seq1 = pF1KE1470.tfa, 543 bp
seq2 = pF1KE1470/gi568815595r_192044012.tfa (gi568815595r:192044012_192460540), 416529 bp

>pF1KE1470 543
>gi568815595r:192044012_192460540 (Chr3)

(complement)

8-124  (99999-100113)   97% ==
219-427  (289879-290083)   98% ->
428-543  (316414-316529)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      8 GCAAAGAACCCCAGCTAAAAGGGATTGTGACAAGGTTATTCAGCCAGCAG
        ||--|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 GC  AGAACCCCAGCTCAAAGGGATTGTGACAAGGTTATTCAGCCAGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     58 GGATACTTCCTGCAGATGCACCCAGATGGTACCATTGATGGGACCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100047 GGATACTTCCTGCAGATGCACCCAGATGGTACCATTGATGGGACCAAGGA

    100     .    :    .
    108 CGAAAACAGCGACTACA
        |||||||||||||||||
 100097 CGAAAACAGCGACTACA

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    219 CTACAGTTCAGATGTTTTCACTCCAGAATGCAAATTCAAGGAATCTGTGT
        ||||||----||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289879 CTACAG    GATGTTTTCACTCCAGAATGCAAATTCAAGGAATCTGTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    269 TTGAAAACTACTATGTGATCTATTCTTCCACACTGTACCGCCAGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289925 TTGAAAACTACTATGTGATCTATTCTTCCACACTGTACCGCCAGCAAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    319 TCAGGCCGAGCTTGGTTTCTGGGACTCAATAAAGAAGGTCAAATTATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289975 TCAGGCCGAGCTTGGTTTCTGGGACTCAATAAAGAAGGTCAAATTATGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    369 GGGGAACAGAGTGAAGAAAACCAAGCCCTCATCACATTTTGTACCGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290025 GGGGAACAGAGTGAAGAAAACCAAGCCCTCATCACATTTTGTACCGAAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    419 CTATTGAAG         TGTGTATGTACAGAGAACAATCGCTACATGAA
        |||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||| |||||||||||||
 290075 CTATTGAAGGTA...CAGTGTGTATGTACAGAGAACCATCGCTACATGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    460 ATTGGAGAAAAACAAGGGCGTTCAAGGAAAAGTTCTGGAACACCAACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 316446 ATTGGAGAAAAACAAGGGCGTTCAAGGAAAAGTTCTGGAACACCAACCAT

    300     .    :    .    :    .    :
    510 GAATGGAGGCAAAGTTGTGAATCAAGATTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 316496 GAATGGAGGCAAAGTTGTGAATCAAGATTCAACA