seq1 = pF1KE1467.tfa, 1710 bp
seq2 = pF1KE1467/gi568815575f_37680078.tfa (gi568815575f:37680078_37910914), 230837 bp

>pF1KE1467 1710
>gi568815575f:37680078_37910914 (ChrX)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-141  (102011-102106)   100% ->
142-252  (103413-103523)   100% ->
253-337  (111898-111982)   100% ->
338-483  (113588-113733)   100% ->
484-674  (115874-116064)   100% ->
675-804  (118878-119007)   100% ->
805-897  (121179-121271)   100% ->
898-1151  (123800-124053)   100% ->
1152-1314  (124929-125091)   99% ->
1315-1461  (126310-126456)   100% ->
1462-1586  (129490-129614)   100% ->
1587-1710  (130714-130837)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAACTGGGCTGTGAATGAGGGGCTCTCCATTTTTGTCATT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGGGGAACTGGGCTGTGAATGAGGGGCTCTCCATTTTTGTCATTGTA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     CTGGTTTGGCTGGGGTTGAACGTCTTCCTCTTTGTCTGGTATTACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .CAGCTGGTTTGGCTGGGGTTGAACGTCTTCCTCTTTGTCTGGTATTACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGGTTTATGATATTCCACCTAAGTTCTTTTACACAAGAAAACTTCTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102057 GGGTTTATGATATTCCACCTAAGTTCTTTTACACAAGAAAACTTCTTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142          TCAGCACTGGCACTGGCCAGGGCCCCTGCAGCCTGCCTGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102107 GTA...TAGTCAGCACTGGCACTGGCCAGGGCCCCTGCAGCCTGCCTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTTCAACTGCATGCTGATTCTCTTGCCAGTCTGTCGAAATCTGCTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103454 TTTCAACTGCATGCTGATTCTCTTGCCAGTCTGTCGAAATCTGCTGTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCTCAGGGGTTCCAGTGCG         TGCTGCTCAACAAGAGTTCGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103504 TCCTCAGGGGTTCCAGTGCGGTA...AAGTGCTGCTCAACAAGAGTTCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGACAACTGGACAGGAATCTCACCTTTCATAAAATGGTGGCATGGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111919 AGACAACTGGACAGGAATCTCACCTTTCATAAAATGGTGGCATGGATGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGCACTTCACTCTG         CGATTCACACCATTGCACATCTATTTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111969 TGCACTTCACTCTGGTA...CAGCGATTCACACCATTGCACATCTATTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATGTGGAATGGTGTGTGAATGCCCGAGTCAATAATTCTGATCCTTATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113615 ATGTGGAATGGTGTGTGAATGCCCGAGTCAATAATTCTGATCCTTATTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTAGCACTCTCTGAACTTGGAGACAGGCAAAATGAAAGTTATCTCAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113665 GTAGCACTCTCTGAACTTGGAGACAGGCAAAATGAAAGTTATCTCAATTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGCTCGAAAGAGAATAAAG         AACCCTGAAGGAGGCCTGTACC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 113715 TGCTCGAAAGAGAATAAAGGTA...CAGAACCCTGAAGGAGGCCTGTACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGCTGTGACCCTGTTGGCAGGCATCACTGGAGTTGTCATCACGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115896 TGGCTGTGACCCTGTTGGCAGGCATCACTGGAGTTGTCATCACGCTGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTCATATTAATTATCACTTCCTCCACCAAAACCATCCGGAGGTCTTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115946 CTCATATTAATTATCACTTCCTCCACCAAAACCATCCGGAGGTCTTACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGAAGTCTTTTGGTACACACATCATCTCTTTGTGATCTTCTTCATTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115996 TGAAGTCTTTTGGTACACACATCATCTCTTTGTGATCTTCTTCATTGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGCCATCCATGGAGCTGA         ACGAATTGTACGTGGGCAGACC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 116046 TTGCCATCCATGGAGCTGAGTG...CAGACGAATTGTACGTGGGCAGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCAGAGAGTTTGGCTGTGCATAATATAACAGTTTGTGAACAAAAAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118900 GCAGAGAGTTTGGCTGTGCATAATATAACAGTTTGTGAACAAAAAATCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGAATGGGGAAAAATAAAGGAATGCCCAATCCCTCAGTTTGCTGGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118950 AGAATGGGGAAAAATAAAGGAATGCCCAATCCCTCAGTTTGCTGGAAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTCCTATG         ACTTGGAAATGGATAGTGGGTCCCATGTTTCTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 119000 CTCCTATGGTA...CAGACTTGGAAATGGATAGTGGGTCCCATGTTTCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TATCTCTGTGAGAGGTTGGTGCGGTTTTGGCGATCTCAACAGAAGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121212 TATCTCTGTGAGAGGTTGGTGCGGTTTTGGCGATCTCAACAGAAGGTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CATCACCAAG         GTGGTCACTCACCCTTTCAAAACCATCGAGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 121262 CATCACCAAGGTA...TAGGTGGTCACTCACCCTTTCAAAACCATCGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TACAGATGAAGAAGAAGGGGTTCAAAATGGAAGTGGGACAATACATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123831 TACAGATGAAGAAGAAGGGGTTCAAAATGGAAGTGGGACAATACATTTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTCAAGTGCCCAAAGGTGTCCAAGCTGGAGTGGCACCCTTTTACACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123881 GTCAAGTGCCCAAAGGTGTCCAAGCTGGAGTGGCACCCTTTTACACTGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ATCCGCCCCTGAGGAAGACTTCTTTAGTATCCATATCCGCATCGTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123931 ATCCGCCCCTGAGGAAGACTTCTTTAGTATCCATATCCGCATCGTTGGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACTGGACAGAGGGGCTGTTCAATGCTTGTGGCTGTGATAAGCAGGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123981 ACTGGACAGAGGGGCTGTTCAATGCTTGTGGCTGTGATAAGCAGGAGTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAAGATGCGTGGAAACTACCTAA         GATAGCGGTTGATGGGCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 124031 CAAGATGCGTGGAAACTACCTAAGTG...CAGGATAGCGGTTGATGGGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTTTGGCACTGCCAGTGAAGATGTGTTCAGCTATGAGGTGGTGATGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124947 CTTTGGCACTGCCAGTGAAGATGTGTTCAGCTATGAGGTGGTGATGTTAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGGGAGCGGGGATTGGGGTCACACCCTTCGCATCCATTCTCAAGTCAGTC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124997 TGGGAGCAGGGATTGGGGTCACACCCTTCGCATCCATTCTCAAGTCAGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TGGTACAAATATTGCAATAACGCCACCAATCTGAAGCTCAAAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 125047 TGGTACAAATATTGCAATAACGCCACCAATCTGAAGCTCAAAAAGGTA..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315     ATCTACTTCTACTGGCTGTGCCGGGACACACATGCCTTTGAGTGGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125097 .CAGATCTACTTCTACTGGCTGTGCCGGGACACACATGCCTTTGAGTGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TTGCAGATCTGCTGCAACTGCTGGAGAGCCAGATGCAGGAAAGGAACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126356 TTGCAGATCTGCTGCAACTGCTGGAGAGCCAGATGCAGGAAAGGAACAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GCCGGCTTCCTCAGCTACAACATCTACCTCACTGGCTGGGATGAGTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126406 GCCGGCTTCCTCAGCTACAACATCTACCTCACTGGCTGGGATGAGTCTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 G         GCCAATCACTTTGCTGTGCACCATGATGAGGAGAAAGATG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126456 GGTA...TAGGCCAATCACTTTGCTGTGCACCATGATGAGGAGAAAGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGATCACAGGCCTGAAACAAAAGACTTTGTATGGACGGCCCAACTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129530 TGATCACAGGCCTGAAACAAAAGACTTTGTATGGACGGCCCAACTGGGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AATGAATTCAAGACAATTGCAAGTCAACACCCTAA         TACCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 129580 AATGAATTCAAGACAATTGCAAGTCAACACCCTAAGTA...AAGTACCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AATAGGAGTTTTCCTCTGTGGACCTGAAGCCTTGGCTGAAACCCTGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130720 AATAGGAGTTTTCCTCTGTGGACCTGAAGCCTTGGCTGAAACCCTGAGTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AACAAAGCATCTCCAACTCTGAGTCTGGCCCTCGGGGAGTGCATTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130770 AACAAAGCATCTCCAACTCTGAGTCTGGCCCTCGGGGAGTGCATTTCATT

   1800     .    :    .
   1693 TTCAACAAGGAAAACTTC
        ||||||||||||||||||
 130820 TTCAACAAGGAAAACTTC