seq1 = pF1KE1450.tfa, 1284 bp
seq2 = pF1KE1450/gi568815596f_168728420.tfa (gi568815596f:168728420_168964967), 236548 bp

>pF1KE1450 1284
>gi568815596f:168728420_168964967 (Chr2)

1-26  (99776-99801)   100% ->
27-108  (100001-100082)   100% ->
109-177  (103053-103119)   97% ->
178-270  (105814-105906)   100% ->
271-396  (114573-114698)   100% ->
397-495  (122665-122763)   100% ->
496-621  (122860-122985)   100% ->
622-730  (126933-127041)   100% ->
731-819  (128271-128359)   100% ->
820-945  (131093-131218)   100% ->
946-1060  (132376-132490)   100% ->
1061-1150  (133541-133630)   100% ->
1151-1284  (136415-136548)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAATCCACAGCGGACCTGCATCA         AAAACTTGGCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  99776 ATGAAATCCACAGCGGACCTGCATCAGTG...CAGAAAACTTGGCAAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AATTGAATTGGAAGCAATAAAACCGACTTATCAAGTCCTAAATGTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 AATTGAATTGGAAGCAATAAAACCGACTTATCAAGTCCTAAATGTACAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAAGAAGAGAAAATCA         CTTGACAATGAAGTTGAAAAGACA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100066 AGAAGAAGAGAAAATCAGTG...TAGCTTGACAATGAAGTTGAAAAGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCAAATCTTGTCATTAGCAACTGGAATCAGCAAATTAAGGCCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-||->>>..
 103077 GCAAATCTTGTCATTAGCAACTGGAATCAGCAAATTAAGGC AA GTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    178     AAGAAATTAATGGTTAGTACCAAGAAACATGAAGCACTTTTCCAGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103125 .AAGAAGAAATTAATGGTTAGTACCAAGAAACATGAAGCACTTTTCCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TTGTAGAAAGCTCCAAGCAATCTATGACTGAGAAGGAGAAGCGGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 105860 TTGTAGAAAGCTCCAAGCAATCTATGACTGAGAAGGAGAAGCGGAAGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    271       CTCCTCAATAAACTGACAAAATCAACTGAAAAGTTGGAAAAGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105910 ...TAGCTCCTCAATAAACTGACAAAATCAACTGAAAAGTTGGAAAAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGATGAAAATTACTACCAAAAAAACATGGCGGGTTATTCTACCAGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114617 AGATGAAAATTACTACCAAAAAAACATGGCGGGTTATTCTACCAGACTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AATGGGAAAACACACTAGAGAACTGCTACCAG         AGCATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 114667 AATGGGAAAACACACTAGAGAACTGCTACCAGGTA...CAGAGCATTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GAGCTGGAGAAGGAAAGAATTCAACTTTTATGCAATAACTTAAACCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122674 GAGCTGGAGAAGGAAAGAATTCAACTTTTATGCAATAACTTAAACCAGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CAGCCAACATATTTCTCTTTTTGGCCAAACCCTGACCACA         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 122724 CAGCCAACATATTTCTCTTTTTGGCCAAACCCTGACCACAGTG...CAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 GCCACACGCAGATTCACTGTGCCATCAGCAAGATTGACATTGAAAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122861 GCCACACGCAGATTCACTGTGCCATCAGCAAGATTGACATTGAAAAAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATCCAGGCTGTAATGGAAGAAACTGCAATTTTATCTACAGAAAACAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122911 ATCCAGGCTGTAATGGAAGAAACTGCAATTTTATCTACAGAAAACAAATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGAGTTCCTGTTAACGGATTACTTT         GAAGAAGATCCTAACA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 122961 TGAGTTCCTGTTAACGGATTACTTTGTG...AAGGAAGAAGATCCTAACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GTGCAATGGATAAAGAGAGACGAAAGTCTTTACTAAAACCAAAATTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126949 GTGCAATGGATAAAGAGAGACGAAAGTCTTTACTAAAACCAAAATTATTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AGACTGCAGAGAGACATTGAAAAAGCCTCAAAAGACAAGGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 126999 AGACTGCAGAGAGACATTGAAAAAGCCTCAAAAGACAAGGAAGGTG...C

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    731   GCCTGGAACGAATGCTTAAAACGTACTCCAGCACCTCCTCCTTCTCTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128269 AGGCCTGGAACGAATGCTTAAAACGTACTCCAGCACCTCCTCCTTCTCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATGCAAAGAGCCAGAAAGACACAGCAGCGTTAATGGATGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 128319 ATGCAAAGAGCCAGAAAGACACAGCAGCGTTAATGGATGAGGTA...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AACAATTTGAAACTAGACCTTTTGGAAGCGAACTCCTACAAACTGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131093 AACAATTTGAAACTAGACCTTTTGGAAGCGAACTCCTACAAACTGTCATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 AATGTTAGCAGAACTTGAGCAAAGACCTCAACCCAGCCATCCTTGTAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131143 AATGTTAGCAGAACTTGAGCAAAGACCTCAACCCAGCCATCCTTGTAGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ATTCCATCTTCAGGTGGAGGGAAAAG         GAGCATACTCATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 131193 ATTCCATCTTCAGGTGGAGGGAAAAGGTA...CAGGAGCATACTCATAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 TATGTGAAAATATCTCGGCCTTTTTTAATGAAGAGATTAGAGAATATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132391 TATGTGAAAATATCTCGGCCTTTTTTAATGAAGAGATTAGAGAATATTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GAGCAAGGCATCTTCTGGTGGGCAGAGCAATCCAGGTTCTTCAACTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132441 GAGCAAGGCATCTTCTGGTGGGCAGAGCAATCCAGGTTCTTCAACTCCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061          CCCCTGGTGCAGCCCAGCTCAGCAGCAGACTTTGCAAGGCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132491 GTA...CAGCCCCTGGTGCAGCCCAGCTCAGCAGCAGACTTTGCAAGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 TTGTATTCTTTTCAAGCCAGGCAAGATGATGAGTTGAATTTGGAAAAGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 133582 TTGTATTCTTTTCAAGCCAGGCAAGATGATGAGTTGAATTTGGAAAAGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151         GTGACATTGTGATTATACACGAGAAAAAAGAAGAAGGATGGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 133632 TA...CAGGTGACATTGTGATTATACACGAGAAAAAAGAAGGAGGATGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GGTTTGGATCTTTGAATGGGAAAAAAGGCCATTTTCCTGCCGCTTATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136457 GGTTTGGATCTTTGAATGGGAAAAAAGGCCATTTTCCTGCCGCTTATGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GAGGAGTTACCTTCAAATGCTGGCAACACAGCTACAAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136507 GAGGAGTTACCTTCAAATGCTGGCAACACAGCTACAAAGGCA