seq1 = pF1KE1452.tfa, 747 bp
seq2 = pF1KE1452/gi568815584f_24036263.tfa (gi568815584f:24036263_24238813), 202551 bp

>pF1KE1452 747
>gi568815584f:24036263_24238813 (Chr14)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-72  (100723-100755)   100% ->
73-135  (100881-100943)   100% ->
136-246  (101059-101169)   100% ->
247-292  (101258-101303)   100% ->
293-390  (101438-101535)   100% ->
391-459  (101787-101855)   100% ->
460-527  (101934-102001)   100% ->
528-582  (102083-102137)   100% ->
583-669  (102212-102298)   100% ->
670-747  (102474-102551)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCATGCTCAGGGTCCAGCCCGAGGCCCAAGCCAAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGGCCATGCTCAGGGTCCAGCCCGAGGCCCAAGCCAAGGTG...CAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGATGTGTTTCGTGAAGACCTCTGTACCAAG         ACAGAGAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100725 GGATGTGTTTCGTGAAGACCTCTGTACCAAGGTA...CAGACAGAGAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 TGCTCGGGAGCTATTTCCCCAAGAAGATTTCTGAGCTGGATGCATTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100891 TGCTCGGGAGCTATTTCCCCAAGAAGATTTCTGAGCTGGATGCATTTTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAG         GAGCCAGCTCTCAATGAAGCCAACTTGAGCAATCTGAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100941 AAGGTA...CAGGAGCCAGCTCTCAATGAAGCCAACTTGAGCAATCTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 GGCCCCATTGGACATCCCAGTGCCTGATCCAGTCAAGGAGAAAGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101097 GGCCCCATTGGACATCCCAGTGCCTGATCCAGTCAAGGAGAAAGAGAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGGAGCGGAAGAAACAGCAGGAG         AAGGAAGACAAGGATGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101147 AGGAGCGGAAGAAACAGCAGGAGGCA...CAGAAGGAAGACAAGGATGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 AAGAAGAAGGGGGAGGATGAAGACAAAG         GTCCTCCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101276 AAGAAGAAGGGGGAGGATGAAGACAAAGGTA...TAGGTCCTCCCTGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 CCCAGTGAACTGCAATGAAAAGATCGTGGTCCTTCTGCAGCGCTTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 CCCAGTGAACTGCAATGAAAAGATCGTGGTCCTTCTGCAGCGCTTGAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 CTGAGATCAAGGATGTCATTGAGCAGCTCAACCTG         GTCACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101501 CTGAGATCAAGGATGTCATTGAGCAGCTCAACCTGGTA...CAGGTCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 ACCTGGTTGCAGCTGCAGATACCTCGGATTGAGGATGGTAACAATTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101793 ACCTGGTTGCAGCTGCAGATACCTCGGATTGAGGATGGTAACAATTTTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 AGTGGCTGTCCAG         GAGAAGGTGTTTGAGCTGATGACCAGCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101843 AGTGGCTGTCCAGGTG...TAGGAGAAGGTGTTTGAGCTGATGACCAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 TCCACACCAAGCTAGAAGGCTTCCACACTCAAATCTCTAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101962 TCCACACCAAGCTAGAAGGCTTCCACACTCAAATCTCTAAGTG...CAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    529 TATTTCTCTGAGCGTGGTGATGCAGTGACTAAAGCAGCCAAGCAGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102084 TATTTCTCTGAGCGTGGTGATGCAGTGACTAAAGCAGCCAAGCAGCCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 TGTG         GGTGATTATCGGCAGCTGGTGCACGAGCTGGATGAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102134 TGTGGTA...CAGGGTGATTATCGGCAGCTGGTGCACGAGCTGGATGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620 CAGAGTACCGGGACATCCGGCTGATGGTCATGGAGATCCGCAATGCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102249 CAGAGTACCGGGACATCCGGCTGATGGTCATGGAGATCCGCAATGCTTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670          GCTGTGTTATATGACATCATCCTGAAGAACTTCGAGAAGCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102299 GTG...TAGGCTGTGTTATATGACATCATCCTGAAGAACTTCGAGAAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .
    711 CAAGAAGCCCAGGGGAGAAACAAAGGGAATGATCTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102515 CAAGAAGCCCAGGGGAGAAACAAAGGGAATGATCTAT