seq1 = pF1KE1447.tfa, 876 bp
seq2 = pF1KE1447/gi568815596f_137864492.tfa (gi568815596f:137864492_138114127), 249636 bp

>pF1KE1447 876
>gi568815596f:137864492_138114127 (Chr2)

1-137  (100001-100137)   100% ->
138-190  (105674-105726)   100% ->
191-298  (136427-136534)   100% ->
299-429  (137573-137703)   100% ->
430-523  (140641-140734)   100% ->
524-876  (149284-149636)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCATCTTCCATGAGGAGCTTGTTTTCTGACCACGGGAAATATGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCATCTTCCATGAGGAGCTTGTTTTCTGACCACGGGAAATATGTTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCTTTCCGGAGGTTTCTCAACCATTCCACGGAACACCAGTGCATGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCTTTCCGGAGGTTTCTCAACCATTCCACGGAACACCAGTGCATGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AATTCATGGACAAGAAGCTGCCAGGCATAATAGGAAG         GATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100101 AATTCATGGACAAGAAGCTGCCAGGCATAATAGGAAGGTA...CAGGATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAGACACAAAATCAGAAATTAAGATTCTAAGCATAGGCGGAGGTGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105678 GGAGACACAAAATCAGAAATTAAGATTCTAAGCATAGGCGGAGGTGCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191         GTGAAATTGATCTTCAAATTCTCTCCAAAGTTCAGGCTCAAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105728 TA...TAGGTGAAATTGATCTTCAAATTCTCTCCAAAGTTCAGGCTCAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCCAGGAGTTTGTATCAACAATGAAGTTGTTGAGCCAAGTGCTGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136469 ACCCAGGAGTTTGTATCAACAATGAAGTTGTTGAGCCAAGTGCTGAACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTGCCAAATACAAAG         AGCTTGTAGCCAAGACATCGAACCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 136519 ATTGCCAAATACAAAGGTA...TAGAGCTTGTAGCCAAGACATCGAACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGAGAACGTAAAGTTTGCTTGGCATAAGGAGACATCATCTGAATACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137598 CGAGAACGTAAAGTTTGCTTGGCATAAGGAGACATCATCTGAATACCAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTAGAATGTTGGAGAAAAAGGAGCTTCAAAAGTGGGACTTTATTCATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137648 GTAGAATGTTGGAGAAAAAGGAGCTTCAAAAGTGGGACTTTATTCATATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATTCAA         ATGCTGTATTATGTAAAAGACATCCCAGCTACCCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137698 ATTCAAGTA...TAGATGCTGTATTATGTAAAAGACATCCCAGCTACCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAAATTCTTCCATAGTCTCTTAGGTACCAATGCTAAGATGCTCATTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140676 GAAATTCTTCCATAGTCTCTTAGGTACCAATGCTAAGATGCTCATTATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGTGTCAG         GAAGCAGTGGCTGGGACAAGCTGTGGAAAAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 140726 TTGTGTCAGGTA...CAGGAAGCAGTGGCTGGGACAAGCTGTGGAAAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TACGGATCACGCTTTCCCCAGGATGACCTCTGCCAGTATATCACATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149316 TACGGATCACGCTTTCCCCAGGATGACCTCTGCCAGTATATCACATCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGACCTCACTCAGATGCTGGACAACCTAGGGCTTAAGTATGAGTGCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149366 TGACCTCACTCAGATGCTGGACAACCTAGGGCTTAAGTATGAGTGCTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACCTTTTGTCCACCATGGATATATCTGACTGCTTTATTGATGGTGATGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 149416 ACCTTTTGTCCACCATGGATATATCTGACTGCTTTATTGATGGTAATGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AATGGAGACCTGCTTTGGGATTTTTTGACTGAAACCTGCAACTTTAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149466 AATGGAGACCTGCTTTGGGATTTTTTGACTGAAACCTGCAACTTTAATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CACAGCACCACCTGATCTCAGAGCAGAGCTTGGGAAAGATCTACAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149516 CACAGCACCACCTGATCTCAGAGCAGAGCTTGGGAAAGATCTACAAGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGAATTTAGTGCTAAGAAAGAGGGGAAGGTTCTTTTTAATAATACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149566 CTGAATTTAGTGCTAAGAAAGAGGGGAAGGTTCTTTTTAATAATACTCTG

    900     .    :    .    :
    856 AGTTTCATAGTGATTGAGGCA
        |||||||||||||||||||||
 149616 AGTTTCATAGTGATTGAGGCA