seq1 = pF1KE1488.tfa, 855 bp
seq2 = pF1KE1488/gi568815585f_108169896.tfa (gi568815585f:108169896_108406935), 237040 bp

>pF1KE1488 855
>gi568815585f:108169896_108406935 (Chr13)

1-339  (100001-100339)   100% ->
340-424  (100445-100529)   100% ->
425-481  (116908-116964)   100% ->
482-594  (133358-133470)   100% ->
595-745  (133559-133709)   100% ->
746-855  (136931-137040)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGACTCCACAGAAAGGGAGCAGTCACGCCTTACTTCTTGCCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGACTCCACAGAAAGGGAGCAGTCACGCCTTACTTCTTGCCTTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAAAGAGAAGAAATGAAACTGAAGGAGTGTGTTTCCATCCTCCCACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAAAGAGAAGAAATGAAACTGAAGGAGTGTGTTTCCATCCTCCCACGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAAAGCCCCTCTGTCCGATCCTCCAAAGACGGAAAGCTGCTGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAAAGCCCCTCTGTCCGATCCTCCAAAGACGGAAAGCTGCTGGCTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCTTGCTGCTGGCACTGCTGTCTTGCTGCCTCACGGTGGTGTCTTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCTTGCTGCTGGCACTGCTGTCTTGCTGCCTCACGGTGGTGTCTTTCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAGGTGGCCGCCCTGCAAGGGGACCTGGCCAGCCTCCGGGCAGAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCAGGTGGCCGCCCTGCAAGGGGACCTGGCCAGCCTCCGGGCAGAGCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGGCCACCACGCGGAGAAGCTGCCAGCAGGAGCAGGAGCCCCCAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGGCCACCACGCGGAGAAGCTGCCAGCAGGAGCAGGAGCCCCCAAGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCCTGGAGGAAGCTCCAGCTGTCACCGCGGGACTGAAA         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100301 GGCCTGGAGGAAGCTCCAGCTGTCACCGCGGGACTGAAAGTG...TAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTTGAACCACCAGCTCCAGGAGAAGGCAACTCCAGTCAGAACAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100447 CTTTGAACCACCAGCTCCAGGAGAAGGCAACTCCAGTCAGAACAGCAGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATAAGCGTGCCGTTCAGGGTCCAGAAGAAACAG         TCACTCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100497 ATAAGCGTGCCGTTCAGGGTCCAGAAGAAACAGGTA...TAGTCACTCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACTGCTTGCAACTGATTGCAGACAGTGAAACACCAACTATACAAAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 116916 GACTGCTTGCAACTGATTGCAGACAGTGAAACACCAACTATACAAAAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482         GATCTTACACATTTGTTCCATGGCTTCTCAGCTTTAAAAGGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116966 TA...CAGGATCTTACACATTTGTTCCATGGCTTCTCAGCTTTAAAAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GAAGTGCCCTAGAAGAAAAAGAGAATAAAATATTGGTCAAAGAAACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133400 GAAGTGCCCTAGAAGAAAAAGAGAATAAAATATTGGTCAAAGAAACTGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TACTTTTTTATATATGGTCAG         GTTTTATATACTGATAAGAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 133450 TACTTTTTTATATATGGTCAGGTA...TAGGTTTTATATACTGATAAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTACGCCATGGGACATCTAATTCAGAGGAAGAAGGTCCATGTCTTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133579 CTACGCCATGGGACATCTAATTCAGAGGAAGAAGGTCCATGTCTTTGGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGAATTGAGTCTGGTGACTTTGTTTCGATGTATTCAAAATATGCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133629 ATGAATTGAGTCTGGTGACTTTGTTTCGATGTATTCAAAATATGCCTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACACTACCCAATAATTCCTGCTATTCAGCTG         GCATTGCAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 133679 ACACTACCCAATAATTCCTGCTATTCAGCTGGTA...CAGGCATTGCAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACTGGAAGAAGGAGATGAACTCCAACTTGCAATACCAAGAGAAAATGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136941 ACTGGAAGAAGGAGATGAACTCCAACTTGCAATACCAAGAGAAAATGCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAATATCACTGGATGGAGATGTCACATTTTTTGGTGCATTGAAACTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136991 AAATATCACTGGATGGAGATGTCACATTTTTTGGTGCATTGAAACTGCTG