seq1 = pF1KE1461.tfa, 1476 bp
seq2 = pF1KE1461/gi568815592r_41670622.tfa (gi568815592r:41670622_41876987), 206366 bp

>pF1KE1461 1476
>gi568815592r:41670622_41876987 (Chr6)

(complement)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-253  (101383-101569)   100% ->
254-415  (104029-104190)   100% ->
416-564  (105024-105172)   100% ->
565-1476  (105455-106366)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAGCTGCTGCAGCTGCCTGAACAGAGACAGCGTTCCAGACAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAGCTGCTGCAGCTGCCTGAACAGAGACAGCGTTCCAGACAACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCACCAAGTTCAAG         GTGACAAATGTGGATGATGAGGGGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCACCAAGTTCAAGGTA...CAGGTGACAAATGTGGATGATGAGGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAGCTGGGCTCTGGGGTGATGGAGCTGACGCAGAGTGAGCTGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101408 TGGAGCTGGGCTCTGGGGTGATGGAGCTGACGCAGAGTGAGCTGGTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACCTGCATCGGCGTGAGGCCGTCCGCTGGCCTTATCTCTGCTTGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101458 CACCTGCATCGGCGTGAGGCCGTCCGCTGGCCTTATCTCTGCTTGCGGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTATGGCTACGACTCCAACCTCTTCTCCTTTGAGAGTGGCCGCCGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101508 CTATGGCTACGACTCCAACCTCTTCTCCTTTGAGAGTGGCCGCCGATGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGACAGGCCAGG         GAATATTTGCATTTAAGTGTTCCCGGGCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101558 AGACAGGCCAGGGTG...CAGGAATATTTGCATTTAAGTGTTCCCGGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGAAATCTTCAACCTCCTTCAGGATCTGATGCAGTGCAACAGCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104058 GAGGAAATCTTCAACCTCCTTCAGGATCTGATGCAGTGCAACAGCATCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTGATGGAAGAGCCTGTCATCATCACCCGCAATAGCCACCCCGCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104108 TGTGATGGAAGAGCCTGTCATCATCACCCGCAATAGCCACCCCGCTGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGACCTCCCTCGAGCCCCCCAGCCACCCAATG         CTCTAGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104158 TTGACCTCCCTCGAGCCCCCCAGCCACCCAATGGTG...CAGCTCTAGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TACACTGTCTCCAGCTTTTCCAATGGCTGCCCTGGAGAGGGCCCACGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105032 TACACTGTCTCCAGCTTTTCCAATGGCTGCCCTGGAGAGGGCCCACGATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCAGCTCCCCGGCGGCTCTCGACAAGCAGCCTGCGGCACCCCTCGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105082 CTCAGCTCCCCGGCGGCTCTCGACAAGCAGCCTGCGGCACCCCTCGCTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGGAAGAGTCCACCCATGCCCTCATTGCTCCTGATGAGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105132 GGGAAGAGTCCACCCATGCCCTCATTGCTCCTGATGAGCAGGTG...CAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCCCACACCTATGTCAACACACCGGCCAGTGAAGATGACCACCGCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105455 TCCCACACCTATGTCAACACACCGGCCAGTGAAGATGACCACCGCAGGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCGCCACTGCCTGCAGCCCCTGCCTGAGGGTCAGGCACCCTTCCTCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105505 CCGCCACTGCCTGCAGCCCCTGCCTGAGGGTCAGGCACCCTTCCTCCCGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGGCCCGGGGACCTGACCAACGGGACCCACAGGTGTTCTTGCAGCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105555 AGGCCCGGGGACCTGACCAACGGGACCCACAGGTGTTCTTGCAGCCAGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAGGTGAAGTTTGTGTTGGGCCCGACCCCTGCTCGGCGGCACATGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105605 CAGGTGAAGTTTGTGTTGGGCCCGACCCCTGCTCGGCGGCACATGGTGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTGCCAGGGCCTCTGTCCCAGCCTGCATGACCCCCCACACCACAATAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105655 GTGCCAGGGCCTCTGTCCCAGCCTGCATGACCCCCCACACCACAATAATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACAATGAGGCCCCTTCTGAGTGTCCAGCCCAGCCCAAGTGCACCTACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105705 ACAATGAGGCCCCTTCTGAGTGTCCAGCCCAGCCCAAGTGCACCTACGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AACGTCACCGGGGGGCTGTGGCGAGGGGCTGGCTGGAGACTGAGCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105755 AACGTCACCGGGGGGCTGTGGCGAGGGGCTGGCTGGAGACTGAGCCCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GGAGCCGGGCTGGAATGGCCTTGCCCACCGCCGGGCCGCCCTGCTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105805 GGAGCCGGGCTGGAATGGCCTTGCCCACCGCCGGGCCGCCCTGCTGCACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ATGAGAACCTGCCCCCACTGCCCCCTGTGTGGGAAAGCCAAGCCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105855 ATGAGAACCTGCCCCCACTGCCCCCTGTGTGGGAAAGCCAAGCCCAGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CTGGGAGGGGAGGCTGGGGATGATGGGGACTCGAGGGATGGGCTCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105905 CTGGGAGGGGAGGCTGGGGATGATGGGGACTCGAGGGATGGGCTCACACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CTCTTCCAATGGCTTCCCTGATGGTGAGGAGGACGAGACCCCACTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105955 CTCTTCCAATGGCTTCCCTGATGGTGAGGAGGACGAGACCCCACTGCAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AGCCCACCAGCACCCGGGCCGCCATCCGCAGCCACGGCAGCTTTCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106005 AGCCCACCAGCACCCGGGCCGCCATCCGCAGCCACGGCAGCTTTCCTGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CCACTGACCCGCCGCCGCGGCTCCCCAAGGGTCTTCAACTTTGATTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106055 CCACTGACCCGCCGCCGCGGCTCCCCAAGGGTCTTCAACTTTGATTTCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CCGGCCGGGGCCCGAGCCCCCAAGGCAGCTTAACTACATCCAGGTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106105 CCGGCCGGGGCCCGAGCCCCCAAGGCAGCTTAACTACATCCAGGTGGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TAAAGGGCTGGGGTGGAGACCGCCCTAAGGGGCCCCAGAACCCCTCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106155 TAAAGGGCTGGGGTGGAGACCGCCCTAAGGGGCCCCAGAACCCCTCGAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CCCCAAGCCCCCATGCCCACCACCCACCCTGCCCGAAGCTCAGACTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106205 CCCCAAGCCCCCATGCCCACCACCCACCCTGCCCGAAGCTCAGACTCCTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CGCCGTGATTGACCTCAAAAAGACCGTGGCCATGTCCAACCTGCAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106255 CGCCGTGATTGACCTCAAAAAGACCGTGGCCATGTCCAACCTGCAGAGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 CTCTGCCCCGAGACGATGGCACCGCCAGGAAAACCCGGCACAACAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106305 CTCTGCCCCGAGACGATGGCACCGCCAGGAAAACCCGGCACAACAGCACC

   1500     .    :
   1465 GACCTGCCTCTG
        ||||||||||||
 106355 GACCTGCCTCTG