seq1 = pF1KE1446.tfa, 975 bp
seq2 = pF1KE1446/gi568815597f_32122537.tfa (gi568815597f:32122537_32331193), 208657 bp

>pF1KE1446 975
>gi568815597f:32122537_32331193 (Chr1)

1-96  (100000-100094)   98% ->
97-184  (101498-101585)   100% ->
185-250  (101874-101939)   100% ->
251-400  (103635-103784)   100% ->
401-528  (103867-103994)   100% ->
529-639  (105963-106073)   100% ->
640-729  (106191-106280)   100% ->
730-803  (106599-106672)   100% ->
804-896  (108391-108483)   100% ->
897-975  (108579-108657)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCCGATCCTACTGCAGGGCCATGAGCGGTCCATTACGCAGATTAA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GAAGCCGATCCTACTGCAGGGCCATGAGCGGTCCATTACGCAGATTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTATAACCGCGAAGGAGACCTCCTCTTTACTGTGGCCAAGGACCCT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100049 GTATAACCGCGAAGGAGACCTCCTCTTTACTGTGGCCAAGGACCCTGTG.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      ATCGTCAATGTATGGTACTCTGTGAATGGTGAGAGGCTGGGCACC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 ..CAGATCGTCAATGTATGGTACTCTGTGAATGGTGAGAGGCTGGGCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACATGGGCCATACCGGAGCTGTGTGGTGTGTGGACGCTGACT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101543 TACATGGGCCATACCGGAGCTGTGTGGTGTGTGGACGCTGACTGTA...C

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    185   GGGACACCAAGCATGTCCTCACTGGCTCAGCTGACAACAGCTGTCGTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101872 AGGGGACACCAAGCATGTCCTCACTGGCTCAGCTGACAACAGCTGTCGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTGGGACTGTGAAACAG         GAAAGCAGCTGGCCCTTCTCAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101922 TCTGGGACTGTGAAACAGGTA...CAGGAAAGCAGCTGGCCCTTCTCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACCAATTCGGCTGTCCGGACCTGCGGTTTTGACTTTGGGGGCAACATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103658 ACCAATTCGGCTGTCCGGACCTGCGGTTTTGACTTTGGGGGCAACATCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATGTTCTCCACGGACAAGCAGATGGGCTACCAGTGCTTTGTGAGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103708 CATGTTCTCCACGGACAAGCAGATGGGCTACCAGTGCTTTGTGAGCTTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGACCTGCGGGATCCGAGCCAGATTG         ACAACAATGAGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103758 TTGACCTGCGGGATCCGAGCCAGATTGGTG...CAGACAACAATGAGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TACATGAAGATCCCTTGCAATGACTCTAAAATCACCAGTGCTGTTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103881 TACATGAAGATCCCTTGCAATGACTCTAAAATCACCAGTGCTGTTTGGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACCCCTGGGGGAGTGCATCATCGCTGGCCATGAGAGTGGAGAGCTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103931 ACCCCTGGGGGAGTGCATCATCGCTGGCCATGAGAGTGGAGAGCTCAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGTATAGTGCCAAG         TCTGGAGAGGTGTTGGTGAATGTTAAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103981 AGTATAGTGCCAAGGTA...TAGTCTGGAGAGGTGTTGGTGAATGTTAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGCACTCCCGGCAGATCAACGACATCCAGTTATCCAGGGACATGACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105990 GAGCACTCCCGGCAGATCAACGACATCCAGTTATCCAGGGACATGACCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTTTGTGACCGCGTCCAAGGACAACACAGCCAAG         CTTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 106040 GTTTGTGACCGCGTCCAAGGACAACACAGCCAAGGTG...CAGCTTTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACTCCACAACTCTTGAACATCAGAAGACTTTCCGGACAGAACGTCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106198 ACTCCACAACTCTTGAACATCAGAAGACTTTCCGGACAGAACGTCCTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AACTCAGCTGCCCTCTCCCCCAACTATGACCAT         GTGGTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106248 AACTCAGCTGCCCTCTCCCCCAACTATGACCATGTA...CAGGTGGTCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGGCGGTGGTCAGGAAGCCATGGATGTAACCACAACCTCCACCAGGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106607 GGGCGGTGGTCAGGAAGCCATGGATGTAACCACAACCTCCACCAGGATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCAAGTTTGAGGCCAG         GTTCTTCCATTTGGCCTTTGAAGAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106657 GCAAGTTTGAGGCCAGGTA...CAGGTTCTTCCATTTGGCCTTTGAAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAGTTTGGAAGAGTCAAGGGTCACTTTGGACCTATCAACAGTGTTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108416 GAGTTTGGAAGAGTCAAGGGTCACTTTGGACCTATCAACAGTGTTGCCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCATCCTGATGGCAAGAG         CTACAGCAGCGGCGGCGAAGATG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108466 CCATCCTGATGGCAAGAGGTA...CAGCTACAGCAGCGGCGGCGAAGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GTTACGTCCGTATCCATTACTTCGACCCACAGTACTTCGAATTTGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108602 GTTACGTCCGTATCCATTACTTCGACCCACAGTACTTCGAATTTGAGTTT

   1050     .
    970 GAGGCT
        ||||||
 108652 GAGGCT