seq1 = pF1KE1513.tfa, 543 bp
seq2 = pF1KE1513/gi568815597f_145628328.tfa (gi568815597f:145628328_145836134), 207807 bp

>pF1KE1513 543
>gi568815597f:145628328_145836134 (Chr1)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-400  (102417-102743)   100% ->
401-543  (107670-107812)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTTGGAACCCGGCAGAGGCTGCTGTGCCCTGGCCATCCTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGTTGGAACCCGGCAGAGGCTGCTGTGCCCTGGCCATCCTGCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATTGTGGACATCCAGTCTGGTG         GATGCATTAACATCACCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 AATTGTGGACATCCAGTCTGGTGGTG...CAGGATGCATTAACATCACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCTCAGCTTCCCAGGAAGGAACGCGACTAAACTTAATCTGTACTGTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102435 GCTCAGCTTCCCAGGAAGGAACGCGACTAAACTTAATCTGTACTGTATGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATAAGAAAGAAGAGGCTGAGGGGTTTGTAGTGTTTTTGTGCAAGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102485 CATAAGAAAGAAGAGGCTGAGGGGTTTGTAGTGTTTTTGTGCAAGGACAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTCTGGAGACTGTTCTCCTGAGACCAGTTTAAAACAGCTGAGACTTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102535 GTCTGGAGACTGTTCTCCTGAGACCAGTTTAAAACAGCTGAGACTTAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGATCCTGGGATAGATGGTGTTGGTGAAATATCATCTCAGTTGATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102585 GGGATCCTGGGATAGATGGTGTTGGTGAAATATCATCTCAGTTGATGTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACCATAAGCCAAGTCACACCGTTGCACAGTGGGACCTACCAGTGTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102635 ACCATAAGCCAAGTCACACCGTTGCACAGTGGGACCTACCAGTGTTGTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAGAAGCCAGAAGTCAGGTATCCGCCTTCAGGGCCATTTTTTCTCCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102685 CAGAAGCCAGAAGTCAGGTATCCGCCTTCAGGGCCATTTTTTCTCCATTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TATTCACAG         AGACAGGGAACTACACAGTGACGGGATTGAAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102735 TATTCACAGGTG...CAGAGACAGGGAACTACACAGTGACGGGATTGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAAAGACAACACCTTGAGTTCAGCCATAATGAAGGCACTCTCAGTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107702 CAAAGACAACACCTTGAGTTCAGCCATAATGAAGGCACTCTCAGTTCAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTTCCTACAAGAAAAGGTCTGGGTAATGCTGGTCACCAGCCTTGTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107752 CTTCCTACAAGAAAAGGTCTGGGTAATGCTGGTCACCAGCCTTGTGGCCC

    550     .    :
    533 TTCAAGCTTTG
        |||||| | ||
 107802 TTCAAGGTATG