seq1 = pF1KE1497.tfa, 2853 bp
seq2 = pF1KE1497/gi568815581f_35498286.tfa (gi568815581f:35498286_35823696), 325411 bp

>pF1KE1497 2853
>gi568815581f:35498286_35823696 (Chr17)

1-37  (95746-95782)   100% ->
38-143  (99945-100050)   100% ->
144-279  (107420-107555)   100% ->
280-525  (109857-110102)   100% ->
526-716  (126112-126302)   100% ->
717-938  (128336-128557)   100% ->
939-1059  (129100-129220)   100% ->
1060-1155  (129346-129441)   100% ->
1156-1271  (138056-138171)   100% ->
1272-1437  (141310-141475)   100% ->
1438-1536  (143592-143690)   100% ->
1537-1796  (152245-152504)   100% ->
1797-1989  (159314-159506)   100% ->
1990-2031  (172572-172613)   100% ->
2032-2178  (173469-173615)   99% ->
2179-2324  (175891-176036)   100% ->
2325-2454  (184410-184539)   100% ->
2455-2539  (210939-211023)   100% ->
2540-2626  (211949-212035)   100% ->
2627-2781  (218910-219064)   100% ->
2782-2853  (225340-225411)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGACTCCAAGTATTTCACAACCAATAAAAAAG         GAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
  95746 ATGACTGACTCCAAGTATTTCACAACCAATAAAAAAGGTA...CAGGAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AATATTTGAACTAAAAGCTGAACTCAACAATGAAAAGAAAGAAAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99949 AATATTTGAACTAAAAGCTGAACTCAACAATGAAAAGAAAGAAAAGAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGAGGCTGTGAAGAAAGTGATTGCTGCTATGACCGTGGGGAAGGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AGGAGGCTGTGAAGAAAGTGATTGCTGCTATGACCGTGGGGAAGGATGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AG         TTCTCTCTTTCCAGACGTAGTGAACTGTATGCAGACTGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 AGGTA...CAGTTCTCTCTTTCCAGACGTAGTGAACTGTATGCAGACTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAATCTGGAACTAAAGAAGCTTGTGTATCTCTACTTGATGAACTACGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107459 CAATCTGGAACTAAAGAAGCTTGTGTATCTCTACTTGATGAACTACGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAGTCAGCCAGACATGGCCATCATGGCTGTAAACAGCTTTGTGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 107509 AGAGTCAGCCAGACATGGCCATCATGGCTGTAAACAGCTTTGTGAAGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    280       GACTGTGAAGATCCTAATCCTTTGATTCGAGCCTTGGCAGTCAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107559 ...CAGGACTGTGAAGATCCTAATCCTTTGATTCGAGCCTTGGCAGTCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AACCATGGGGTGCATCCGGGTAGACAAAATTACAGAATATCTCTGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109901 AACCATGGGGTGCATCCGGGTAGACAAAATTACAGAATATCTCTGTGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGCTCCGCAAGTGCTTGAAGGATGAGGATCCCTATGTTCGGAAAACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109951 CGCTCCGCAAGTGCTTGAAGGATGAGGATCCCTATGTTCGGAAAACAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCAGTCTGCGTGGCAAAACTCCATGATATCAATGCCCAAATGGTGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110001 GCAGTCTGCGTGGCAAAACTCCATGATATCAATGCCCAAATGGTGGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCAGGGATTTCTGGATTCTCTACGGGATCTCATAGCAGATTCAAATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110051 TCAGGGATTTCTGGATTCTCTACGGGATCTCATAGCAGATTCAAATCCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TG         GTGGTGGCTAATGCCGTAGCGGCATTATCTGAAATCAGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110101 TGGTA...CAGGTGGTGGCTAATGCCGTAGCGGCATTATCTGAAATCAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGTCTCACCCAAACAGCAACTTACTTGATCTGAACCCACAGAACATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126151 GAGTCTCACCCAAACAGCAACTTACTTGATCTGAACCCACAGAACATTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TAAGCTGCTGACAGCCCTGAATGAATGCACTGAATGGGGCCAGATTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126201 TAAGCTGCTGACAGCCCTGAATGAATGCACTGAATGGGGCCAGATTTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCCTGGACTGCCTGTCTAATTACAACCCTAAAGATGATCGGGAGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126251 TCCTGGACTGCCTGTCTAATTACAACCCTAAAGATGATCGGGAGGCTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AG         CATCTGTGAGCGGGTAACTCCCCGGCTATCCCATGCCAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126301 AGGTC...CAGCATCTGTGAGCGGGTAACTCCCCGGCTATCCCATGCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTCAGCAGTGGTGCTTTCAGCGGTAAAAGTCCTAATGAAGTTTCTAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128375 CTCAGCAGTGGTGCTTTCAGCGGTAAAAGTCCTAATGAAGTTTCTAGAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGTTACCTAAGGATTCTGACTACTACAATATGCTGCTGAAGAAGTTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128425 TGTTACCTAAGGATTCTGACTACTACAATATGCTGCTGAAGAAGTTAGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCTCCACTTGTCACTTTGCTGTCTGGGGAGCCAGAAGTGCAGTATGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128475 CCTCCACTTGTCACTTTGCTGTCTGGGGAGCCAGAAGTGCAGTATGTCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCTGAGGAACATCAACTTAATTGTCCAGAAAAG         GCCTGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 128525 CCTGAGGAACATCAACTTAATTGTCCAGAAAAGGTT...TAGGCCTGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCTTGAAGCAGGAAATCAAAGTCTTCTTTGTGAAGTACAATGATCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129108 TCTTGAAGCAGGAAATCAAAGTCTTCTTTGTGAAGTACAATGATCCCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TATGTTAAACTAGAGAAGTTGGACATCATGATTCGTTTGGCATCTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129158 TATGTTAAACTAGAGAAGTTGGACATCATGATTCGTTTGGCATCTCAAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CAACATTGCTCAG         GTTCTGGCAGAACTGAAAGAATATGCTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 129208 CAACATTGCTCAGGTC...CAGGTTCTGGCAGAACTGAAAGAATATGCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CAGAGGTGGATGTTGACTTTGTTCGAAAAGCTGTGCGGGCCATTGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129374 CAGAGGTGGATGTTGACTTTGTTCGAAAAGCTGTGCGGGCCATTGGACGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TGTGCCATCAAGGTGGAG         CAATCTGCAGAGCGCTGTGTAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 129424 TGTGCCATCAAGGTGGAGGCA...CAGCAATCTGCAGAGCGCTGTGTAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CACATTGCTTGATCTAATCCAGACCAAAGTGAATTATGTGGTCCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138079 CACATTGCTTGATCTAATCCAGACCAAAGTGAATTATGTGGTCCAAGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CAATTGTTGTCATCAGGGACATCTTCCGCAAATACCCCAACAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 138129 CAATTGTTGTCATCAGGGACATCTTCCGCAAATACCCCAACAAGTA...C

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1272   GTATGAAAGTATCATCGCCACTCTGTGTGAGAACTTAGACTCGCTGGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141308 AGGTATGAAAGTATCATCGCCACTCTGTGTGAGAACTTAGACTCGCTGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGAGCCAGATGCTCGAGCAGCTATGATTTGGATTGTGGGAGAATATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141358 TGAGCCAGATGCTCGAGCAGCTATGATTTGGATTGTGGGAGAATATGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AAAGAATTGACAATGCAGATGAGTTACTAGAAAGCTTCCTGGAGGGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141408 AAAGAATTGACAATGCAGATGAGTTACTAGAAAGCTTCCTGGAGGGTTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CACGATGAAAGCACCCAG         GTGCAGCTCACTCTGCTTACTGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 141458 CACGATGAAAGCACCCAGGTA...TAGGTGCAGCTCACTCTGCTTACTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CATAGTGAAGCTGTTTCTCAAGAAACCATCAGAAACACAGGAGCTAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143615 CATAGTGAAGCTGTTTCTCAAGAAACCATCAGAAACACAGGAGCTAGTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AGCAGGTCTTGAGTTTGGCAACACAG         GATTCTGATAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 143665 AGCAGGTCTTGAGTTTGGCAACACAGGTA...TAGGATTCTGATAATCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GACCTTCGAGACCGGGGCTATATTTATTGGCGCCTTCTCTCAACTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152260 GACCTTCGAGACCGGGGCTATATTTATTGGCGCCTTCTCTCAACTGACCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TGTTACAGCTAAAGAAGTAGTCTTGTCTGAGAAGCCACTGATCTCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152310 TGTTACAGCTAAAGAAGTAGTCTTGTCTGAGAAGCCACTGATCTCTGAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AGACGGACCTTATTGAGCCAACTCTGCTGGATGAGCTAATCTGCCACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152360 AGACGGACCTTATTGAGCCAACTCTGCTGGATGAGCTAATCTGCCACATT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GGTTCTTTGGCCTCTGTGTATCATAAGCCTCCCAATGCTTTTGTGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152410 GGTTCTTTGGCCTCTGTGTATCATAAGCCTCCCAATGCTTTTGTGGAAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 AAGTCATGGAATTCATCGTAAACACTTGCCAATTCATCATGGGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 152460 AAGTCATGGAATTCATCGTAAACACTTGCCAATTCATCATGGGAGGTA..

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797     CACTGATGCAGGTGACAGCCCTGTTGGCACTACCACTGCAACGAAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152510 .TAGCACTGATGCAGGTGACAGCCCTGTTGGCACTACCACTGCAACGAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 CTGGAACAGCCTCAGGTTATCCCCTCTCAAGGTGATCTTCTAGGGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159360 CTGGAACAGCCTCAGGTTATCCCCTCTCAAGGTGATCTTCTAGGGGATCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 TTTAAACCTTGACCTCGGTCCCCCAGTCAATGTGCCACAGGTGTCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159410 TTTAAACCTTGACCTCGGTCCCCCAGTCAATGTGCCACAGGTGTCCTCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TGCAGATGGGAGCAGTGGATCTCCTAGGAGGAGGACTAGATAGTCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 159460 TGCAGATGGGAGCAGTGGATCTCCTAGGAGGAGGACTAGATAGTCTGGTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1990       CTTGGCAGTGACCTTGGCGGGGGCATTGGAGGAAGTCCGGCA  
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 159510 ...CAGCTTGGCAGTGACCTTGGCGGGGGCATTGGAGGAAGTCCGGCAGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2032        GTGGGACAATCCTTCATCCCATCATCGGTCCCTGCAACCTTTG
        >...>>>||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 172616 A...CAGGTGGGACAATCCTTCATCCCATCATCGGTGCCTGCAACCTTTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 CTCCTTCACCTACACCTGCTGTGGTCAGCAGTGGACTGAATGACCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173512 CTCCTTCACCTACACCTGCTGTGGTCAGCAGTGGACTGAATGACCTGTTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 GAACTCTCCACAGGGATAGGCATGGCACCTGGTGGATATGTGGCTCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173562 GAACTCTCCACAGGGATAGGCATGGCACCTGGTGGATATGTGGCTCCTAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 GGCT         GTCTGGCTACCTGCAGTAAAGGCTAAAGGCTTGGAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173612 GGCTGTA...CAGGTCTGGCTACCTGCAGTAAAGGCTAAAGGCTTGGAGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 TTTCCGGAACATTTACTCACCGCCAAGGGCACATCTATATGGAAATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175928 TTTCCGGAACATTTACTCACCGCCAAGGGCACATCTATATGGAAATGAAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 TTCACCAATAAAGCTCTGCAGCACATGACAGATTTTGCAATCCAGTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175978 TTCACCAATAAAGCTCTGCAGCACATGACAGATTTTGCAATCCAGTTTAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 CAAAAATAG         CTTTGGTGTCATCCCCAGCACTCCTCTGGCCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 176028 CAAAAATAGGTA...TAGCTTTGGTGTCATCCCCAGCACTCCTCTGGCCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 TCCATACACCACTGATGCCAAACCAGAGCATTGATGTCTCCCTGCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184442 TCCATACACCACTGATGCCAAACCAGAGCATTGATGTCTCCCTGCCTCTC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 AATACCTTGGGCCCAGTCATGAAGATGGAACCTCTGAATAACCTCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 184492 AATACCTTGGGCCCAGTCATGAAGATGGAACCTCTGAATAACCTCCAGGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2455        GTGGCTGTGAAAAACAATATCGATGTCTTCTACTTCAGCTGCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184542 C...CAGGTGGCTGTGAAAAACAATATCGATGTCTTCTACTTCAGCTGCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 TCATCCCACTCAATGTGCTTTTTGTAGAAGATGGCAAAATGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 210982 TCATCCCACTCAATGTGCTTTTTGTAGAAGATGGCAAAATGGGTA...CA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2540  AGCGCCAGGTCTTCCTTGCAACATGGAAGGATATTCCCAATGAAAATGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211948 GAGCGCCAGGTCTTCCTTGCAACATGGAAGGATATTCCCAATGAAAATGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 ACTTCAGTTTCAGATTAAGGAATGTCATTTAAATGCTG         ACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 211998 ACTTCAGTTTCAGATTAAGGAATGTCATTTAAATGCTGGTG...TAGACA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 CTGTTTCCAGCAAGTTGCAAAACAACAATGTTTATACTATTGCCAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218913 CTGTTTCCAGCAAGTTGCAAAACAACAATGTTTATACTATTGCCAAGAGG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2680 AATGTGGAAGGGCAGGACATGCTGTACCAATCCCTGAAGCTCACTAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218963 AATGTGGAAGGGCAGGACATGCTGTACCAATCCCTGAAGCTCACTAATGG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2730 CATTTGGATTTTGGCCGAACTACGTATCCAGCCAGGAAACCCCAATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219013 CATTTGGATTTTGGCCGAACTACGTATCCAGCCAGGAAACCCCAATTACA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2780 CG         CTGTCACTGAAGTGTAGAGCTCCTGAAGTCTCTCAATAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219063 CGGTA...CAGCTGTCACTGAAGTGTAGAGCTCCTGAAGTCTCTCAATAC

   3000     .    :    .    :    .    :
   2821 ATCTATCAGGTCTACGACAGCATTTTGAAAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 225379 ATCTATCAGGTCTACGACAGCATTTTGAAAAAC