seq1 = pF1KE1440.tfa, 1047 bp
seq2 = pF1KE1440/gi568815595r_13718947.tfa (gi568815595r:13718947_13979816), 260870 bp

>pF1KE1440 1047
>gi568815595r:13718947_13979816 (Chr3)

(complement)

1-71  (100001-100071)   100% ->
72-298  (104644-104870)   100% ->
299-570  (125014-125285)   100% ->
571-1047  (160394-160870)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCGGAAAGCGCGGCGCTGCCTGGGCCACCTCTTTCTCAGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACCGGAAAGCGCGGCGCTGCCTGGGCCACCTCTTTCTCAGCCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGGTCTACCTCCGGATCGG         TGGCTTCTCCTCAGTGGTAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100051 CATGGTCTACCTCCGGATCGGGTA...CAGTGGCTTCTCCTCAGTGGTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCTGGGCGCAAGCATCATCTGTAACAAGATCCCAGGCCTGGCTCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104664 CTCTGGGCGCAAGCATCATCTGTAACAAGATCCCAGGCCTGGCTCCCAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCGGGCGATCTGCCAGAGCCGGCCCGACGCCATCATCGTCATAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104714 CAGCGGGCGATCTGCCAGAGCCGGCCCGACGCCATCATCGTCATAGGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGCTCACAAATGGGCCTGGACGAGTGTCAGTTTCAGTTCCGCAATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104764 AGGCTCACAAATGGGCCTGGACGAGTGTCAGTTTCAGTTCCGCAATGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTGGAACTGCTCTGCACTGGGAGAGCGCACCGTCTTCGGGAAGGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104814 GCTGGAACTGCTCTGCACTGGGAGAGCGCACCGTCTTCGGGAAGGAGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAAGTGG         GGAGCCGGGAGGCTGCGTTCACCTACGCCATCAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104864 AAAGTGGGTA...CAGGGAGCCGGGAGGCTGCGTTCACCTACGCCATCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCCGCCGGCGTGGCCCACGCCATCACAGCTGCCTGTACCCAGGGCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125048 TGCCGCCGGCGTGGCCCACGCCATCACAGCTGCCTGTACCCAGGGCAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGAGCGACTGTGGCTGCGACAAAGAGAAGCAAGGCCAGTACCACCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125098 TGAGCGACTGTGGCTGCGACAAAGAGAAGCAAGGCCAGTACCACCGGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGGGCTGGAAGTGGGGTGGCTGCTCTGCCGACATCCGCTACGGCATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125148 GAGGGCTGGAAGTGGGGTGGCTGCTCTGCCGACATCCGCTACGGCATCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTTCGCCAAGGTCTTTGTGGATGCCCGGGAGATCAAGCAGAATGCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125198 CTTCGCCAAGGTCTTTGTGGATGCCCGGGAGATCAAGCAGAATGCCCGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTCTCATGAACTTGCACAACAACGAGGCAGGCCGAAAG         ATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 125248 CTCTCATGAACTTGCACAACAACGAGGCAGGCCGAAAGGTA...CAGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTGGAGGAGAACATGAAGCTGGAATGTAAGTGCCACGGCGTGTCAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160397 CTGGAGGAGAACATGAAGCTGGAATGTAAGTGCCACGGCGTGTCAGGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTGCACCACCAAGACGTGCTGGACCACACTGCCACAGTTTCGGGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160447 GTGCACCACCAAGACGTGCTGGACCACACTGCCACAGTTTCGGGAGCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCTACGTGCTCAAGGACAAGTACAACGAGGCCGTTCACGTGGAGCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160497 GCTACGTGCTCAAGGACAAGTACAACGAGGCCGTTCACGTGGAGCCTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CGTGCCAGCCGCAACAAGCGGCCCACCTTCCTGAAGATCAAGAAGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160547 CGTGCCAGCCGCAACAAGCGGCCCACCTTCCTGAAGATCAAGAAGCCACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GTCGTACCGCAAGCCCATGGACACGGACCTGGTGTACATCGAGAAGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160597 GTCGTACCGCAAGCCCATGGACACGGACCTGGTGTACATCGAGAAGTCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CCAACTACTGCGAGGAGGACCCGGTGACCGGCAGTGTGGGCACCCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160647 CCAACTACTGCGAGGAGGACCCGGTGACCGGCAGTGTGGGCACCCAGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CGCGCCTGCAACAAGACGGCTCCCCAGGCCAGCGGCTGTGACCTCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160697 CGCGCCTGCAACAAGACGGCTCCCCAGGCCAGCGGCTGTGACCTCATGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CTGTGGGCGTGGCTACAACACCCACCAGTACGCCCGCGTGTGGCAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160747 CTGTGGGCGTGGCTACAACACCCACCAGTACGCCCGCGTGTGGCAGTGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ACTGTAAGTTCCACTGGTGCTGCTATGTCAAGTGCAACACGTGCAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160797 ACTGTAAGTTCCACTGGTGCTGCTATGTCAAGTGCAACACGTGCAGCGAG

   1050     .    :    .    :
   1024 CGCACGGAGATGTACACGTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||
 160847 CGCACGGAGATGTACACGTGCAAG