seq1 = pF1KE1448.tfa, 1089 bp
seq2 = pF1KE1448/gi568815593f_78977478.tfa (gi568815593f:78977478_79188571), 211094 bp

>pF1KE1448 1089
>gi568815593f:78977478_79188571 (Chr5)

1-33  (92306-92338)   100% ->
34-166  (100003-100135)   100% ->
167-258  (101892-101983)   100% ->
259-450  (103210-103401)   100% ->
451-598  (105332-105479)   100% ->
599-781  (105715-105897)   100% ->
782-1010  (106151-106379)   100% ->
1011-1089  (111016-111094)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACCTGCTGGACGCCCGGGGGCCAAGAAG         GGGATTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  92306 ATGGCACCTGCTGGACGCCCGGGGGCCAAGAAGGTG...CAGGGGATTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGAGCGCCTGGAGAGTGGGGAGGTTGTGATTGGAGATGGCAGCTTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 GGAGCGCCTGGAGAGTGGGGAGGTTGTGATTGGAGATGGCAGCTTTCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTACTCTGGAGAAGAGAGGCTATGTGAAGGCTGGGCTCTGGACTCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100061 TTACTCTGGAGAAGAGAGGCTATGTGAAGGCTGGGCTCTGGACTCCAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAGTGATAGAACACCCAGACGCAG         TTCGTCAACTTCACAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100111 GCAGTGATAGAACACCCAGACGCAGGTT...TAGTTCGTCAACTTCACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAATTCTTGAGAGCAGGATCAAATGTCATGCAGACTTTTACCTTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101908 GGAATTCTTGAGAGCAGGATCAAATGTCATGCAGACTTTTACCTTTTCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAGTGAGGACAATATGGAAAGCAAG         TGGGAAGATGTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101958 CCAGTGAGGACAATATGGAAAGCAAGGTA...CAGTGGGAAGATGTAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCTGCTGCCTGTGACCTCGCCAGGGAAGTGGCTGGCAAAGGTGATGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103225 GCTGCTGCCTGTGACCTCGCCAGGGAAGTGGCTGGCAAAGGTGATGCTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTAGCAGGGGGGATCTGCCAGACATCAATATACAAATACCAGAAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103275 GGTAGCAGGGGGGATCTGCCAGACATCAATATACAAATACCAGAAGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGCTAGAATTAAAAAACTTTTTCGACAACAGCTAGAAGTTTTTGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103325 AAGCTAGAATTAAAAAACTTTTTCGACAACAGCTAGAAGTTTTTGCCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAAATGTGGACTTCTTGATTGCAGAG         TATTTTGAGCACGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103375 AAAAATGTGGACTTCTTGATTGCAGAGGTG...TAGTATTTTGAGCACGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGAAGAAGCTGTGTGGGCTGTGGAAGTCTTAAAAGAATCAGATAGACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105346 TGAAGAAGCTGTGTGGGCTGTGGAAGTCTTAAAAGAATCAGATAGACCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGCAGTTACCATGTGCATAGGCCCAGAGGGAGACATGCATGATATAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105396 TGGCAGTTACCATGTGCATAGGCCCAGAGGGAGACATGCATGATATAACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCCGGAGAATGTGCTGTGAGGCTGGTGAAGGCAG         GGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105446 CCCGGAGAATGTGCTGTGAGGCTGGTGAAGGCAGGTA...CAGGGGCTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATCGTTGGCGTGAACTGCCGCTTTGGGCCCGACACCAGCTTGAAGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105722 CATCGTTGGCGTGAACTGCCGCTTTGGGCCCGACACCAGCTTGAAGACGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGAGCTCATGAAGGAGGGTCTTGAGTGGGCAGGGCTGAAAGCGCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105772 TGGAGCTCATGAAGGAGGGTCTTGAGTGGGCAGGGCTGAAAGCGCACCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATGGTGCAGCCTCTGGGGTTCCACGCGCCTGACTGTGGCAAAGAGGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105822 ATGGTGCAGCCTCTGGGGTTCCACGCGCCTGACTGTGGCAAAGAGGGGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTGGATCTCCCAGAATATCCCTTTG         GACTGGAGTCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 105872 TGTGGATCTCCCAGAATATCCCTTTGGTA...CAGGACTGGAGTCCAGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGCCACCAGATGGGATATTCAAAAATACGCCAGAGAGGCCTACAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106166 TTGCCACCAGATGGGATATTCAAAAATACGCCAGAGAGGCCTACAACCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGGGTCAGGTACATTGGCGGGTGCTGTGGATTTGAGCCCTACCACATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106216 GGGGTCAGGTACATTGGCGGGTGCTGTGGATTTGAGCCCTACCACATCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGCAATTGCAGAGGAGCTGGCCCCAGAAAGGGGCTTTTTGCCACCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106266 GGCAATTGCAGAGGAGCTGGCCCCAGAAAGGGGCTTTTTGCCACCAGCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CAGAAAAACACGGCAGCTGGGGAAGTGGTTTGGACATGCACACCAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106316 CAGAAAAACACGGCAGCTGGGGAAGTGGTTTGGACATGCACACCAAACCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TGGATTAGAGCAAG         GGCTCGAAGGGAGTATTGGGAGAATCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106366 TGGATTAGAGCAAGGTA...CAGGGCTCGAAGGGAGTATTGGGAGAATCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCTGCCAGCTTCAGGCAGACCTTTCTGTCCTTCGCTGTCAAAGCCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111043 GCTGCCAGCTTCAGGCAGACCTTTCTGTCCTTCGCTGTCAAAGCCAGACT

   1150 
   1088 TC
        ||
 111093 TC