seq1 = pF1KE1464.tfa, 558 bp
seq2 = pF1KE1464/gi568815595f_108730667.tfa (gi568815595f:108730667_108953874), 223208 bp

>pF1KE1464 558
>gi568815595f:108730667_108953874 (Chr3)

1-118  (99996-100114)   98% ->
119-152  (108268-108301)   100% ->
153-214  (116402-116463)   100% ->
215-303  (118500-118588)   100% ->
304-558  (122954-123208)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTC AGGAATCTCTGGGTGCCCCTTTTTCCTCTGGGGACTTCTAGCAT
        || ||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 ATTTCCAGGAATCTCTGGGTGCCCCTTTTTCCTCTGGGGACTTCTAGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 TGTTGGGCTTGGCTTTGGTTATATCACTGATCTTCAATATTTCCCACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100046 TGTTGGGCTTGGCTTTGGTTATATCACTGATCTTCAATATTTCCCACTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 GTGGAAAAGCAACGACAAG         ATAAAATGTACAGCTACTCCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100096 GTGGAAAAGCAACGACAAGGTA...CAGATAAAATGTACAGCTACTCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 TGACCACACCAG         GGTTGATGAGTATTATATTGAAGACACAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 108290 TGACCACACCAGGTA...TAGGGTTGATGAGTATTATATTGAAGACACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    182 CAATTTATGGTAACTTAGATGATATGATTTCAG         AACCAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 116431 CAATTTATGGTAACTTAGATGATATGATTTCAGGTA...AAGAACCAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    223 GATGAAAATTGCTATGAACAAATGAAAGCCCGACCAGAGAAATCTGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118508 GATGAAAATTGCTATGAACAAATGAAAGCCCGACCAGAGAAATCTGTAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    273 TAAGATGCAGGAAGCCACCCCATCTGCACAG         GCAACCAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 118558 TAAGATGCAGGAAGCCACCCCATCTGCACAGGTG...TAGGCAACCAATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    314 AAACACAGATGTGCTACGCCTCACTTGATCACAGCGTTAAGGGGAAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122964 AAACACAGATGTGCTACGCCTCACTTGATCACAGCGTTAAGGGGAAGCGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    364 AGAAAGCCCAGGAAACAGAATACTCATTTCTCAGACAAGGATGGAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123014 AGAAAGCCCAGGAAACAGAATACTCATTTCTCAGACAAGGATGGAGATGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    414 GCAACTACATGCAATAGATGCCAGCGTTTCTAAGACCACCTTAGTAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123064 GCAACTACATGCAATAGATGCCAGCGTTTCTAAGACCACCTTAGTAGACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    464 GTTTCTCCCCAGAAAGCCAGGCAGTAGAGGAAAACATTCATGATGATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123114 GTTTCTCCCCAGAAAGCCAGGCAGTAGAGGAAAACATTCATGATGATCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    514 ATCAGACTGTTTGGATTGATCCGTGCTAAGAGAGAACCTATAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123164 ATCAGACTGTTTGGATTGATCCGTGCTAAGAGAGAACCTATAAAC