seq1 = pF1KE1477.tfa, 1053 bp
seq2 = pF1KE1477/gi568815597f_116654493.tfa (gi568815597f:116654493_116868780), 214288 bp

>pF1KE1477 1053
>gi568815597f:116654493_116868780 (Chr1)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-382  (100139-100459)   100% ->
383-613  (105910-106140)   100% ->
614-736  (109992-110114)   100% ->
737-1053  (113972-114288)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTTTCCATGTAAATTTGTAGCCAGCTTCCTTCTGATTTTCAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTTTCCATGTAAATTTGTAGCCAGCTTCCTTCTGATTTTCAATGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCTTCCAAAG         GTGCAGTCTCCAAAGAGATTACGAATGCCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCTTCCAAAGGTA...TAGGTGCAGTCTCCAAAGAGATTACGAATGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAAACCTGGGGTGCCTTGGGTCAGGACATCAACTTGGACATTCCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100169 TGGAAACCTGGGGTGCCTTGGGTCAGGACATCAACTTGGACATTCCTAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTCAAATGAGTGATGATATTGACGATATAAAATGGGAAAAAACTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100219 TTTCAAATGAGTGATGATATTGACGATATAAAATGGGAAAAAACTTCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAGAAAAAGATTGCACAATTCAGAAAAGAGAAAGAGACTTTCAAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100269 CAAGAAAAAGATTGCACAATTCAGAAAAGAGAAAGAGACTTTCAAGGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGATACATATAAGCTATTTAAAAATGGAACTCTGAAAATTAAGCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100319 AAGATACATATAAGCTATTTAAAAATGGAACTCTGAAAATTAAGCATCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGACCGATGATCAGGATATCTACAAGGTATCAATATATGATACAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100369 AAGACCGATGATCAGGATATCTACAAGGTATCAATATATGATACAAAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AAAAAATGTGTTGGAAAAAATATTTGATTTGAAGATTCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100419 AAAAAATGTGTTGGAAAAAATATTTGATTTGAAGATTCAAGGTA...TAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGAGGGTCTCAAAACCAAAGATCTCCTGGACTTGTATCAACACAACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105910 AGAGGGTCTCAAAACCAAAGATCTCCTGGACTTGTATCAACACAACCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACCTGTGAGGTAATGAATGGAACTGACCCCGAATTAAACCTGTATCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105960 ACCTGTGAGGTAATGAATGGAACTGACCCCGAATTAAACCTGTATCAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGGGAAACATCTAAAACTTTCTCAGAGGGTCATCACACACAAGTGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106010 TGGGAAACATCTAAAACTTTCTCAGAGGGTCATCACACACAAGTGGACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCAGCCTGAGTGCAAAATTCAAGTGCACAGCAGGGAACAAAGTCAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106060 CCAGCCTGAGTGCAAAATTCAAGTGCACAGCAGGGAACAAAGTCAGCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAATCCAGTGTCGAGCCTGTCAGCTGTCCAG         AGAAAGGTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 106110 GAATCCAGTGTCGAGCCTGTCAGCTGTCCAGGTG...CAGAGAAAGGTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGACATCTATCTCATCATTGGCATATGTGGAGGAGGCAGCCTCTTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110002 GGACATCTATCTCATCATTGGCATATGTGGAGGAGGCAGCCTCTTGATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCTTTGTGGCACTGCTCGTTTTCTATATCACCAAAAGGAAAAAACAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110052 TCTTTGTGGCACTGCTCGTTTTCTATATCACCAAAAGGAAAAAACAGAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGTCGGAGAAATG         ATGAGGAGCTGGAGACAAGAGCCCACAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 110102 AGTCGGAGAAATGGTA...CAGATGAGGAGCTGGAGACAAGAGCCCACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AGTAGCTACTGAAGAAAGGGGCCGGAAGCCCCAACAAATTCCAGCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 114000 AGTAGCTACTGAAGAAAGGGGCCGGAAGCCCCACCAAATTCCAGCTTCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCCCTCAGAATCCAGCAACTTCCCAACATCCTCCTCCACCACCTGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114050 CCCCTCAGAATCCAGCAACTTCCCAACATCCTCCTCCACCACCTGGTCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CGTTCCCAGGCACCTAGTCATCGTCCCCCGCCTCCTGGACACCGTGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114100 CGTTCCCAGGCACCTAGTCATCGTCCCCCGCCTCCTGGACACCGTGTTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCACCAGCCTCAGAAGAGGCCTCCTGCTCCGTCGGGCACACAAGTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114150 GCACCAGCCTCAGAAGAGGCCTCCTGCTCCGTCGGGCACACAAGTTCACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGCAGAAAGGCCCGCCCCTCCCCAGACCTCGAGTTCAGCCAAAACCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114200 AGCAGAAAGGCCCGCCCCTCCCCAGACCTCGAGTTCAGCCAAAACCTCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .
   1015 CATGGGGCAGCAGAAAACTCATTGTCCCCTTCCTCTAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114250 CATGGGGCAGCAGAAAACTCATTGTCCCCTTCCTCTAAT