seq1 = pF1KE1476.tfa, 1965 bp
seq2 = pF1KE1476/gi568815592r_47132768.tfa (gi568815592r:47132768_47409511), 276744 bp

>pF1KE1476 1965
>gi568815592r:47132768_47409511 (Chr6)

(complement)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-748  (122917-123568)   100% ->
749-1243  (125080-125574)   100% ->
1244-1509  (155991-156256)   100% ->
1510-1738  (174614-174842)   100% ->
1739-1965  (176518-176744)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGACCTCTCCGAGCAGCAGCACCGCCCTCGCCTCCTGCAGCCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGACCTCTCCGAGCAGCAGCACCGCCCTCGCCTCCTGCAGCCGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCCGCCGAGCCACAGCCACGATGATCGCGGGCTCCCTTCTCCTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 CGCCCGCCGAGCCACAGCCACGATGATCGCGGGCTCCCTTCTCCTGGTG.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      CTTGGATTCCTTAGCACCACCACAGCTCAGCCAGAACAGAAGGCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..CAGCTTGGATTCCTTAGCACCACCACAGCTCAGCCAGAACAGAAGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCGAATCTCATTGGCACATACCGCCATGTTGACCGTGCCACCGGCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122962 TCGAATCTCATTGGCACATACCGCCATGTTGACCGTGCCACCGGCCAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTAACCTGTGACAAGTGTCCAGCAGGAACCTATGTCTCTGAGCATTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123012 GCTAACCTGTGACAAGTGTCCAGCAGGAACCTATGTCTCTGAGCATTGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAACACAAGCCTGCGCGTCTGCAGCAGTTGCCCTGTGGGGACCTTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123062 CCAACACAAGCCTGCGCGTCTGCAGCAGTTGCCCTGTGGGGACCTTTACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGGCATGAGAATGGCATAGAGAAATGCCATGACTGTAGTCAGCCATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123112 AGGCATGAGAATGGCATAGAGAAATGCCATGACTGTAGTCAGCCATGCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ATGGCCAATGATTGAGAAATTACCTTGTGCTGCCTTGACTGACCGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123162 ATGGCCAATGATTGAGAAATTACCTTGTGCTGCCTTGACTGACCGAGAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCACTTGCCCACCTGGCATGTTCCAGTCTAACGCTACCTGTGCCCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123212 GCACTTGCCCACCTGGCATGTTCCAGTCTAACGCTACCTGTGCCCCCCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACGGTGTGTCCTGTGGGTTGGGGTGTGCGGAAGAAAGGGACAGAGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123262 ACGGTGTGTCCTGTGGGTTGGGGTGTGCGGAAGAAAGGGACAGAGACTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGATGTGCGGTGTAAGCAGTGTGCTCGGGGTACCTTCTCAGATGTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123312 GGATGTGCGGTGTAAGCAGTGTGCTCGGGGTACCTTCTCAGATGTGCCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTAGTGTGATGAAATGCAAAGCATACACAGACTGTCTGAGTCAGAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123362 CTAGTGTGATGAAATGCAAAGCATACACAGACTGTCTGAGTCAGAACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTGGTGATCAAGCCGGGGACCAAGGAGACAGACAACGTCTGTGGCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123412 GTGGTGATCAAGCCGGGGACCAAGGAGACAGACAACGTCTGTGGCACACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCCGTCCTTCTCCAGCTCCACCTCACCTTCCCCTGGCACAGCCATCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123462 CCCGTCCTTCTCCAGCTCCACCTCACCTTCCCCTGGCACAGCCATCTTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CACGCCCTGAGCACATGGAAACCCATGAAGTCCCTTCCTCCACTTATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123512 CACGCCCTGAGCACATGGAAACCCATGAAGTCCCTTCCTCCACTTATGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CCCAAAG         GCATGAACTCAACAGAATCCAACTCTTCTGCCTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123562 CCCAAAGGTA...TAGGCATGAACTCAACAGAATCCAACTCTTCTGCCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGTTAGACCAAAGGTACTGAGTAGCATCCAGGAAGGGACAGTCCCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125114 TGTTAGACCAAAGGTACTGAGTAGCATCCAGGAAGGGACAGTCCCTGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ACACAAGCTCAGCAAGGGGGAAGGAAGACGTGAACAAGACCCTCCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125164 ACACAAGCTCAGCAAGGGGGAAGGAAGACGTGAACAAGACCCTCCCAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CTTCAGGTAGTCAACCACCAGCAAGGCCCCCACCACAGACACATCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125214 CTTCAGGTAGTCAACCACCAGCAAGGCCCCCACCACAGACACATCCTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GCTGCTGCCGTCCATGGAGGCCACTGGGGGCGAGAAGTCCAGCACGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125264 GCTGCTGCCGTCCATGGAGGCCACTGGGGGCGAGAAGTCCAGCACGCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TCAAGGGCCCCAAGAGGGGACATCCTAGACAGAACCTACACAAGCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125314 TCAAGGGCCCCAAGAGGGGACATCCTAGACAGAACCTACACAAGCATTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GACATCAATGAGCATTTGCCCTGGATGATTGTGCTTTTCCTGCTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125364 GACATCAATGAGCATTTGCCCTGGATGATTGTGCTTTTCCTGCTGCTGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GCTTGTGGTGATTGTGGTGTGCAGTATCCGGAAAAGCTCGAGGACTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125414 GCTTGTGGTGATTGTGGTGTGCAGTATCCGGAAAAGCTCGAGGACTCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AAAAGGGGCCCCGGCAGGATCCCAGTGCCATTGTGGAAAAGGCAGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125464 AAAAGGGGCCCCGGCAGGATCCCAGTGCCATTGTGGAAAAGGCAGGGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AAGAAATCCATGACTCCAACCCAGAACCGGGAGAAATGGATCTACTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125514 AAGAAATCCATGACTCCAACCCAGAACCGGGAGAAATGGATCTACTACTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CAATGGCCATG         GTATCGATATCCTGAAGCTTGTAGCAGCCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 125564 CAATGGCCATGGTG...TAGGTATCGATATCCTGAAGCTTGTAGCAGCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AAGTGGGAAGCCAGTGGAAAGATATCTATCAGTTTCTTTGCAATGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156021 AAGTGGGAAGCCAGTGGAAAGATATCTATCAGTTTCTTTGCAATGCCAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GAGAGGGAGGTTGCTGCTTTCTCCAATGGGTACACAGCCGACCACGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156071 GAGAGGGAGGTTGCTGCTTTCTCCAATGGGTACACAGCCGACCACGAGCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GGCCTACGCAGCTCTGCAGCACTGGACCATCCGGGGCCCCGAGGCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156121 GGCCTACGCAGCTCTGCAGCACTGGACCATCCGGGGCCCCGAGGCCAGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 TCGCCCAGCTAATTAGCGCCCTGCGCCAGCACCGGAGAAACGATGTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156171 TCGCCCAGCTAATTAGCGCCCTGCGCCAGCACCGGAGAAACGATGTTGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GAGAAGATTCGTGGGCTGATGGAAGACACCACCCAG         CTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 156221 GAGAAGATTCGTGGGCTGATGGAAGACACCACCCAGGTA...CAGCTGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 AACTGACAAACTAGCTCTCCCGATGAGCCCCAGCCCGCTTAGCCCGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174619 AACTGACAAACTAGCTCTCCCGATGAGCCCCAGCCCGCTTAGCCCGAGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 CCATCCCCAGCCCCAACGCGAAACTTGAGAATTCCGCTCTCCTGACGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174669 CCATCCCCAGCCCCAACGCGAAACTTGAGAATTCCGCTCTCCTGACGGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 GAGCCTTCCCCACAGGACAAGAACAAGGGCTTCTTCGTGGATGAGTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174719 GAGCCTTCCCCACAGGACAAGAACAAGGGCTTCTTCGTGGATGAGTCGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 GCCCCTTCTCCGCTGTGACTCTACATCCAGCGGCTCCTCCGCGCTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174769 GCCCCTTCTCCGCTGTGACTCTACATCCAGCGGCTCCTCCGCGCTGAGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 GGAACGGTTCCTTTATTACCAAAG         AAAAGAAGGACACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 174819 GGAACGGTTCCTTTATTACCAAAGGTA...CAGAAAAGAAGGACACAGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 TTGCGGCAGGTACGCCTGGACCCCTGTGACTTGCAGCCTATCTTTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176535 TTGCGGCAGGTACGCCTGGACCCCTGTGACTTGCAGCCTATCTTTGATGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 CATGCTCCACTTTCTAAATCCTGAGGAGCTGCGGGTGATTGAAGAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176585 CATGCTCCACTTTCTAAATCCTGAGGAGCTGCGGGTGATTGAAGAGATTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 CCCAGGCTGAGGACAAACTAGACCGGCTATTCGAAATTATTGGAGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176635 CCCAGGCTGAGGACAAACTAGACCGGCTATTCGAAATTATTGGAGTCAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 AGCCAGGAAGCCAGCCAGACCCTCCTGGACTCTGTTTATAGCCATCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176685 AGCCAGGAAGCCAGCCAGACCCTCCTGGACTCTGTTTATAGCCATCTTCC

   2000     .    :
   1956 TGACCTGCTG
        ||||||||||
 176735 TGACCTGCTG