seq1 = pF1KE1519.tfa, 1392 bp
seq2 = pF1KE1519/gi568815579f_2143419.tfa (gi568815579f:2143419_2348543), 205125 bp

>pF1KE1519 1392
>gi568815579f:2143419_2348543 (Chr19)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-198  (101126-101197)   100% ->
199-245  (101315-101361)   100% ->
246-355  (102028-102137)   100% ->
356-405  (103335-103384)   100% ->
406-546  (103464-103604)   100% ->
547-615  (104176-104244)   100% ->
616-1392  (104349-105125)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTTCCAGCATCGCCCCGGGGGCAAGACCGGGAGCGGGGGCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACTTCCAGCATCGCCCCGGGGGCAAGACCGGGAGCGGGGGCGTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCTCCTCCGAGAGCAACCGTGACCGCAGGGAGCGCCTCCGGCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCTCCTCCGAGAGCAACCGTGACCGCAGGGAGCGCCTCCGGCAGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTGGAGACCATCGACATCAACAAG         GACCCGTACTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 CCCTGGAGACCATCGACATCAACAAGGTG...CAGGACCCGTACTTCATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGAACCACCTGGGCTCCTATGAATGCAAACTCTGCCTGACACTTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101141 AAGAACCACCTGGGCTCCTATGAATGCAAACTCTGCCTGACACTTCACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAATGAG         GGGAGCTACCTGGCACATACGCAGGGGAAGAAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101191 CAATGAGGTG...CAGGGGAGCTACCTGGCACATACGCAGGGGAAGAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCAGACCAACCT         GGCCCGGCGAGCAGCCAAGGAGGCCAAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101349 ACCAGACCAACCTGTG...CAGGGCCCGGCGAGCAGCCAAGGAGGCCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAGGCCCCTGCCCAGCCCGCGCCTGAGAAGGTCAAGGTGGAGGTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102056 GAGGCCCCTGCCCAGCCCGCGCCTGAGAAGGTCAAGGTGGAGGTGAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTTTGTGAAGATCGGCCGCCCGGGCTACAAAG         TGACCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102106 GTTTGTGAAGATCGGCCGCCCGGGCTACAAAGGTG...CAGTGACCAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGAGAGACTCGGAGATGGGCCAGCAGAGCCTCCTCTTCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103344 AGAGAGACTCGGAGATGGGCCAGCAGAGCCTCCTCTTCCAGGTG...CAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ATTGACTACCCTGAGATCGCCGAGGGCATCATGCCACGTCACCGCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103464 ATTGACTACCCTGAGATCGCCGAGGGCATCATGCCACGTCACCGCTTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GTCTGCGTACGAGCAGAGGATCGAGCCTCCGGACCGGCGCTGGCAGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103514 GTCTGCGTACGAGCAGAGGATCGAGCCTCCGGACCGGCGCTGGCAGTACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGCTCATGGCCGCCGAGCCCTACGAGACCATTGCCTTCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103564 TGCTCATGGCCGCCGAGCCCTACGAGACCATTGCCTTCAAGGTA...CAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GTGCCGAGCAGAGAGATCGACAAGGCGGAGGGCAAGTTCTGGACACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104176 GTGCCGAGCAGAGAGATCGACAAGGCGGAGGGCAAGTTCTGGACACACTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GAACCGGGAGACCAAGCAG         TTCTTCCTCCAGTTCCACTTTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104226 GAACCGGGAGACCAAGCAGGTG...TAGTTCTTCCTCCAGTTCCACTTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGATGGAGAAGCCCCCGGCTCCACCCAGCCTCCCTGCTGGCCCCCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104371 AGATGGAGAAGCCCCCGGCTCCACCCAGCCTCCCTGCTGGCCCCCCTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTGAAGCGGCCTCCACCCCCGCTGATGAACGGTCTGCCCCCTCGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104421 GTGAAGCGGCCTCCACCCCCGCTGATGAACGGTCTGCCCCCTCGGCCACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCTGCCTGAGTCTTTGCCACCGCCCCCGCCAGGAGGCCTGCCTCTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104471 GCTGCCTGAGTCTTTGCCACCGCCCCCGCCAGGAGGCCTGCCTCTGCCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCATGCCCCCCACAGGGCCTGCGCCCTCAGGGCCCCCGGGACCACCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104521 CCATGCCCCCCACAGGGCCTGCGCCCTCAGGGCCCCCGGGACCACCCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTACCCCCGCCAGCTCCAGGGGTCCACCCCCCGGCCCCAGTGGTGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104571 CTACCCCCGCCAGCTCCAGGGGTCCACCCCCCGGCCCCAGTGGTGCATCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCCTGCATCTGGGGTCCATCCCCCAGCTCCTGGCGTCCACCCCCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104621 CCCTGCATCTGGGGTCCATCCCCCAGCTCCTGGCGTCCACCCCCCAGCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTGGCGTCCATCCCCCAGCCCCTGGGGTCCACCCACCAACCTCTGGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104671 CTGGCGTCCATCCCCCAGCCCCTGGGGTCCACCCACCAACCTCTGGGGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CACCCCCCAGCTCCTGGAGTCCACCCTCCAGCCCCCGGGGTTCACCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104721 CACCCCCCAGCTCCTGGAGTCCACCCTCCAGCCCCCGGGGTTCACCCACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGCCCCCGGAGTCCACCCACCAGCCCCTGGGGTTCACCCACCAGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104771 AGCCCCCGGAGTCCACCCACCAGCCCCTGGGGTTCACCCACCAGCCCCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GGGTCCATCCTCCCCCATCAGCGGGGGTTCACCCCCAGGCCCCGGGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104821 GGGTCCATCCTCCCCCATCAGCGGGGGTTCACCCCCAGGCCCCGGGGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CACCCAGCAGCCCCCGCCGTTCACCCTCAGGCCCCAGGGGTGCACCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104871 CACCCAGCAGCCCCCGCCGTTCACCCTCAGGCCCCAGGGGTGCACCCACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 AGCCCCAGGGATGCACCCTCAGGCCCCGGGGGTCCACCCCCAACCTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104921 AGCCCCAGGGATGCACCCTCAGGCCCCGGGGGTCCACCCCCAACCTCCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GGGTCCATCCGTCGGCTCCTGGGGTCCACCCTCAGCCTCCGGGAGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104971 GGGTCCATCCGTCGGCTCCTGGGGTCCACCCTCAGCCTCCGGGAGTTCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CCCTCAAATCCTGGGGTGCACCCCCCAACTCCCATGCCCCCAATGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105021 CCCTCAAATCCTGGGGTGCACCCCCCAACTCCCATGCCCCCAATGCTGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GCCCCCACTTCCCTCCGAAGGCCCAGGGAACATACCTCCCCCTCCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105071 GCCCCCACTTCCCTCCGAAGGCCCAGGGAACATACCTCCCCCTCCCCCAA

   1450     .
   1388 CCAAC
        |||||
 105121 CCAAC