seq1 = pF1KE1460.tfa, 999 bp
seq2 = pF1KE1460/gi568815578r_33989733.tfa (gi568815578r:33989733_34205497), 215765 bp

>pF1KE1460 999
>gi568815578r:33989733_34205497 (Chr20)

(complement)

11-193  (99949-100130)   99% ->
194-297  (101933-102036)   100% ->
298-433  (106865-107000)   100% ->
434-534  (107982-108082)   99% ->
535-683  (108693-108841)   100% ->
684-740  (111767-111823)   100% ->
741-826  (114896-114981)   100% ->
827-999  (115593-115765)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     11 ACGAGATGATTTTTGATCCTACTATGAGCAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAG
        ||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99949 AC AGATGATTTTTGATCCTACTATGAGCAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     61 AAGCCTTTTATGTTAGATGAGGAAGGGGATACCCAAACAGAGGAAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 AAGCCTTTTATGTTAGATGAGGAAGGGGATACCCAAACAGAGGAAACCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    111 GCCTTCAGAAACAAAAGAAGTGGAGCCAGAGCCAACTGAGGACAAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 GCCTTCAGAAACAAAAGAAGTGGAGCCAGAGCCAACTGAGGACAAGGATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    161 TGGAAGCTGATGAAGAGGACACTAGGAAAAAAG         ATGCTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100098 TGGAAGCTGATGAAGAGGACACTAGGAAAAAAGGTG...TAGATGCTTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    202 GATGATCTAGATGACTTGAACTTCTTTAATCAAAAGAAAAAGAAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101941 GATGATCTAGATGACTTGAACTTCTTTAATCAAAAGAAAAAGAAGAAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    252 AACTAAAAAGATATTTGATATTGATGAAGCTGAAGAAGGTGTAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101991 AACTAAAAAGATATTTGATATTGATGAAGCTGAAGAAGGTGTAAAGGTA.

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    298      GATCTTAAGATTGAAAGTGATGTTCAAGAACCAACTGAACCAGAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102041 ..TAGGATCTTAAGATTGAAAGTGATGTTCAAGAACCAACTGAACCAGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    343 GATGACCTTGACATTATGCTTGGCAATAAAAAGAAGAAAAAGAAGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106910 GATGACCTTGACATTATGCTTGGCAATAAAAAGAAGAAAAAGAAGAATGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    393 TAAGTTCCCAGATGAGGATGAAATACTAGAGAAAGATGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106960 TAAGTTCCCAGATGAGGATGAAATACTAGAGAAAGATGAAGGTA...TAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    434 CTCTAGAAGATGAAGACAACAAAAAAGATGATGGTATCTCATTCAGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107982 CTCTAGAAGATGAAGACAACAAAAAAGATGATGGTATCTCATTCAGTAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    484 CAGACAGGCCCTGCTTGGGCAGGCTCAGAAAGAGACTACACATACGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 108032 CAGACAGGCCCTGCTTGGGCAGGCTCAGAAAGAGACTACACATACGAGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    534 G         CTGCTGAATCGAGTGTTCAACATCATGAGGGAAAAGAATC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108082 GGTA...TAGCTGCTGAATCGAGTGTTCAACATCATGAGGGAAAAGAATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    575 CAGATATGGTTGCTGGGGAGAAAAGGAAATTTGTCATGAAACCTCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108733 CAGATATGGTTGCTGGGGAGAAAAGGAAATTTGTCATGAAACCTCCACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    625 GTCGTCCGAGTAGGAACCAAGAAAACTTCTTTTGTCAACTTTACAGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108783 GTCGTCCGAGTAGGAACCAAGAAAACTTCTTTTGTCAACTTTACAGATAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    675 CTGTAAACT         ATTACATCGTCAGCCCAAACATCTCCTTGCAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 108833 CTGTAAACTGTA...TAGATTACATCGTCAGCCCAAACATCTCCTTGCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    716 TTTTGTTGGCTGAATTGGGTACAAG         TGGTTCTATAGATGGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 111799 TTTTGTTGGCTGAATTGGGTACAAGGTA...TAGTGGTTCTATAGATGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    757 AATAACCAACTTGTAATCAAAGGAAGATTCCAACAGAAACAGATAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114912 AATAACCAACTTGTAATCAAAGGAAGATTCCAACAGAAACAGATAGAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    807 TGTCTTGAGAAGATATATCA         AGGAATATGTCACTTGTCACA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 114962 TGTCTTGAGAAGATATATCAGTA...CAGAGGAATATGTCACTTGTCACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    848 CATGCCGATCACCGGACACAATCCTGCAGAAGGACACACGACTCTATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115614 CATGCCGATCACCGGACACAATCCTGCAGAAGGACACACGACTCTATTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    898 CTACAGTGCGAAACTTGTCATTCTAGATGTTCTGTTGCCAGTATCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115664 CTACAGTGCGAAACTTGTCATTCTAGATGTTCTGTTGCCAGTATCAAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    948 CGGCTTCCAGGCTGTCACGGGCAAGCGAGCACAGCTCCGTGCCAAAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115714 CGGCTTCCAGGCTGTCACGGGCAAGCGAGCACAGCTCCGTGCCAAAGCTA

   1050 
    998 AC
        ||
 115764 AC