seq1 = pF1KE1441.tfa, 1236 bp
seq2 = pF1KE1441/gi568815577r_42750052.tfa (gi568815577r:42750052_42979495), 229444 bp

>pF1KE1441 1236
>gi568815577r:42750052_42979495 (Chr21)

(complement)

1-89  (100001-100089)   100% ->
90-155  (102729-102794)   100% ->
156-296  (105805-105945)   100% ->
297-453  (115900-116056)   99% ->
454-566  (117102-117214)   100% ->
567-627  (119774-119834)   100% ->
628-726  (123716-123814)   100% ->
727-791  (124870-124934)   100% ->
792-975  (125744-125927)   100% ->
976-1045  (127172-127241)   100% ->
1046-1236  (129254-129444)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGCTCTGTGGGACTGGCGTTGTGCGGGCAGACGTTGGTGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGCTCTGTGGGACTGGCGTTGTGCGGGCAGACGTTGGTGGTGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCGGCAGCCGATTCCTGGCCACCTCCATAGCAAGCAG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100051 GGGCGGCAGCCGATTCCTGGCCACCTCCATAGCAAGCAGGTG...TAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGATGACAGCCTCTTCATCTATGACTGCAGTGCTGCAGAAAAGAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102731 ATGATGACAGCCTCTTCATCTATGACTGCAGTGCTGCAGAAAAGAAGTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAAGAAAATAAAGG         GGAGGACGCGCCCTTGGACCAGGGGAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102781 CAAGAAAATAAAGGGTG...CAGGGAGGACGCGCCCTTGGACCAGGGGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGGTGCGATTCTGGCGTCCACCTTCTCCAAGTCTGGCAGCTATTTTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105832 CGGTGCGATTCTGGCGTCCACCTTCTCCAAGTCTGGCAGCTATTTTGCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAACCGATGACAGTAAGCGTCTGATTCTTTTCCGTACAAAACCATGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105882 TAACCGATGACAGTAAGCGTCTGATTCTTTTCCGTACAAAACCATGGCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGTCTGAGTGTCAG         GACCGTGGCAAGGAGGTGTACAGCCCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105932 TGTCTGAGTGTCAGGTA...TAGGACCGTGGCAAGGAGGTGTACAGCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GACTTTCATAGCCTCGGAGGAGAAGGTCTTGGTGGCCGACAAGTCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115927 GACTTTCATAGCCTCGGAGGAGAAGGTCTTGGTGGCCGACAAGTCTGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACGTCTACTCCTTTTCGGTGCTGGAGCCACACGGGTGTGGCCGTCTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115977 ACGTCTACTCCTTTTCGGTGCTGGAGCCACACGGGTGTGGCCGTCTAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGGACACCTGTCTATGCTGTTAGATGTG         GCTGTGAGTCC
        ||||| ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 116027 CTGGGGCACCTGTCTATGCTGTTAGATGTGGTA...CAGGCTGTGAGTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGATGACCGCTTCATCCTCACTGCCGACCGGGACGAGAAGATCCGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117113 TGATGACCGCTTCATCCTCACTGCCGACCGGGACGAGAAGATCCGAGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCTGGGCCGCGGCGCCCCATAGCATCGAGTCCTTCTGCTTGGGGCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117163 GCTGGGCCGCGGCGCCCCATAGCATCGAGTCCTTCTGCTTGGGGCACACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GA         GTTTGTGAGCCGTATCTCCGTGGTGCCAACTCAGCCCGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117213 GAGTG...CAGGTTTGTGAGCCGTATCTCCGTGGTGCCAACTCAGCCCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTGCTTCTGTCCTCCTCTGGG         GACGGCACCCTGAGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 119813 GCTGCTTCTGTCCTCCTCTGGGGTA...CAGGACGGCACCCTGAGGCTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGGAGTACAGGAGCGGCCGCCAGCTGCACTGCTGTCACCTGGCCAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123735 GGGAGTACAGGAGCGGCCGCCAGCTGCACTGCTGTCACCTGGCCAGTCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGGAGCTGGTGGACCCCCAGGCCCCCCAG         AAGTTTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 123785 CAGGAGCTGGTGGACCCCCAGGCCCCCCAGGTA...TAGAAGTTTGCCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GTCCAGGATTGCATTCTGGTGCCAGGAGAACTGCGTGGCGCTCCTGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124881 GTCCAGGATTGCATTCTGGTGCCAGGAGAACTGCGTGGCGCTCCTGTGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACGG         CACTCCTGTGGTCTACATCTTCCAGCTGGACGCCCGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124931 ACGGGTA...AAGCACTCCTGTGGTCTACATCTTCCAGCTGGACGCCCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGACAGCAGTTGGTGTACAGGCAGCAGCTGGCGTTCCAGCACCAAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125781 AGACAGCAGTTGGTGTACAGGCAGCAGCTGGCGTTCCAGCACCAAGTGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGACGTGGCTTTCGAGGAGACCCAGGGGCTGTGGGTGCTCCAGGACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125831 GGACGTGGCTTTCGAGGAGACCCAGGGGCTGTGGGTGCTCCAGGACTGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGGAAGCCCCCCTGGTGCTCTACAGGCCTGTGGGCGACCAGTGGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 125881 AGGAAGCCCCCCTGGTGCTCTACAGGCCTGTGGGCGACCAGTGGCAGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    976       TCTGTTCCTGAGAGCACCGTGTTAAAGAAAGTCTCTGGTGTTCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125931 ...CAGTCTGTTCCTGAGAGCACCGTGTTAAAGAAAGTCTCTGGTGTTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCGTGGGAACTGGGCCATGCTGGAAG         GCTCTGCCGGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 127216 TCGTGGGAACTGGGCCATGCTGGAAGGTG...CAGGCTCTGCCGGCGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ACGCCAGCTTCAGCAGTCTCTACAAGGCCACGTTCGACAACGTGACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129269 ACGCCAGCTTCAGCAGTCTCTACAAGGCCACGTTCGACAACGTGACCTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TACCTGAAGAAGAAAGAGGAGAGACTGCAGCAGCAGCTAGAGAAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129319 TACCTGAAGAAGAAAGAGGAGAGACTGCAGCAGCAGCTAGAGAAGAAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GCGGCGCCGGAGTCCCCCGCCTGGGCCCGACGGGCATGCCAAGAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129369 GCGGCGCCGGAGTCCCCCGCCTGGGCCCGACGGGCATGCCAAGAAGATGA

   1300     .    :    .    :    .
   1211 GACCGGGGGAGGCGACGCTAAGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||
 129419 GACCGGGGGAGGCGACGCTAAGTTGC