seq1 = pF1KE1444.tfa, 822 bp
seq2 = pF1KE1444/gi568815582r_69610979.tfa (gi568815582r:69610979_69818535), 207557 bp

>pF1KE1444 822
>gi568815582r:69610979_69818535 (Chr16)

(complement)

1-172  (99996-100166)   98% ->
173-303  (100283-100413)   100% ->
304-417  (103459-103572)   100% ->
418-519  (105407-105508)   100% ->
520-822  (107255-107557)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCGGCAGAAGAGCACTGATCGTACTGGCTCACTCAGAGAGGACGTC
         |-|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 CT GTAGGCAGAAGAGCACTGATCGTACTGGCTCACTCAGAGAGGACGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCAACTATGCCATGAAGGAGGCTGCTGCAGCGGCTTTGAAGAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100045 CTTCAACTATGCCATGAAGGAGGCTGCTGCAGCGGCTTTGAAGAAGAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GATGGGAGGTGGTGGAGTCGGACCTCTATGCCATGAACTTCAATCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100095 GATGGGAGGTGGTGGAGTCGGACCTCTATGCCATGAACTTCAATCCCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTTCCAGAAAGGACATCACAG         GTAAACTGAAGGACCCTGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100145 ATTTCCAGAAAGGACATCACAGGTA...CAGGTAAACTGAAGGACCCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAACTTTCAGTATCCTGCCGAGTCTGTTCTGGCTTATAAAGAAGGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100302 GAACTTTCAGTATCCTGCCGAGTCTGTTCTGGCTTATAAAGAAGGCCATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGAGCCCAGATATTGTGGCTGAACAAAAGAAGCTGGAAGCCGCAGACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100352 TGAGCCCAGATATTGTGGCTGAACAAAAGAAGCTGGAAGCCGCAGACCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGATATTCCAG         TTCCCCCTGCAGTGGTTTGGAGTCCCTGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100402 GTGATATTCCAGGTA...CAGTTCCCCCTGCAGTGGTTTGGAGTCCCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATTCTGAAAGGCTGGTTTGAGCGAGTGTTCATAGGAGAGTTTGCTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103488 CATTCTGAAAGGCTGGTTTGAGCGAGTGTTCATAGGAGAGTTTGCTTACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTTACGCTGCCATGTATGACAAAGGACCCTTCCGG         AGTAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103538 CTTACGCTGCCATGTATGACAAAGGACCCTTCCGGGTA...CAGAGTAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGGCAGTGCTTTCCATCACCACTGGTGGCAGTGGCTCCATGTACTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105413 AAGGCAGTGCTTTCCATCACCACTGGTGGCAGTGGCTCCATGTACTCTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCAAGGGATCCACGGGGACATGAATGTCATTCTCTGGCCAATTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105463 GCAAGGGATCCACGGGGACATGAATGTCATTCTCTGGCCAATTCAGGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    520      AGTGGCATTCTGCATTTCTGTGGCTTCCAAGTCTTAGAACCTCAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105513 ..CAGAGTGGCATTCTGCATTTCTGTGGCTTCCAAGTCTTAGAACCTCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGACATATAGCATTGGGCACACTCCAGCAGACGCCCGAATTCAAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107300 CTGACATATAGCATTGGGCACACTCCAGCAGACGCCCGAATTCAAATCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAAGGATGGAAGAAACGCCTGGAGAATATTTGGGATGAGACACCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107350 GGAAGGATGGAAGAAACGCCTGGAGAATATTTGGGATGAGACACCACTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATTTTGCTCCAAGCAGCCTCTTTGACCTAAACTTCCAGGCAGGATTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107400 ATTTTGCTCCAAGCAGCCTCTTTGACCTAAACTTCCAGGCAGGATTCTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATGAAAAAAGAGGTACAGGATGAGGAGAAAAACAAGAAATTTGGCCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107450 ATGAAAAAAGAGGTACAGGATGAGGAGAAAAACAAGAAATTTGGCCTTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGTGGGCCATCACTTGGGCAAGTCCATCCCAACTGACAACCAGATCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107500 TGTGGGCCATCACTTGGGCAAGTCCATCCCAACTGACAACCAGATCAAAG

    850     .
    815 CTAGAAAA
        ||||||||
 107550 CTAGAAAA