seq1 = pF1KE1515.tfa, 780 bp
seq2 = pF1KE1515/gi568815592r_32968653.tfa (gi568815592r:32968653_33173570), 204918 bp

>pF1KE1515 780
>gi568815592r:32968653_33173570 (Chr6)

(complement)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-346  (103685-103930)   96% ->
347-628  (104271-104552)   97% ->
629-780  (104767-104918)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCCCTGAAGACAGAATGTTCCATATCAGAGCTGTGATCTTGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGCCCTGAAGACAGAATGTTCCATATCAGAGCTGTGATCTTGAGAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCTCCTTGGCTTTCCTGCTGAGTCTCCGAGGAGCTGGGGCCATCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTCTCCTTGGCTTTCCTGCTGAGTCTCCGAGGAGCTGGGGCCATCAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          CGGACCATGTGTCAACTTATGCCGCGTTTGTACAGACCCAT
        >>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100101 GTG...CAGCGGACCATGTGTCAACTTATGCCGCGTTTGTACAGACGCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGACCAACAGGGGAGTTTATGTTTGAATTTGATGAAGATGAGCAGTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||
 103726 AGACCAACAGGGGAGTTTATGTTTGAATTTGATGAAGATGAGATGTTCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGGATCTGGATAAAAAGGAGACCGTCTGGCATCTGGAGGAGTTTGGCC
        |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103776 TGTGGATCTGGACAAGAAGGAGACCGTCTGGCATCTGGAGGAGTTTGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGCCTTTTCCTTTGAGGCTCAGGGCGGGCTGGCTAACATTGCTATATTG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103826 AAGCCTTTTCCTTTGAGGCTCAGGGCGGGCTGGCTAACATTGCTATATTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACAACAACTTGAATACCTTGATCCAGCGTTCCAACCACACTCAGGCCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 103876 AACAACAACTTGAATACCTTGATCCAGCGTTCCAACCACACTCAGGCCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAATG         ATCCCCCTGAGGTGACCGTGTTTCCCAAGGAGCCTG
        ||| |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103926 CAACGGTA...CAGATCCCCCTGAGGTGACCGTGTTTCCCAAGGAGCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGAGCTGGGCCAGCCCAACACCCTCATCTGCCACATTGACAGGTTCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 104307 TGGAGCTGGGCCAGCCCAACACCCTCATCTGCCACATTGACAAGTTCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCACCAGTGCTCAACGTCACATGGCTGTGCAATGGGGAGCCAGTCACTGA
        |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||
 104357 CCACCAGTGCTCAACGTCACGTGGCTGTGCAACGGGGAGCTGGTCACTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGGTGTCGCTGAGAGCCTCTTCCTGCCCAGAACAGATTACAGCTTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104407 GGGTGTCGCTGAGAGCCTCTTCCTGCCCAGAACAGATTACAGCTTCCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGTTCCATTACCTGACCTTTGTGCCCTCAGCAGAGGACGTCTATGACTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 104457 AGTTCCATTACCTGACCTTTGTGCCCTCAGCAGAGGACTTCTATGACTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGGGTGGAGCACTGGGGCTTGGACCAGCCGCTCCTCAAGCACTGGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104507 AGGGTGGAGCACTGGGGCTTGGACCAGCCGCTCCTCAAGCACTGGGGTA.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629      AGGCCCAAGAGCCAATCCAGATGCCTGAGACAACGGAGACTGTGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104557 ..CAGAGGCCCAAGAGCCAATCCAGATGCCTGAGACAACGGAGACTGTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCTGTGCCCTGGGCCTGGTGCTGGGCCTAGTGGGCATCATCGTGGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 104812 TCTGTGCCCTGGGCCTGGTGCTGGGCCTAGTCGGCATCATCGTGGGCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTCCTCATCATAAAGTCTCTGCGTTCTGGCCATGACCCCCGGGCCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104862 GTCCTCATCATAAAGTCTCTGCGTTCTGGCCATGACCCCCGGGCCCAGGG

    800     .
    774 GCCCCTG
        | |||||
 104912 GACCCTG