seq1 = pF1KE1521.tfa, 987 bp
seq2 = pF1KE1521/gi568815595f_121991600.tfa (gi568815595f:121991600_122219531), 227932 bp

>pF1KE1521 987
>gi568815595f:121991600_122219531 (Chr3)

14-64  (100001-100051)   100% ->
65-400  (111913-112248)   100% ->
401-703  (114599-114901)   99% ->
704-847  (117666-117809)   100% ->
848-893  (126449-126494)   100% ->
894-987  (127839-127932)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     14 GCACTATGGGACTGAGTAACATTCTCTTTGTGATGGCCTTCCTGCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GCACTATGGGACTGAGTAACATTCTCTTTGTGATGGCCTTCCTGCTCTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     64 G         GTGCTGCTCCTCTGAAGATTCAAGCTTATTTCAATGAGAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTA...TAGGTGCTGCTCCTCTGAAGATTCAAGCTTATTTCAATGAGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    105 TGCAGACCTGCCATGCCAATTTGCAAACTCTCAAAACCAAAGCCTGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111953 TGCAGACCTGCCATGCCAATTTGCAAACTCTCAAAACCAAAGCCTGAGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    155 AGCTAGTAGTATTTTGGCAGGACCAGGAAAACTTGGTTCTGAATGAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112003 AGCTAGTAGTATTTTGGCAGGACCAGGAAAACTTGGTTCTGAATGAGGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    205 TACTTAGGCAAAGAGAAATTTGACAGTGTTCATTCCAAGTATATGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112053 TACTTAGGCAAAGAGAAATTTGACAGTGTTCATTCCAAGTATATGGGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    255 CACAAGTTTTGATTCGGACAGTTGGACCCTGAGACTTCACAATCTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112103 CACAAGTTTTGATTCGGACAGTTGGACCCTGAGACTTCACAATCTTCAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    305 TCAAGGACAAGGGCTTGTATCAATGTATCATCCATCACAAAAAGCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112153 TCAAGGACAAGGGCTTGTATCAATGTATCATCCATCACAAAAAGCCCACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    355 GGAATGATTCGCATCCACCAGATGAATTCTGAACTGTCAGTGCTTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 112203 GGAATGATTCGCATCCACCAGATGAATTCTGAACTGTCAGTGCTTGGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401      CTAACTTCAGTCAACCTGAAATAGTACCAATTTCTAATATAACAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112253 ..CAGCTAACTTCAGTCAACCTGAAATAGTACCAATTTCTAATATAACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    446 AAAATGTGTACATAAATTTGACCTGCTCATCTATACACGGTTACCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114644 AAAATGTGTACATAAATTTGACCTGCTCATCTATACACGGTTACCCAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    496 CCTAAGAAGATGAGTGTTTTGCTAAGAACCAAGAATTCAACTATCGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114694 CCTAAGAAGATGAGTGTTTTGCTAAGAACCAAGAATTCAACTATCGAGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    546 TGATGGTATTATGCAGAAATCTCAAGATAATGTCACAGAACTGTACGACG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114744 TGATGGTGTTATGCAGAAATCTCAAGATAATGTCACAGAACTGTACGACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    596 TTTCCATCAGCTTGTCTGTTTCATTCCCTGATGTTACGAGCAATATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114794 TTTCCATCAGCTTGTCTGTTTCATTCCCTGATGTTACGAGCAATATGACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    646 ATCTTCTGTATTCTGGAAACTGACAAGACGCGGCTTTTATCTTCACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114844 ATCTTCTGTATTCTGGAAACTGACAAGACGCGGCTTTTATCTTCACCTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    696 CTCTATAG         AGCTTGAGGACCCTCAGCCTCCCCCAGACCACA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 114894 CTCTATAGGTA...TAGAGCTTGAGGACCCTCAGCCTCCCCCAGACCACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    737 TTCCTTGGATTACAGCTGTACTTCCAACAGTTATTATATGTGTGATGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117699 TTCCTTGGATTACAGCTGTACTTCCAACAGTTATTATATGTGTGATGGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    787 TTCTGTCTAATTCTATGGAAATGGAAGAAGAAGAAGCGGCCTCGCAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117749 TTCTGTCTAATTCTATGGAAATGGAAGAAGAAGAAGCGGCCTCGCAACTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    837 TTATAAATGTG         GAACCAACACAATGGAGAGGGAAGAGAGTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 117799 TTATAAATGTGGTG...CAGGAACCAACACAATGGAGAGGGAAGAGAGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    878 AACAGACCAAGAAAAG         AGAAAAAATCCATATACCTGAAAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 126479 AACAGACCAAGAAAAGGTA...CAGAGAAAAAATCCATATACCTGAAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    919 TCTGATGAAACCCAGCGTGTTTTTAAAAGTTCGAAGACATCTTCATGCGA
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127864 TCTGATGAAGCCCAGCGTGTTTTTAAAAGTTCGAAGACATCTTCATGCGA

   1000     .    :    .
    969 CAAAAGTGATACATGTTTT
        |||||||||||||||||||
 127914 CAAAAGTGATACATGTTTT