seq1 = pF1KE1514.tfa, 729 bp
seq2 = pF1KE1514/gi568815597r_160579055.tfa (gi568815597r:160579055_160811763), 232709 bp

>pF1KE1514 729
>gi568815597r:160579055_160811763 (Chr1)

(complement)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-385  (126575-126877)   100% ->
386-652  (130296-130562)   99% ->
653-729  (132633-132709)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGCTCCAGAGGTTGGGATTCGTGTCTGGCTCTGGAATTGCTACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGCTCCAGAGGTTGGGATTCGTGTCTGGCTCTGGAATTGCTACTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCTCTGTCACTCCTGGTGACCAGCATTCAAG         GTCACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 GCCTCTGTCACTCCTGGTGACCAGCATTCAAGGTA...CAGGTCACTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TACATATGACCGTGGTCTCCGGCAGCAACGTGACTCTGAACATCTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126584 TACATATGACCGTGGTCTCCGGCAGCAACGTGACTCTGAACATCTCTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCCTGCCTGAGAACTACAAACAACTAACCTGGTTTTATACTTTCGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126634 AGCCTGCCTGAGAACTACAAACAACTAACCTGGTTTTATACTTTCGACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAGATTGTAGAATGGGATTCCAGAAAATCTAAGTACTTTGAATCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126684 GAAGATTGTAGAATGGGATTCCAGAAAATCTAAGTACTTTGAATCCAAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTAAAGGCAGGGTCAGACTTGATCCTCAGAGTGGCGCACTGTACATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126734 TTAAAGGCAGGGTCAGACTTGATCCTCAGAGTGGCGCACTGTACATCTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGGTCCAGAAAGAGGACAACAGCACCTACATCATGAGGGTGTTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126784 AAGGTCCAGAAAGAGGACAACAGCACCTACATCATGAGGGTGTTGAAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GACTGGGAATGAGCAAGAATGGAAGATCAAGCTGCAAGTGCTTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 126834 GACTGGGAATGAGCAAGAATGGAAGATCAAGCTGCAAGTGCTTGGTG...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    386    ACCCTGTACCCAAGCCTGTCATCAAAATTGAGAAGATAGAAGACATG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130293 CAGACCCTGTACCCAAGCCTGTCATCAAAATTGAGAAGATAGAAGACATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GATGACAACTGTTATTTGAAACTGTCATGTGTGATACCTGGCGAGTCTGT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130343 GATGACAACTGTTATCTGAAACTGTCATGTGTGATACCTGGCGAGTCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AAACTACACCTGGTATGGGGACAAAAGGCCCTTCCCAAAGGAGCTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130393 AAACTACACCTGGTATGGGGACAAAAGGCCCTTCCCAAAGGAGCTCCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACAGTGTGCTTGAAACCACCCTTATGCCACATAATTACTCCAGGTGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130443 ACAGTGTGCTTGAAACCACCCTTATGCCACATAATTACTCCAGGTGTTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACTTGCCAAGTCAGCAATTCTGTGAGCAGCAAGAATGGCACGGTCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130493 ACTTGCCAAGTCAGCAATTCTGTGAGCAGCAAGAATGGCACGGTCTGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAGTCCACCCTGTACCCTGG         CCCGGTCCTTTGGAGTAGAAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 130543 CAGTCCACCCTGTACCCTGGGTA...CAGCCCGGTCCTTTGGAGTAGAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGATTGCAAGTTGGCTAGTGGTCACGGTGCCCACCATTCTTGGCCTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132654 GGATTGCAAGTTGGCTAGTGGTCACGGTGCCCACCATTCTTGGCCTGTTA

    750     .
    724 CTTACC
        ||||||
 132704 CTTACC