seq1 = pF1KE1517.tfa, 339 bp
seq2 = pF1KE1517/gi568815592r_158536830.tfa (gi568815592r:158536830_158741362), 204533 bp

>pF1KE1517 339
>gi568815592r:158536830_158741362 (Chr6)

(complement)

1-27  (96655-96681)   100% ->
28-69  (100003-100044)   100% ->
70-193  (103469-103592)   100% ->
194-271  (104158-104235)   100% ->
272-339  (104466-104533)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGACTACCAGGCTGCGGAGGAG         ACTGCTTTTGTTGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  96655 ATGGAAGACTACCAGGCTGCGGAGGAGGTA...CAGACTGCTTTTGTTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGATGAAGTGAGCAACATTGTAAAAGAG         GCTATAGAAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100017 TGATGAAGTGAGCAACATTGTAAAAGAGGTA...TAGGCTATAGAAAGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 CAATTGGTGGTAACGCTTATCAACACAGCAAAGTGAACCAGTGGACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103482 CAATTGGTGGTAACGCTTATCAACACAGCAAAGTGAACCAGTGGACCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AATGTAGTAGAACAAACTTTAAGCCAACTCACCAAGCTGGGAAAACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103532 AATGTAGTAGAACAAACTTTAAGCCAACTCACCAAGCTGGGAAAACCATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TAAATACATCG         TGACCTGTGTAATTATGCAGAAGAATGGAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103582 TAAATACATCGGTA...AAGTGACCTGTGTAATTATGCAGAAGAATGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTGGATTACACACAGCAAGTTCCTGCTTCTGGGACAGCTCTACTGACG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104188 CTGGATTACACACAGCAAGTTCCTGCTTCTGGGACAGCTCTACTGACGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    272        GGAGCTGCACTGTGCGATGGGAGAATAAGACCATGTACTGCAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104238 A...CAGGGAGCTGCACTGTGCGATGGGAGAATAAGACCATGTACTGCAT

    350     .    :    .    :    .
    315 CGTCAGTGCCTTCGGACTGTCTATT
        |||||||||||||||||||||||||
 104509 CGTCAGTGCCTTCGGACTGTCTATT