seq1 = pF1KE1491.tfa, 1221 bp
seq2 = pF1KE1491/gi568815578f_62203569.tfa (gi568815578f:62203569_62408758), 205190 bp

>pF1KE1491 1221
>gi568815578f:62203569_62408758 (Chr20)

1-213  (100001-100213)   100% ->
214-330  (100893-101009)   100% ->
331-454  (102629-102752)   99% ->
455-541  (103080-103166)   98% ->
542-623  (103803-103884)   98% ->
624-856  (104028-104260)   100% ->
857-1014  (104453-104610)   100% ->
1015-1117  (104800-104902)   100% ->
1118-1221  (105087-105190)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGACCTCAGGCGCGCTCTTTCCAAGCCTGGTGCCAGGCTCTCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGACCTCAGGCGCGCTCTTTCCAAGCCTGGTGCCAGGCTCTCGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCTCCAACAAGTACTTGGTGGAGTTTCGGGCGGGAAAGATGTCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCTCCAACAAGTACTTGGTGGAGTTTCGGGCGGGAAAGATGTCCCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGGGACCACCGTGACTCCGGATAAGCGGAAAGGGCTGGTGTACATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGGGACCACCGTGACTCCGGATAAGCGGAAAGGGCTGGTGTACATTCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGACGGACGACTCGCTTATTCACTTCTGCTGGAAGGACAGGACGTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGACGGACGACTCGCTTATTCACTTCTGCTGGAAGGACAGGACGTCCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAACGTGGAAGAC         GACTTGATCATCTTCCCTGACGACTGTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAACGTGGAAGACGTG...CAGGACTTGATCATCTTCCCTGACGACTGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGTTCAAGCGGGTGCCGCAGTGCCCCAGCGGGAGGGTCTACGTGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100921 AGTTCAAGCGGGTGCCGCAGTGCCCCAGCGGGAGGGTCTACGTGCTGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCAAGGCAGGGTCCAAGCGGCTTTTCTTCTGGATGCAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100971 TTCAAGGCAGGGTCCAAGCGGCTTTTCTTCTGGATGCAGGTA...CAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACCCAAGACAGACCAGGATGAGGAGCATTGCCGGAAAGTCAACGAGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102631 ACCCAAGACAGACCAGGATGAGGAGCATTGCCGGAAAGTCAACGAGTATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGAACAACCCCCCGATGCCTGGGGCACTGGGGGCCAGCGGAAGCAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 102681 TGAACAACCCCCCGATGCCTGGGGCGCTGGGGGCCAGCGGAAGCAGCGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CACGAACTCTCTGCGCTAGGCG         GTGAGGGTGGCCTGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102731 CACGAACTCTCTGCGCTAGGCGGTA...CAGGTGAGGGTGGCCTGCAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTGCTGGGAAACATGAGCCACAGCCAGCTCATGCAGCTCATCGGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103099 CCTGCTGGGAAACATGAGCCACAGCCAGCTCATGCAGCTCATCGGACCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGGCCTCGGAGGACTGG         GTGGGCTGGGGGCCCTGACTGGA
        ||||||| ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103149 CCGGCCTTGGAGGACTGGGTA...CAGGTGGGCTGGGGGCCCTGACTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCTGGCCTGGCCAGTTTACTGGGGAGCAGTGGGCCTCCAGGGAGCAGCTC
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103826 CCTGGCCTGGCCAGCTTACTGGGGAGCAGTGGGCCTCCAGGGAGCAGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTCCTCCAG         CTCCCGGAGCCAGTCGGCAGCGGTCACCCCGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103876 CTCCTCCAGGTG...CAGCTCCCGGAGCCAGTCGGCAGCGGTCACCCCGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CATCCACCACCTCTTCCACCCGTGCCACCCCAGCCCCTTCTGCTCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104060 CATCCACCACCTCTTCCACCCGTGCCACCCCAGCCCCTTCTGCTCCAGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCTGCCTCAGCAACTAGCCCGAGCCCCGCGCCCAGTTCCGGGAATGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104110 GCTGCCTCAGCAACTAGCCCGAGCCCCGCGCCCAGTTCCGGGAATGGAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAGCACAGCAGCCAGCCCGACCCAGCCCATCCAGCTGAGCGACCTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104160 CAGCACAGCAGCCAGCCCGACCCAGCCCATCCAGCTGAGCGACCTCCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCATCCTGGCCACGATGAACGTACCAGCCGGGCCAGCAGGCGGCCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104210 GCATCCTGGCCACGATGAACGTACCAGCCGGGCCAGCAGGCGGCCAGCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 G         TGGACCTGGCCAGTGTGCTGACGCCGGAGATAATGGCTCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104260 GGTA...CAGTGGACCTGGCCAGTGTGCTGACGCCGGAGATAATGGCTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CATCCTCGCCAACGCGGATGTCCAGGAGCGCCTGCTTCCCTACTTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104493 CATCCTCGCCAACGCGGATGTCCAGGAGCGCCTGCTTCCCTACTTGCCAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTGGGGAGTCGCTGCCGCAGACCGCGGATGAGATCCAGAATACCCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104543 CTGGGGAGTCGCTGCCGCAGACCGCGGATGAGATCCAGAATACCCTGACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCGCCCCAGTTCCAGCAG         GCCCTGGGCATGTTCAGCGCAGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104593 TCGCCCCAGTTCCAGCAGGTA...CAGGCCCTGGGCATGTTCAGCGCAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTTGGCCTCGGGGCAGCTGGGCCCCCTCATGTGCCAGTTCGGTCTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104823 CTTGGCCTCGGGGCAGCTGGGCCCCCTCATGTGCCAGTTCGGTCTGCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CAGAGGCTGTGGAGGCCGCCAACAAGGGCG         ATGTGGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104873 CAGAGGCTGTGGAGGCCGCCAACAAGGGCGGTA...TAGATGTGGAAGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTTGCCAAAGCCATGCAGAACAACGCCAAGCCCGAGCAGAAAGAGGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105098 TTTGCCAAAGCCATGCAGAACAACGCCAAGCCCGAGCAGAAAGAGGGCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CACGAAGGACAAGAAGGACGAAGAGGAGGACATGAGCCTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105148 CACGAAGGACAAGAAGGACGAAGAGGAGGACATGAGCCTGGAC