seq1 = pF1KE1487.tfa, 495 bp
seq2 = pF1KE1487/gi568815597f_913983.tfa (gi568815597f:913983_1114475), 200493 bp

>pF1KE1487 495
>gi568815597f:913983_1114475 (Chr1)

1-495  (100000-100493)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTGGGACCTGACGGTGAAGATGCTGGCGGGCAACGAATTCCAGGT
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGGCTGGGACCTGACGGTGAAGATGCTGGCGGGCAACGAATTCCAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCCTGAGCAGCTCCATGTCGGTGTCAGAGCTGAAGGCGCAGATCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GTCCCTGAGCAGCTCCATGTCGGTGTCAGAGCTGAAGGCGCAGATCACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAAGATCGGCGTGCACGCCTTCCAGCAGCGTCTGGCTGTCCACCCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 AGAAGATCGGCGTGCACGCCTTCCAGCAGCGTCTGGCTGTCCACCCGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGTGTGGCGCTGCAGGACAGGGTCCCCCTTGCCAGCCAGGGCCTGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 GGTGTGGCGCTGCAGGACAGGGTCCCCCTTGCCAGCCAGGGCCTGGGCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGCAGCACGGTCCTGCTGGTGGTGGACAAATGCGACGAACCTCTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100199 CGGCAGCACGGTCCTGCTGGTGGTGGACAAATGCGACGAACCTCTGAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCTGGTGAGGAATAACAAGGGCCGCAGCAGCACCTACGAGGTGCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100249 TCCTGGTGAGGAATAACAAGGGCCGCAGCAGCACCTACGAGGTACGGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACGCAGACCGTGGCCCACCTGAAGCAGCAAGTGAGCGGGCTGGAGGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100299 ACGCAGACCGTGGCCCACCTGAAGCAGCAAGTGAGCGGGCTGGAGGGTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCAGGACGACCTGTTCTGGCTGACCTTCGAGGGGAAGCCCCTGGAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100349 GCAGGACGACCTGTTCTGGCTGACCTTCGAGGGGAAGCCCCTGGAGGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGCTCCCGCTGGGGGAGTACGGCCTCAAGCCCCTGAGCACCGTGTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100399 AGCTCCCGCTGGGGGAGTACGGCCTCAAGCCCCTGAGCACCGTGTTCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    451 AATCTGCGCCTGCGGGGAGGCGGCACAGAGCCTGGCGGGCGGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100449 AATCTGCGCCTGCGGGGAGGCGGCACAGAGCCTGGCGGGCGGAGC