (126283-126411)   100% ->
1228-1320  (132283-132375)   100% ->
1321-1503  (134263-134445)   100% ->
1504-1659  (136598-136753)   100% ->
1660-1776  (137040-137156)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCCCGGCCAGCTCG         CCTTATTTAGTGTCTCTGACAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
  99647 ATGGCTCCCGGCCAGCTCGGTG...CAGCCTTATTTAGTGTCTCTGACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AACCGGCCTTGTGGAATTTGCAAGAAACCTGACCGCTCTTGGTTTGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100024 AACCGGCCTTGTGGAATTTGCAAGAAACCTGACCGCTCTTGGTTTGAATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGTCGCTTCCGGAGGGACTGCAAAAGCTCTCAGGGATGCTGGTCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100074 TGGTCGCTTCCGGAGGGACTGCAAAAGCTCTCAGGGATGCTGGTCTGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCAG         AGATGTCTCTGAGTTGACGGGATTTCCTGAAATGTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100124 GTCAGGTA...CAGAGATGTCTCTGAGTTGACGGGATTTCCTGAAATGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGGGGGACGTGTGAAAACTTTGCATCCTGCAGTCCATGCTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105697 GGGGGGACGTGTGAAAACTTTGCATCCTGCAGTCCATGCTGGTA...TAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GAATCCTAGCTCGTAATATTCCAGAAGATAATGCTGACATGGCCAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107169 GAATCCTAGCTCGTAATATTCCAGAAGATAATGCTGACATGGCCAGACTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATTTCAATCTTATAAG         AGTTGTTGCCTGCAATCTCTATCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 107219 GATTTCAATCTTATAAGGTA...TAGAGTTGTTGCCTGCAATCTCTATCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CTTTGTAAAGACAGTGGCTTCTCCAGGTGTAACTGTTGAGGAGGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112769 CTTTGTAAAGACAGTGGCTTCTCCAGGTGTAACTGTTGAGGAGGCTGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGCAAATTGACATTG         GTGGAGTAACCTTACTGAGAGCTGCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 112819 AGCAAATTGACATTGGTA...AAGGTGGAGTAACCTTACTGAGAGCTGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GCCAAAAACCACGCTCGAGTGACAGTGGTGTGTGAACCAGAGGACTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113517 GCCAAAAACCACGCTCGAGTGACAGTGGTGTGTGAACCAGAGGACTATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGTGGTGTCCACGGAGATGCAGAGCTCCGAGAGTAAGGACACCTCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113567 GGTGGTGTCCACGGAGATGCAGAGCTCCGAGAGTAAGGACACCTCCTTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGACTAGACGCCAGTTAGCCTTGAAG         GCATTCACTCATACG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 113617 AGACTAGACGCCAGTTAGCCTTGAAGGTG...TAGGCATTCACTCATACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCACAATATGATGAAGCAATTTCAGATTATTTCAGGAAACAGTACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114341 GCACAATATGATGAAGCAATTTCAGATTATTTCAGGAAACAGTACAGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGGCGTATCTCAGATGCCCTTGAGATATGGAATGAACCCACATCAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114391 AGGCGTATCTCAGATGCCCTTGAGATATGGAATGAACCCACATCAGACCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGCCCAGCTGTACACACTGCAGCCCAAGCTTCCCATCACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 114441 CTGCCCAGCTGTACACACTGCAGCCCAAGCTTCCCATCACAGGTA...TA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    689  TTCTAAATGGAGCCCCTGGATTTATAAACTTGTGCGATGCTTTGAACGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119885 GTTCTAAATGGAGCCCCTGGATTTATAAACTTGTGCGATGCTTTGAACGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CTGGCAGCTGGTGAAGGAACTCAAGGAGGCTTTAGGTATTCCAGCCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119935 CTGGCAGCTGGTGAAGGAACTCAAGGAGGCTTTAGGTATTCCAGCCGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCTCTTTCAAACATGTCAGCCCAGCAG         GTGCTGCTGTTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 119985 CCTCTTTCAAACATGTCAGCCCAGCAGGTA...CAGGTGCTGCTGTTGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ATTCCACTCAGTGAAGATGAGGCCAAAGTCTGCATGGTTTATGATCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120868 ATTCCACTCAGTGAAGATGAGGCCAAAGTCTGCATGGTTTATGATCTCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TAAAACCCTCACACCCATCTCAGCGGCATATGCAAGAGCAAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 120918 TAAAACCCTCACACCCATCTCAGCGGCATATGCAAGAGCAAGAGGTC...

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    923    GGGCTGATAGGATGTCTTCATTTGGTGATTTTGTTGCATTGTCCGAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122420 CAGGGGCTGATAGGATGTCTTCATTTGGTGATTTTGTTGCATTGTCCGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GTTTGTGATGTACCAACTGCAAAAATTATTTCCAGAGAA         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 122470 GTTTGTGATGTACCAACTGCAAAAATTATTTCCAGAGAAGTT...CAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 ATCTGATGGTATAATTGCCCCAGGATATGAAGAAGAAGCCTTGACAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123541 ATCTGATGGTATAATTGCCCCAGGATATGAAGAAGAAGCCTTGACAATAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TTTCCAAAAAGAAAAATGGAAACTATTGTGTCCTTCAG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 123591 TTTCCAAAAAGAAAAATGGAAACTATTGTGTCCTTCAGGTG...TAGATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GACCAATCTTACAAACCAGATGAAAATGAAGTTCGAACTCTCTTTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126286 GACCAATCTTACAAACCAGATGAAAATGAAGTTCGAACTCTCTTTGGTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TCATTTAAGCCAGAAGAGAAATAATGGTGTCGTCGACAAGTCATTATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126336 TCATTTAAGCCAGAAGAGAAATAATGGTGTCGTCGACAAGTCATTATTTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GCAATGTTGTTACCAAAAATAAAGAT         TTGCCAGAGTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 126386 GCAATGTTGTTACCAAAAATAAAGATGTA...CAGTTGCCAGAGTCTGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CTCCGAGACCTCATCGTAGCCACCATTGCTGTCAAGTACACTCAGTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132298 CTCCGAGACCTCATCGTAGCCACCATTGCTGTCAAGTACACTCAGTCTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CTCTGTGTGCTACGCCAAGAACGGGCAG         GTTATCGGCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 132348 CTCTGTGTGCTACGCCAAGAACGGGCAGGTA...CAGGTTATCGGCATTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 GAGCAGGACAGCAGTCTCGTATACACTGCACTCGCCTTGCAGGAGATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134276 GAGCAGGACAGCAGTCTCGTATACACTGCACTCGCCTTGCAGGAGATAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GCAAACTATTGGTGGCTTAGACACCATCCACAAGTGCTTTCGATGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134326 GCAAACTATTGGTGGCTTAGACACCATCCACAAGTGCTTTCGATGAAGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TAAAACAGGAGTGAAGAGAGCAGAAATCTCCAATGCCATCGATCAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134376 TAAAACAGGAGTGAAGAGAGCAGAAATCTCCAATGCCATCGATCAATATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TGACTGGAACCATTGGCGAG         GATGAAGATTTGATAAAGTGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 134426 TGACTGGAACCATTGGCGAGGTG...TAGGATGAAGATTTGATAAAGTGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 AAGGCACTGTTTGAGGAAGTCCCTGAGTTACTCACTGAGGCAGAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136619 AAGGCACTGTTTGAGGAAGTCCCTGAGTTACTCACTGAGGCAGAGAAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GGAATGGGTTGAGAAACTGACTGAAGTTTCTATCAGCTCTGATGCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136669 GGAATGGGTTGAGAAACTGACTGAAGTTTCTATCAGCTCTGATGCCTTCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TCCCTTTCCGAGATAACGTAGACAGAGCTAAAAGG         AGTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 136719 TCCCTTTCCGAGATAACGTAGACAGAGCTAAAAGGGTA...CAGAGTGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 GTGGCGTACATTGCGGCTCCCTCCGGTTCTGCTGCTGACAAAGTTGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137046 GTGGCGTACATTGCGGCTCCCTCCGGTTCTGCTGCTGACAAAGTTGTGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TGAGGCCTGCGACGAACTGGGAATCATCCTCGCTCATACGAACCTTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137096 TGAGGCCTGCGACGAACTGGGAATCATCCTCGCTCATACGAACCTTCGGC

   1900     .    :
   1766 TCTTCCACCAC
        |||||||||||
 137146 TCTTCCACCAC