seq1 = pF1KE1489.tfa, 1365 bp
seq2 = pF1KE1489/gi568815586r_6229315.tfa (gi568815586r:6229315_6441814), 212500 bp

>pF1KE1489 1365
>gi568815586r:6229315_6441814 (Chr12)

(complement)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-193  (107571-107724)   100% ->
194-322  (107950-108078)   100% ->
323-472  (108299-108448)   100% ->
473-551  (108668-108746)   100% ->
552-625  (110889-110962)   100% ->
626-739  (111104-111217)   100% ->
740-768  (111520-111548)   100% ->
769-1057  (111749-112037)   100% ->
1058-1365  (112193-112500)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCTCTCCACCGTGCCTGACCTGCTGCTGCCACTG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGGGCCTCTCCACCGTGCCTGACCTGCTGCTGCCACTGGTG...CAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCTCCTGGAGCTGTTGGTGGGAATATACCCCTCAGGGGTTATTGGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107573 GCTCCTGGAGCTGTTGGTGGGAATATACCCCTCAGGGGTTATTGGACTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCCTCACCTAGGGGACAGGGAGAAGAGAGATAGTGTGTGTCCCCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107623 TCCCTCACCTAGGGGACAGGGAGAAGAGAGATAGTGTGTGTCCCCAAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAATATATCCACCCTCAAAATAATTCGATTTGCTGTACCAAGTGCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107673 AAATATATCCACCCTCAAAATAATTCGATTTGCTGTACCAAGTGCCACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AG         GAACCTACTTGTACAATGACTGTCCAGGCCCGGGGCAGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107723 AGGTA...CAGGAACCTACTTGTACAATGACTGTCCAGGCCCGGGGCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATACGGACTGCAGGGAGTGTGAGAGCGGCTCCTTCACCGCTTCAGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107989 ATACGGACTGCAGGGAGTGTGAGAGCGGCTCCTTCACCGCTTCAGAAAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACCTCAGACACTGCCTCAGCTGCTCCAAATGCCGAAAGG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 108039 CACCTCAGACACTGCCTCAGCTGCTCCAAATGCCGAAAGGGTG...CAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AATGGGTCAGGTGGAGATCTCTTCTTGCACAGTGGACCGGGACACCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108300 AATGGGTCAGGTGGAGATCTCTTCTTGCACAGTGGACCGGGACACCGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGGCTGCAGGAAGAACCAGTACCGGCATTATTGGAGTGAAAACCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108350 GTGGCTGCAGGAAGAACCAGTACCGGCATTATTGGAGTGAAAACCTTTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGTGCTTCAATTGCAGCCTCTGCCTCAATGGGACCGTGCACCTCTCCT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108400 CAGTGCTTCAATTGCAGCCTCTGCCTCAATGGGACCGTGCACCTCTCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473         GCCAGGAGAAACAGAACACCGTGTGCACCTGCCATGCAGGTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108450 TG...CAGGCCAGGAGAAACAGAACACCGTGTGCACCTGCCATGCAGGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCTTTCTAAGAGAAAACGAGTGTGTCTCCTGTAGTAA         CTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108710 TCTTTCTAAGAGAAAACGAGTGTGTCTCCTGTAGTAAGTG...TAGCTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAGAAAAGCCTGGAGTGCACGAAGTTGTGCCTACCCCAGATTGAGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110893 AAGAAAAGCCTGGAGTGCACGAAGTTGTGCCTACCCCAGATTGAGAATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAAGGGCACTGAGGACTCAG         GCACCACAGTGCTGTTGCCCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 110943 TAAGGGCACTGAGGACTCAGGTG...CAGGCACCACAGTGCTGTTGCCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGGTCATTTTCTTTGGTCTTTGCCTTTTATCCCTCCTCTTCATTGGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111125 TGGTCATTTTCTTTGGTCTTTGCCTTTTATCCCTCCTCTTCATTGGTTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATGTATCGCTACCAACGGTGGAAGTCCAAGCTCTACTCCATTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 111175 ATGTATCGCTACCAACGGTGGAAGTCCAAGCTCTACTCCATTGGTG...C

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    740   TTTGTGGGAAATCGACACCTGAAAAAGAG         GGGGAGCTTG
        >>|||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 111518 AGTTTGTGGGAAATCGACACCTGAAAAAGAGGTG...CAGGGGGAGCTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AAGGAACTACTACTAAGCCCCTGGCCCCAAACCCAAGCTTCAGTCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111759 AAGGAACTACTACTAAGCCCCTGGCCCCAAACCCAAGCTTCAGTCCCACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CCAGGCTTCACCCCCACCCTGGGCTTCAGTCCCGTGCCCAGTTCCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111809 CCAGGCTTCACCCCCACCCTGGGCTTCAGTCCCGTGCCCAGTTCCACCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CACCTCCAGCTCCACCTATACCCCCGGTGACTGTCCCAACTTTGCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111859 CACCTCCAGCTCCACCTATACCCCCGGTGACTGTCCCAACTTTGCGGCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCCGCAGAGAGGTGGCACCACCCTATCAGGGGGCTGACCCCATCCTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111909 CCCGCAGAGAGGTGGCACCACCCTATCAGGGGGCTGACCCCATCCTTGCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACAGCCCTCGCCTCCGACCCCATCCCCAACCCCCTTCAGAAGTGGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111959 ACAGCCCTCGCCTCCGACCCCATCCCCAACCCCCTTCAGAAGTGGGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAGCGCCCACAAGCCACAGAGCCTAGACA         CTGATGACCCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 112009 CAGCGCCCACAAGCCACAGAGCCTAGACAGTG...CAGCTGATGACCCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CGACGCTGTACGCCGTGGTGGAGAACGTGCCCCCGTTGCGCTGGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112205 CGACGCTGTACGCCGTGGTGGAGAACGTGCCCCCGTTGCGCTGGAAGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTCGTGCGGCGCCTAGGGCTGAGCGACCACGAGATCGATCGGCTGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112255 TTCGTGCGGCGCCTAGGGCTGAGCGACCACGAGATCGATCGGCTGGAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCAGAACGGGCGCTGCCTGCGCGAGGCGCAATACAGCATGCTGGCGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112305 GCAGAACGGGCGCTGCCTGCGCGAGGCGCAATACAGCATGCTGGCGACCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGAGGCGGCGCACGCCGCGGCGCGAGGCCACGCTGGAGCTGCTGGGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112355 GGAGGCGGCGCACGCCGCGGCGCGAGGCCACGCTGGAGCTGCTGGGACGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTGCTCCGCGACATGGACCTGCTGGGCTGCCTGGAGGACATCGAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112405 GTGCTCCGCGACATGGACCTGCTGGGCTGCCTGGAGGACATCGAGGAGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1320 GCTTTGCGGCCCCGCCGCCCTCCCGCCCGCGCCCAGTCTTCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112455 GCTTTGCGGCCCCGCCGCCCTCCCGCCCGCGCCCAGTCTTCTCAGA