seq1 = pF1KE1462.tfa, 708 bp
seq2 = pF1KE1462/gi568815581r_9150581.tfa (gi568815581r:9150581_9668471), 517891 bp

>pF1KE1462 708
>gi568815581r:9150581_9668471 (Chr17)

(complement)

1-17  (92664-92680)   100% ->
18-117  (100002-100101)   99% ->
118-212  (110944-111038)   100% ->
213-323  (123190-123300)   100% ->
324-448  (163310-163434)   100% ->
449-548  (176551-176653)   94% ->
549-653  (289826-289929)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACCGGACCCCTG         GTTCTCCACATACGATTCTACTTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
  92664 ATGGCACCGGACCCCTGGTG...CAGGTTCTCCACATACGATTCTACTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCAAATTGCCCAAGAAATTGCTGAGAAAATTCAACAACGAAATCAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100026 TCAAATTGCCCAAGAAATTGCTGAGAAAATTCAACAACGAAATCAATATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACGAAAAGGTGAAAAGGCACCAAAG         CTTACCGTGACAATC
        || |||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100076 AAAGAAAAGGTGAAAAGGCACCAAAGGTA...CAGCTTACCGTGACAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGAGCTTTGTTGCAGAACCTGAAGGAAAAGATCGCCCTTTTGAAGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110959 AGAGCTTTGTTGCAGAACCTGAAGGAAAAGATCGCCCTTTTGAAGGACTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATTGCTAAGAGCTGTGTCAACACATCAGAT         AACACAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111009 ATTGCTAAGAGCTGTGTCAACACATCAGATGTA...CAGAACACAGCTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AAGGGGACCGAAGACAGAACCTCTTGGATGATCTTGTAACTCGAGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123201 AAGGGGACCGAAGACAGAACCTCTTGGATGATCTTGTAACTCGAGAGAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTACTTCTGGCATCCTTTAAGAATGAGGGTGCCGAACCAGATCTAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123251 CTACTTCTGGCATCCTTTAAGAATGAGGGTGCCGAACCAGATCTAATCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324          GTCCAGCCTGATGAGTGAAGAGGCTAAGCGAGGAGCACCCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123301 GTA...TAGGTCCAGCCTGATGAGTGAAGAGGCTAAGCGAGGAGCACCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACCCTTGGCTCTTTGAGGAGCCAGAGGAGACCAGAGGCTTGGGTTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163351 ACCCTTGGCTCTTTGAGGAGCCAGAGGAGACCAGAGGCTTGGGTTTTGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAAATCCGGCAACAGCAGCAGAAAATTATCCAAG         AACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 163401 GAAATCCGGCAACAGCAGCAGAAAATTATCCAAGGTA...CAGAACAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGCAGGCCTTGATGCCCTTTCCTCTATCATAAGTCGCCAAAAACAAATGG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176558 CGCAGGCCTTGATGCCCTTTCCTCTATCATAAGTCGCCAAAAACAAATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGCAGGAAATTGGGAATGAATTGGATGAACAAAATG  A GA TAAT   
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||--|-||-|||->>>
 176608 GGCAGGAAATTGGGAATGAATTGGATGAACAAAATGGTAAGAATAA GTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    549       TGACGACCTTGCCAACCTAGTGGAGAACACAGATGAAAAACTTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176657 ...AATTGACGACCTTGCCAACCTAGTGGAGAACACAGATGAAAAACTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    593 GCAATGAAACCAGGCGGGTAAACATGGTGGACAGAAAGTCAGCCTCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289870 GCAATGAAACCAGGCGGGTAAACATGGTGGACAGAAAGTCAGCCTCTTGT

    700     .    :
    643 GGGATGATCAT
        || | || -||
 289920 GGTAAGAG AT