seq1 = pF1KE1472.tfa, 915 bp
seq2 = pF1KE1472/gi568815595r_107957477.tfa (gi568815595r:107957477_108190908), 233432 bp

>pF1KE1472 915
>gi568815595r:107957477_108190908 (Chr3)

(complement)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-400  (110565-110918)   100% ->
401-490  (119727-119816)   100% ->
491-598  (130057-130164)   100% ->
599-691  (131365-131457)   100% ->
692-784  (132480-132572)   100% ->
785-877  (133340-133432)   100% ->
878-915  (138939-138974)   92%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCCCCTGGTAGCGGCGCTGTTGCTGGGCTCGGCGTGCTGCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGTGGCCCCTGGTAGCGGCGCTGTTGCTGGGCTCGGCGTGCTGCGGTG.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      GATCAGCTCAGCTACTATTTAATAAAACAAAATCTGTAGAATTCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGGATCAGCTCAGCTACTATTTAATAAAACAAAATCTGTAGAATTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGTTTTGTAATGACACTGTCGTCATTCCATGCTTTGTTACTAATATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110610 CGTTTTGTAATGACACTGTCGTCATTCCATGCTTTGTTACTAATATGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCACAAAACACTACTGAAGTATACGTAAAGTGGAAATTTAAAGGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110660 GCACAAAACACTACTGAAGTATACGTAAAGTGGAAATTTAAAGGAAGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TATTTACACCTTTGATGGAGCTCTAAACAAGTCCACTGTCCCCACTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110710 TATTTACACCTTTGATGGAGCTCTAAACAAGTCCACTGTCCCCACTGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTAGTAGTGCAAAAATTGAAGTCTCACAATTACTAAAAGGAGATGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110760 TTAGTAGTGCAAAAATTGAAGTCTCACAATTACTAAAAGGAGATGCCTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTGAAGATGGATAAGAGTGATGCTGTCTCACACACAGGAAACTACACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110810 TTGAAGATGGATAAGAGTGATGCTGTCTCACACACAGGAAACTACACTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGAAGTAACAGAATTAACCAGAGAAGGTGAAACGATCATCGAGCTAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110860 TGAAGTAACAGAATTAACCAGAGAAGGTGAAACGATCATCGAGCTAAAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATCGTGTTG         TTTCATGGTTTTCTCCAAATGAAAATATTCTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 110910 ATCGTGTTGGTA...CAGTTTCATGGTTTTCTCCAAATGAAAATATTCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTGTTATTTTCCCAATTTTTGCTATACTCCTGTTCTGGGGACAGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119759 ATTGTTATTTTCCCAATTTTTGCTATACTCCTGTTCTGGGGACAGTTTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TATTAAAA         CACTTAAATATAGATCCGGTGGTATGGATGAGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 119809 TATTAAAAGTA...AAGCACTTAAATATAGATCCGGTGGTATGGATGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAACAATTGCTTTACTTGTTGCTGGACTAGTGATCACTGTCATTGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130090 AAACAATTGCTTTACTTGTTGCTGGACTAGTGATCACTGTCATTGTCATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTTGGAGCCATTCTTTTCGTCCCAG         GTGAATATTCATTAAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 130140 GTTGGAGCCATTCTTTTCGTCCCAGGTA...CAGGTGAATATTCATTAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAATGCTACTGGCCTTGGTTTAATTGTGACTTCTACAGGGATATTAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131381 GAATGCTACTGGCCTTGGTTTAATTGTGACTTCTACAGGGATATTAATAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TACTTCACTACTATGTGTTTAGTACAG         CGATTGGATTAACC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 131431 TACTTCACTACTATGTGTTTAGTACAGGTG...CAGCGATTGGATTAACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCCTTCGTCATTGCCATATTGGTTATTCAGGTGATAGCCTATATCCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132494 TCCTTCGTCATTGCCATATTGGTTATTCAGGTGATAGCCTATATCCTCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTGGTTGGACTGAGTCTCTGTATTGCGG         CGTGTATACCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 132544 TGTGGTTGGACTGAGTCTCTGTATTGCGGGTA...CAGCGTGTATACCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGCATGGCCCTCTTCTGATTTCAGGTTTGAGTATCTTAGCTCTAGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133352 TGCATGGCCCTCTTCTGATTTCAGGTTTGAGTATCTTAGCTCTAGCACAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTACTTGGACTAGTTTATATGAAATTTGTGG         CTTCCAATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 133402 TTACTTGGACTAGTTTATATGAAATTTGTGGGTA...CAGCTTCCAATCA

    950     .    :    .    :    .
    888 GAAGACTATACAACCTCCTAGGAATAAC
        |||||||||||||||||||||| -|||-
 138949 GAAGACTATACAACCTCCTAGGG TAA