seq1 = pF1KE1492.tfa, 2538 bp
seq2 = pF1KE1492/gi568815597f_241750426.tfa (gi568815597f:241750426_241989597), 239172 bp

>pF1KE1492 2538
>gi568815597f:241750426_241989597 (Chr1)

1-161  (100001-100161)   100% ->
162-281  (101867-101986)   100% ->
282-405  (102933-103056)   100% ->
406-543  (106920-107057)   100% ->
544-756  (108081-108293)   100% ->
757-944  (110092-110279)   100% ->
945-1041  (110981-111077)   100% ->
1042-1267  (116405-116630)   100% ->
1268-1514  (121607-121853)   100% ->
1515-2109  (128324-128918)   99% ->
2110-2211  (131491-131592)   99% ->
2212-2405  (134889-135082)   100% ->
2406-2538  (139040-139172)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGATACAGGGATTGCTACAATTTATCAAAGAAGCTTCAGAACCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGATACAGGGATTGCTACAATTTATCAAAGAAGCTTCAGAACCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCATGTGAGGAAGTATAAAGGGCAGGTAGTAGCTGTGGATACATATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCATGTGAGGAAGTATAAAGGGCAGGTAGTAGCTGTGGATACATATTGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCTTCACAAAGGAGCTATTGCTTGTGCTGAAAAACTAGCCAAAGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCTTCACAAAGGAGCTATTGCTTGTGCTGAAAAACTAGCCAAAGGTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCTACTGATAG         GTATGTAGGATTTTGTATGAAATTTGTAAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCTACTGATAGGTA...TAGGTATGTAGGATTTTGTATGAAATTTGTAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TATGTTACTATCTCATGGGATCAAGCCTATTCTCGTATTTGATGGATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101897 TATGTTACTATCTCATGGGATCAAGCCTATTCTCGTATTTGATGGATGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTTTACCTTCTAAAAAGGAAGTAGAGAGATCTAGAAGAGA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101947 CTTTACCTTCTAAAAAGGAAGTAGAGAGATCTAGAAGAGAGTA...CAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGACGACAAGCCAATCTTCTTAAGGGAAAGCAACTTCTTCGTGAGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102934 AGACGACAAGCCAATCTTCTTAAGGGAAAGCAACTTCTTCGTGAGGGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGTCTCGGAAGCTCGAGAGTGTTTCACCCGGTCTATCAATATCACACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102984 AGTCTCGGAAGCTCGAGAGTGTTTCACCCGGTCTATCAATATCACACATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCATGGCCCACAAAGTAATTAAA         GCTGCCCGGTCTCAGGGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103034 CCATGGCCCACAAAGTAATTAAAGTA...TAGGCTGCCCGGTCTCAGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTAGATTGCCTCGTGGCTCCCTATGAAGCTGATGCGCAGTTGGCCTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106938 GTAGATTGCCTCGTGGCTCCCTATGAAGCTGATGCGCAGTTGGCCTATCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAACAAAGCGGGAATTGTGCAAGCCATAATTACAGAGGACTCGGATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106988 TAACAAAGCGGGAATTGTGCAAGCCATAATTACAGAGGACTCGGATCTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAGCTTTTGGCTGTAAAAAG         GTAATTTTAAAGATGGACCAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107038 TAGCTTTTGGCTGTAAAAAGGTA...AAGGTAATTTTAAAGATGGACCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTGGAAATGGACTTGAAATTGATCAAGCTCGGCTAGGAATGTGCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108102 TTTGGAAATGGACTTGAAATTGATCAAGCTCGGCTAGGAATGTGCAGACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCTTGGGGATGTATTCACGGAAGAGAAGTTTCGTTACATGTGTATTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108152 GCTTGGGGATGTATTCACGGAAGAGAAGTTTCGTTACATGTGTATTCTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAGGTTGTGACTACCTGTCATCACTGCGTGGGATTGGATTAGCAAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108202 CAGGTTGTGACTACCTGTCATCACTGCGTGGGATTGGATTAGCAAAGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGCAAAGTCCTAAGACTAGCCAATAATCCAGATATAGTAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 108252 TGCAAAGTCCTAAGACTAGCCAATAATCCAGATATAGTAAAGGTA...TA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    757  GTTATCAAGAAAATTGGACATTATCTCAAGATGAATATCACGGTACCAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110091 GGTTATCAAGAAAATTGGACATTATCTCAAGATGAATATCACGGTACCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGGATTACATCAACGGGTTTATTCGGGCCAACAATACCTTCCTCTATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110141 AGGATTACATCAACGGGTTTATTCGGGCCAACAATACCTTCCTCTATCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTAGTTTTTGATCCCATCAAAAGGAAACTTATTCCTCTGAACGCCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110191 CTAGTTTTTGATCCCATCAAAAGGAAACTTATTCCTCTGAACGCCTATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGATGATGTTGATCCTGAAACACTAAGCTACGCTGGGCA         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 110241 AGATGATGTTGATCCTGAAACACTAAGCTACGCTGGGCAGTA...TAGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATGTTGATGATTCCATAGCTCTTCAAATAGCACTTGGAAATAAAGATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110983 ATGTTGATGATTCCATAGCTCTTCAAATAGCACTTGGAAATAAAGATATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AATACTTTTGAACAGATCGATGACTACAATCCAGACACTGCTATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 111033 AATACTTTTGAACAGATCGATGACTACAATCCAGACACTGCTATGGTA..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042     CCTGCCCATTCAAGAAGTCATAGTTGGGATGACAAAACATGTCAAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111083 .TAGCCTGCCCATTCAAGAAGTCATAGTTGGGATGACAAAACATGTCAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGTCAGCTAATGTTAGCAGCATTTGGCATAGGAATTACTCTCCCAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116451 AGTCAGCTAATGTTAGCAGCATTTGGCATAGGAATTACTCTCCCAGACCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GAGTCGGGTACTGTTTCAGATGCCCCACAATTGAAGGAAAATCCAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116501 GAGTCGGGTACTGTTTCAGATGCCCCACAATTGAAGGAAAATCCAAGTAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGTGGGAGTGGAACGAGTGATTAGTACTAAAGGGTTAAATCTCCCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116551 TGTGGGAGTGGAACGAGTGATTAGTACTAAAGGGTTAAATCTCCCAAGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AATCATCCATTGTGAAAAGACCAAGAAGTG         CAGAGCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 116601 AATCATCCATTGTGAAAAGACCAAGAAGTGGTA...TAGCAGAGCTGTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GAAGATGACCTGTTGAGTCAGTATTCTCTTTCATTTACGAAGAAGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121618 GAAGATGACCTGTTGAGTCAGTATTCTCTTTCATTTACGAAGAAGACCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GAAAAATAGCTCTGAAGGCAATAAATCATTGAGCTTTTCTGAAGTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121668 GAAAAATAGCTCTGAAGGCAATAAATCATTGAGCTTTTCTGAAGTGTTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGCCTGACCTGGTAAATGGACCTACTAACAAAAAGAGTGTAAGCACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121718 TGCCTGACCTGGTAAATGGACCTACTAACAAAAAGAGTGTAAGCACTCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CCTAGGACGAGAAATAAATTTGCAACATTTTTACAAAGGAAAAATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121768 CCTAGGACGAGAAATAAATTTGCAACATTTTTACAAAGGAAAAATGAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 AAGTGGTGCAGTTGTGGTTCCAGGGACCAGAAGCAG         GTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 121818 AAGTGGTGCAGTTGTGGTTCCAGGGACCAGAAGCAGGTA...TAGGTTTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TTTGCAGTTCAGATTCTACTGACTGTGTATCAAACAAAGTGAGCATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128329 TTTGCAGTTCAGATTCTACTGACTGTGTATCAAACAAAGTGAGCATCCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CCTCTGGATGAAACTGCTGTCACAGATAAAGAGAACAATCTGCATGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128379 CCTCTGGATGAAACTGCTGTCACAGATAAAGAGAACAATCTGCATGAATC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 AGAGTATGGAGACCAAGAAGGCAAGAGACTGGTTGACACAGATGTAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128429 AGAGTATGGAGACCAAGAAGGCAAGAGACTGGTTGACACAGATGTAGCAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 GTAATTCAAGTGATGACATTCCGAATAATCATATTCCAGGTGATCATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128479 GTAATTCAAGTGATGACATTCCGAATAATCATATTCCAGGTGATCATATT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 CCAGACAAGGCAACAGTGTTTACAGATGAAGAGTCCTACTCTTTTGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128529 CCAGACAAGGCAACAGTGTTTACAGATGAAGAGTCCTACTCTTTTGAGAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CAGCAAATTTACAAGGACCATTTCACCACCCACTTTGGGAACACTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128579 CAGCAAATTTACAAGGACCATTTCACCACCCACTTTGGGAACACTAAGAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 GTTGTTTTAGTTGGTCTGGAGGTCTTGGAGATTTTTCAAGAACGCCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128629 GTTGTTTTAGTTGGTCTGGAGGTCTTGGAGATTTTTCAAGAACGCCGAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 CCCTCTCCAAGCACAGCATTGCAGCAGTTCCGAAGAAAGAGCGATTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128679 CCCTCTCCAAGCACAGCATTGCAGCAGTTCCGAAGAAAGAGCGATTCCCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 CACCTCTTTGCCTGAGAATAATATGTCTGATGTGTCGCAGTTAAAGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128729 CACCTCTTTGCCTGAGAATAATATGTCTGATGTGTCGCAGTTAAAGAGCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 AGGAGTCCAGTGACGATGAGTCTCATCCCTTACGAGAAGGGGCATGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 128779 AGGAGTCCAGTGACGATGAGTCTCATCCCTTACGAGAAGAGGCATGTTCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 TCACAGTCCCAGGAAAGTGGAGAATTCTCACTGCAGAGTTCAAATGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128829 TCACAGTCCCAGGAAAGTGGAGAATTCTCACTGCAGAGTTCAAATGCATC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 AAAGCTTTCTCAGTGCTCTAGTAAGGACTCTGATTCAGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 128879 AAAGCTTTCTCAGTGCTCTAGTAAGGACTCTGATTCAGAGGTA...TAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 AATCTGATTGCAATATTAAGTTACTTGACAGTCAAAGTGACCAGACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131492 AATCTGATTGCAATATTAAGTTACTTGACAGTCAAAGTGACCAGACCTCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 AAGCTATGTTTATCTCATTTCTCAAAAAAAGACACACCTCTAAGGAACAA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131542 AAGCTACGTTTATCTCATTTCTCAAAAAAAGACACACCTCTAAGGAACAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2211 G         GTTCCTGGGCTATATAAGTCCAGTTCTGCAGACTCTCTTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131592 GGTA...CAGGTTCCTGGGCTATATAAGTCCAGTTCTGCAGACTCTCTTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 CTACAACCAAGATCAAACCTCTAGGACCTGCCAGAGCCAGTGGGCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134929 CTACAACCAAGATCAAACCTCTAGGACCTGCCAGAGCCAGTGGGCTGAGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2302 AAGAAGCCGGCAAGCATCCAGAAGAGAAAGCATCATAATGCCGAGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134979 AAGAAGCCGGCAAGCATCCAGAAGAGAAAGCATCATAATGCCGAGAACAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2352 GCCGGGGTTACAGATCAAACTCAATGAGCTCTGGAAAAACTTTGGATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135029 GCCGGGGTTACAGATCAAACTCAATGAGCTCTGGAAAAACTTTGGATTTA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2402 AAAA         AGATTCTGAAAAGCTTCCTCCTTGTAAGAAACCCCTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135079 AAAAGTG...CAGAGATTCTGAAAAGCTTCCTCCTTGTAAGAAACCCCTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 TCCCCAGTCAGAGATAACATCCAACTAACTCCAGAAGCGGAAGAGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139077 TCCCCAGTCAGAGATAACATCCAACTAACTCCAGAAGCGGAAGAGGATAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2493 ATTTAACAAACCTGAATGTGGCCGTGTTCAAAGAGCAATATTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139127 ATTTAACAAACCTGAATGTGGCCGTGTTCAAAGAGCAATATTCCAG