seq1 = pF1KE1496.tfa, 324 bp
seq2 = pF1KE1496/gi568815576f_40851399.tfa (gi568815576f:40851399_41067887), 216489 bp

>pF1KE1496 324
>gi568815576f:40851399_41067887 (Chr22)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-157  (102157-102235)   100% ->
158-228  (112649-112719)   100% ->
229-324  (116401-116493)   95%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCAGCGATGGATGTGGATACCCCGAGCGGCACCAACAGCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCAGCGATGGATGTGGATACCCCGAGCGGCACCAACAGCGGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCAAGAAGCGCTTTGAAGTGAAAAAG         TGGAATGCAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 GGGCAAGAAGCGCTTTGAAGTGAAAAAGGTT...CAGTGGAATGCAGTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCTCTGGGCCTGGGATATTGTGGTTGATAACTGTGCCATCTGCAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102170 CCCTCTGGGCCTGGGATATTGTGGTTGATAACTGTGCCATCTGCAGGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACATTATGGATCTTT         GCATAGAATGTCAAGCTAACCAGGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102220 CACATTATGGATCTTTGTA...CAGGCATAGAATGTCAAGCTAACCAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTCCGCTACTTCAGAAGAGTGTACTGTCGCATGGGGAGTCTGTAAC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 112674 GTCCGCTACTTCAGAAGAGTGTACTGTCGCATGGGGAGTCTGTAACGTA.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    229      CATGCTTTTCACTTCCACTGCATCTCTCGCTGGCTCAAAACACGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112724 ..CAGCATGCTTTTCACTTCCACTGCATCTCTCGCTGGCTCAAAACACGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAGGTGTGTCCATTGGACAACAGAGAGTGGGAATTCCAAAAGTATGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|| -|
 116446 CAGGTGTGTCCATTGGACAACAGAGAGTGGGAATTCCAAAAGTA GGT A

    350 
    324 C
        -
 116494