seq1 = pF1KE1506.tfa, 1083 bp
seq2 = pF1KE1506/gi568815586f_98493979.tfa (gi568815586f:98493979_98701525), 207547 bp

>pF1KE1506 1083
>gi568815586f:98493979_98701525 (Chr12)

1-157  (100001-100157)   100% ->
158-279  (101749-101870)   100% ->
280-459  (103878-104057)   100% ->
460-641  (104544-104725)   100% ->
642-814  (105977-106149)   100% ->
815-925  (107193-107303)   100% ->
926-1083  (107390-107547)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCTCGTCCGTGGCGCACCTGGCGCGGGCGAACCCCTTCAACACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCTCGTCCGTGGCGCACCTGGCGCGGGCGAACCCCTTCAACACGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACATCTGCAGCTGGTGCACGATGGTCTCGGGGACCTCCGCAGCAGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACATCTGCAGCTGGTGCACGATGGTCTCGGGGACCTCCGCAGCAGCTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGGGCCCACGGGCCAGCCCCGCCGCCCTCGCAACCTGGCAGCCGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGGGCCCACGGGCCAGCCCCGCCGCCCTCGCAACCTGGCAGCCGCCGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGAAG         AGTACAGTTGTGAATTTGGCTCCGCGAAGTATTA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGAAGGTG...CAGAGTACAGTTGTGAATTTGGCTCCGCGAAGTATTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCACTGTGTGGCTTTGGTGGGGTCTTAAGTTGTGGTCTGACACACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101783 TGCACTGTGTGGCTTTGGTGGGGTCTTAAGTTGTGGTCTGACACACACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGTGGTTCCCCTGGATTTAGTGAAATGCCGTATGCAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101833 CTGTGGTTCCCCTGGATTTAGTGAAATGCCGTATGCAGGTT...AAGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACCCCCAAAAGTACAAGGGCATATTTAACGGATTCTCAGTTACACTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103881 GACCCCCAAAAGTACAAGGGCATATTTAACGGATTCTCAGTTACACTTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAGGATGGTGTTCGTGGTTTGGCTAAAGGATGGGCTCCGACTTTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103931 AGAGGATGGTGTTCGTGGTTTGGCTAAAGGATGGGCTCCGACTTTCCTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCTACTCCATGCAGGGACTCTGCAAGTTTGGCTTTTATGAAGTCTTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103981 GCTACTCCATGCAGGGACTCTGCAAGTTTGGCTTTTATGAAGTCTTTAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTCTTGTATAGCAATATGCTTGGAGAG         GAGAATACTTATCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104031 GTCTTGTATAGCAATATGCTTGGAGAGGTA...TAGGAGAATACTTATCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTGGCGCACATCACTATATTTGGCTGCCTCTGCCAGTGCTGAATTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104558 CTGGCGCACATCACTATATTTGGCTGCCTCTGCCAGTGCTGAATTCTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGACATTGCCCTGGCTCCTATGGAAGCTGCTAAGGTTCGAATTCAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104608 CTGACATTGCCCTGGCTCCTATGGAAGCTGCTAAGGTTCGAATTCAAACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGCCAGGTTATGCCAACACTTTGAGGGATGCAGCTCCCAAAATGTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104658 CAGCCAGGTTATGCCAACACTTTGAGGGATGCAGCTCCCAAAATGTATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGAAGAAGGCCTAAAAGC         ATTCTACAAGGGGGTTGCTCCTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104708 GGAAGAAGGCCTAAAAGCGTA...TAGATTCTACAAGGGGGTTGCTCCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCTGGATGAGACAGATACCATACACCATGATGAAGTTCGCCTGCTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106000 TCTGGATGAGACAGATACCATACACCATGATGAAGTTCGCCTGCTTTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CGTACTGTTGAAGCACTGTACAAGTTTGTGGTTCCTAAGCCCCGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106050 CGTACTGTTGAAGCACTGTACAAGTTTGTGGTTCCTAAGCCCCGCAGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ATGTTCAAAGCCAGAGCAGCTGGTTGTAACATTTGTAGCAGGTTACATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106100 ATGTTCAAAGCCAGAGCAGCTGGTTGTAACATTTGTAGCAGGTTACATAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815          CTGGAGTCTTTTGTGCAATTGTTTCTCACCCTGCTGATTCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106150 GTA...CAGCTGGAGTCTTTTGTGCAATTGTTTCTCACCCTGCTGATTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTGGTATCTGTGTTGAATAAAGAAAAAGGTAGCAGTGCTTCTCTGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107234 GTGGTATCTGTGTTGAATAAAGAAAAAGGTAGCAGTGCTTCTCTGGTCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAAGAGACTTGGATTTAAAG         GTGTATGGAAGGGACTGTTTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107284 CAAGAGACTTGGATTTAAAGGTA...CAGGTGTATGGAAGGGACTGTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCCGTATCATCATGATTGGTACCCTGACTGCACTACAGTGGTTTATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107411 CCCGTATCATCATGATTGGTACCCTGACTGCACTACAGTGGTTTATCTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GACTCCGTGAAGGTCTACTTCAGACTTCCTCGCCCTCCTCCACCCGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107461 GACTCCGTGAAGGTCTACTTCAGACTTCCTCGCCCTCCTCCACCCGAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .
   1047 GCCAGAGTCTCTGAAGAAGAAGCTTGGGTTAACTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107511 GCCAGAGTCTCTGAAGAAGAAGCTTGGGTTAACTCAG