seq1 = pF1KE1466.tfa, 1995 bp
seq2 = pF1KE1466/gi568815575r_19436420.tfa (gi568815575r:19436420_19936283), 499864 bp

>pF1KE1466 1995
>gi568815575r:19436420_19936283 (ChrX)

(complement)

1-162  (100000-100159)   98% ->
163-286  (189843-189966)   100% ->
287-390  (229300-229403)   100% ->
391-520  (240543-240672)   100% ->
521-726  (252256-252461)   100% ->
727-802  (290809-290884)   100% ->
803-897  (304326-304420)   100% ->
898-1005  (328239-328346)   100% ->
1006-1057  (341284-341335)   100% ->
1058-1138  (344137-344217)   100% ->
1139-1298  (347482-347641)   100% ->
1299-1384  (367096-367181)   100% ->
1385-1494  (386201-386310)   100% ->
1495-1623  (390234-390362)   100% ->
1624-1892  (394091-394359)   99% ->
1893-1956  (398504-398567)   100% ->
1957-1995  (399826-399864)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGAGGCCATAGTGGAGTTTGACTACCAGGCCCAGCACGATGATGA
        |-|-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A G TGGAGGCCATAGTGGAGTTTGACTACCAGGCCCAGCACGATGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGACGATCAGCGTGGGTGAAATCATCACCAACATCAGGAAGGAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 GCTGACGATCAGCGTGGGTGAAATCATCACCAACATCAGGAAGGAGGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGGCTGGTGGGAGGGACAGATCAACGGCAGGAGAGGTTTGTTCCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 GAGGCTGGTGGGAGGGACAGATCAACGGCAGGAGAGGTTTGTTCCCTGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACTTTGTAAGA         GAAATAAAGAAAGAGATGAAGAAAGACCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100148 AACTTTGTAAGAGTG...CAGGAAATAAAGAAAGAGATGAAGAAAGACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTCACCAACAAAGCTCCAGAAAAGCCCCTGCACGAAGTGCCCAGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189872 TCTCACCAACAAAGCTCCAGAAAAGCCCCTGCACGAAGTGCCCAGTGGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTCTTTGCTGTCTTCTGAAACGATTTTAAGAACCAATAAGAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 189922 ACTCTTTGCTGTCTTCTGAAACGATTTTAAGAACCAATAAGAGAGGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287     GCGAGCGACGGAGGCGCCGGTGCCAGGTGGCATTCAGCTACCTGCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189972 .CAGGCGAGCGACGGAGGCGCCGGTGCCAGGTGGCATTCAGCTACCTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCAGAATGACGATGAACTTGAGCTGAAAGTTGGCGACATCATAGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229346 CCAGAATGACGATGAACTTGAGCTGAAAGTTGGCGACATCATAGAGGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGGAGAG         GTAGAGGAAGGATGGTGGGAAGGTGTTCTCAAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 229396 TAGGAGAGGTA...CAGGTAGAGGAAGGATGGTGGGAAGGTGTTCTCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGGAAGACTGGAATGTTTCCTTCCAACTTCATCAAGGAGCTGTCAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240576 GGGAAGACTGGAATGTTTCCTTCCAACTTCATCAAGGAGCTGTCAGGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTCGGATGAGCTTGGCATTTCCCAGGATGAGCAGCTATCCAAGTCAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 240626 GTCGGATGAGCTTGGCATTTCCCAGGATGAGCAGCTATCCAAGTCAAGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    521       GTTTAAGGGAAACCACAGGCTCCGAGAGTGATGGGGGTGACTCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240676 ...CAGGTTTAAGGGAAACCACAGGCTCCGAGAGTGATGGGGGTGACTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGCAGCACCAAGTCTGAAGGTGCCAACGGGACAGTGGCAACTGCAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252300 AGCAGCACCAAGTCTGAAGGTGCCAACGGGACAGTGGCAACTGCAGCAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCAGCCCAAGAAAGTTAAGGGAGTGGGCTTTGGAGACATTTTCAAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252350 CCAGCCCAAGAAAGTTAAGGGAGTGGGCTTTGGAGACATTTTCAAAGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGCCAATCAAACTAAGACCAAGGTCAATTGAAGTAGAAAATGACTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252400 AGCCAATCAAACTAAGACCAAGGTCAATTGAAGTAGAAAATGACTTTCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCGGTAGAAAAG         ACTATTGGGAAGAAGTTACCTGCAACTAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 252450 CCGGTAGAAAAGGTA...CAGACTATTGGGAAGAAGTTACCTGCAACTAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGCAACTCCAGACTCATCAAAAACAGAAATGGACAGCAGGACAAAGA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 290838 AGCAACTCCAGACTCATCAAAAACAGAAATGGACAGCAGGACAAAGAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    803       GCAAGGATTACTGCAAAGTAATATTTCCATATGAGGCACAGAAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290888 ...TAGGCAAGGATTACTGCAAAGTAATATTTCCATATGAGGCACAGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GATGATGAATTGACAATCAAAGAAGGAGATATAGTCACTCTCATCAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304370 GATGATGAATTGACAATCAAAGAAGGAGATATAGTCACTCTCATCAATAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 G         GACTGCATCGACGTAGGCTGGTGGGAAGGAGAGCTGAACG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304420 GGTA...TAGGACTGCATCGACGTAGGCTGGTGGGAAGGAGAGCTGAACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCAGACGAGGCGTGTTCCCCGATAACTTCGTGAAGTTACTTCCACCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328279 GCAGACGAGGCGTGTTCCCCGATAACTTCGTGAAGTTACTTCCACCGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTTGAAAAGGAAGGGAAT         AGACCCAAGAAGCCACCGCCTCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 328329 TTTGAAAAGGAAGGGAATGTA...CAGAGACCCAAGAAGCCACCGCCTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ATCCGCTCCTGTCATCAAACAAGGGGCAG         GCACCACTGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 341307 ATCCGCTCCTGTCATCAAACAAGGGGCAGGTA...TAGGCACCACTGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GAAAACATGAAATTAAAAAGATACCTCCTGAAAGACCAGAAATGCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 344149 GAAAACATGAAATTAAAAAGATACCTCCTGAAAGACCAGAAATGCTTCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AACAGAACAGAAGAAAAAG         AAAGACCAGAGAGAGAGCCAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 344199 AACAGAACAGAAGAAAAAGGTA...AAGAAAGACCAGAGAGAGAGCCAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 ACTGGATTTACAGAAGCCCTCCGTTCCTGCCATACCGCCAAAAAAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347504 ACTGGATTTACAGAAGCCCTCCGTTCCTGCCATACCGCCAAAAAAGCCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GGCCACCTAAGACCAATTCTCTCAGCAGACCTGGCGCACTGCCCCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347554 GGCCACCTAAGACCAATTCTCTCAGCAGACCTGGCGCACTGCCCCCGAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AGGCCGGAGAGACCGGTGGGTCCGCTGACACACACCAG         GGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 347604 AGGCCGGAGAGACCGGTGGGTCCGCTGACACACACCAGGTA...TAGGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TGACAGTCCAAAGATTGACTTGGCCGGCAGTTCGCTATCTGGCATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367099 TGACAGTCCAAAGATTGACTTGGCCGGCAGTTCGCTATCTGGCATCCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACAAAGATCTCTCGGACCGCAGCAATGACATTG         ACTTAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 367149 ACAAAGATCTCTCGGACCGCAGCAATGACATTGGTG...TAGACTTAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GGTTTTGACTCCGTGGTATCATCTACTGAGAAACTCAGTCATCCGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 386209 GGTTTTGACTCCGTGGTATCATCTACTGAGAAACTCAGTCATCCGACCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AAGCAGACCAAAAGCTACAGGGAGGCGGCCTCCGTCCCAGTCCCTCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 386259 AAGCAGACCAAAAGCTACAGGGAGGCGGCCTCCGTCCCAGTCCCTCACAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CT         TCATCCCTTTCAAGCCCTGATATCTTCGACTCCCCAAGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 386309 CTGTA...CAGTCATCCCTTTCAAGCCCTGATATCTTCGACTCCCCAAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CCCGAAGAGGATAAGGAGGAACACATTTCACTTGCGCACAGAGGAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 390273 CCCGAAGAGGATAAGGAGGAACACATTTCACTTGCGCACAGAGGAGTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CGCGTCAAAGAAAACTTCCAAGACTGTTACCATATCCCAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 390323 CGCGTCAAAGAAAACTTCCAAGACTGTTACCATATCCCAAGTG...CAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TGTCTGACAACAAAGCATCCCTGCCGCCCAAGCCGGGGACCATGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 394092 TGTCTGACAACAAAGCATCCCTGCCGCCCAAGCCGGGGACCATGGCAGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GGTGGCGGTGGGCCAGCCCCTCTGTCCTCAGCGGTGCCCTCCCCCCTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 394142 GGTGGCGGTGGGCCAGCCCCTCTGTCCTCAGCGGCGCCCTCCCCCCTGTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 ATCCTCTTTGGGAACAGCTGGACACAGAGCCAACTCCCCGTCTCTGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 394192 ATCCTCTTTGGGAACAGCTGGACACAGAGCCAACTCCCCGTCTCTGTTCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 GCACGGAAGGAAAACCAAAGATGGAGCCTGCGGCCAGCAGCCAGGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 394242 GCACGGAAGGAAAACCAAAGATGGAGCCTGCGGCCAGCAGCCAGGCGGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GTGGAGGAGCTAAGGACACAGGTCCGCGAGCTGAGGAGCATCATCGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 394292 GTGGAGGAGCTAAGGACACAGGTCCGCGAGCTGAGGAGCATCATCGAGAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CATGAAGGACCAGCAGAA         ACGAGAGATTAAACAGTTATTGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 394342 CATGAAGGACCAGCAGAAGTG...CAGACGAGAGATTAAACAGTTATTGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 CTGAGTTGGATGAAGAGAAGAAAATCCGGCTTCGGTTGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 398527 CTGAGTTGGATGAAGAGAAGAAAATCCGGCTTCGGTTGCAGGTG...TAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .
   1957 ATGGAAGTGAACGACATAAAGAAAGCTCTACAATCAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 399826 ATGGAAGTGAACGACATAAAGAAAGCTCTACAATCAAAA