seq1 = pF1KE1507.tfa, 885 bp
seq2 = pF1KE1507/gi568815593f_163339257.tfa (gi568815593f:163339257_163542562), 203306 bp

>pF1KE1507 885
>gi568815593f:163339257_163542562 (Chr5)

1-264  (100001-100264)   100% ->
265-518  (101822-102075)   100% ->
519-597  (102630-102708)   100% ->
598-696  (102789-102887)   100% ->
697-885  (103118-103306)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATAGAGGTACTGACAACAACTGACTCTCAGAAACTGCTACACCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATAGAGGTACTGACAACAACTGACTCTCAGAAACTGCTACACCAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATGCCCTGTTGGAACAGGAGTCTAGATGTCAGCCAAAGGTCTGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAATGCCCTGTTGGAACAGGAGTCTAGATGTCAGCCAAAGGTCTGTGGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAGACTAATTGAGTCTGCACACGATAATGGCCTCAGAATGACTGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAGACTAATTGAGTCTGCACACGATAATGGCCTCAGAATGACTGCAAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTAAGGGACTTTGAAGTAAAAGATCTTCTTAGTCTAACTCAGTTCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTAAGGGACTTTGAAGTAAAAGATCTTCTTAGTCTAACTCAGTTCTTTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTTGACACAGAGACATTTTCTCTAGCTGTGAATTTACTGGACAGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTTGACACAGAGACATTTTCTCTAGCTGTGAATTTACTGGACAGATTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTCTAAAATGAAG         GTACAGCCCAAGCACCTTGGGTGTGTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGTCTAAAATGAAGGTA...TAGGTACAGCCCAAGCACCTTGGGTGTGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGACTGAGCTGCTTTTATTTGGCTGTAAAATCAATAGAAGAGGAAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101849 GGACTGAGCTGCTTTTATTTGGCTGTAAAATCAATAGAAGAGGAAAGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGTCCCATTGGCAACTGACTTGATCCGAATAAGTCAATATAGGTTTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101899 TGTCCCATTGGCAACTGACTTGATCCGAATAAGTCAATATAGGTTTACGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTTCAGACTTGATGAGAATGGAAAAGATTGTATTGGAGAAGGTGTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101949 TTTCAGACTTGATGAGAATGGAAAAGATTGTATTGGAGAAGGTGTGTTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAAGTCAAAGCTACTACTGCCTTTCAATTTCTGCAACTGTATTATTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101999 AAAGTCAAAGCTACTACTGCCTTTCAATTTCTGCAACTGTATTATTCACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCTTCAAGAGAACTTGCCACTTGAAAG         GAGAAATAGCATTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102049 CCTTCAAGAGAACTTGCCACTTGAAAGGTA...AAGGAGAAATAGCATTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATTTTGAAAGACTAGAAGCTCAACTGAAGGCATGTCATTGCAGGATCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102644 ATTTTGAAAGACTAGAAGCTCAACTGAAGGCATGTCATTGCAGGATCATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTTTCTAAAGCAAAG         CCTTCTGTGTTGGCATTGTCTATCAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102694 TTTTCTAAAGCAAAGGTA...TAGCCTTCTGTGTTGGCATTGTCTATCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGCATTAGAGATCCAAGCACAGAAGTGTGTAGAGTTAACAGAAGGAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102815 TGCATTAGAGATCCAAGCACAGAAGTGTGTAGAGTTAACAGAAGGAATAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AATGTCTTCAGAAACATTCCAAG         ATAAATGGCAGAGATCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102865 AATGTCTTCAGAAACATTCCAAGGTA...CAGATAAATGGCAGAGATCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACCTTCTGGCAAGAGCTTGTATCCAAATGTTTAACTGAATATTCATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103136 ACCTTCTGGCAAGAGCTTGTATCCAAATGTTTAACTGAATATTCATCAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TAAGTGTTCCAAACCAAATGTTCAGAAGTTGAAATGGATTGTTTCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103186 TAAGTGTTCCAAACCAAATGTTCAGAAGTTGAAATGGATTGTTTCTGGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTACTGCACGGCAATTGAAGCATAGCTACTACAGAATAACTCACCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103236 GTACTGCACGGCAATTGAAGCATAGCTACTACAGAATAACTCACCTTCCA

    900     .    :    .    :
    865 ACAATTCCTGAAATGGTCCCT
        |||||||||||||||||||||
 103286 ACAATTCCTGAAATGGTCCCT