seq1 = pF1KE1438.tfa, 885 bp
seq2 = pF1KE1438/gi568815592f_42860768.tfa (gi568815592f:42860768_43063703), 202936 bp

>pF1KE1438 885
>gi568815592f:42860768_43063703 (Chr6)

1-206  (100001-100206)   100% ->
207-334  (101445-101572)   100% ->
335-451  (101995-102111)   100% ->
452-594  (102305-102447)   100% ->
595-716  (102561-102682)   100% ->
717-885  (102768-102936)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGACAGCGTGTACCGGACCCGCTCCCTGGGGGTGGCGGCCGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGACAGCGTGTACCGGACCCGCTCCCTGGGGGTGGCGGCCGAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCCCGGACCAGTACGCGGACGGGGAGGCGGCGCGCGTGTGGCAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCCCGGACCAGTACGCGGACGGGGAGGCGGCGCGCGTGTGGCAGCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATATCGGAGACACCCGCAGCCGCACCGCCGAGTACAAGGCATGGCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATATCGGAGACACCCGCAGCCGCACCGCCGAGTACAAGGCATGGCTGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGCTGCTGCGCCAGCACGGCTGCCAGCGGGTGCTCGACGTAGCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGCTGCTGCGCCAGCACGGCTGCCAGCGGGTGCTCGACGTAGCCTGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACTGG         GGTGGACTCCATTATGCTGGTGGAAGAGGGCTTCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACTGGGTG...CAGGGTGGACTCCATTATGCTGGTGGAAGAGGGCTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGTGACGAGTGTGGATGCCAGTGACAAGATGCTGAAGTATGCACTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101480 GTGTGACGAGTGTGGATGCCAGTGACAAGATGCTGAAGTATGCACTTAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGCGCTGGAACCGGCGGCACGAGCCCGCCTTCGACAAGTGGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101530 GAGCGCTGGAACCGGCGGCACGAGCCCGCCTTCGACAAGTGGGGTA...T

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    335   TCATCGAAGAAGCCAACTGGATGACTCTGGACAAAGATGTGCCCCAGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101993 AGTCATCGAAGAAGCCAACTGGATGACTCTGGACAAAGATGTGCCCCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGCAGAGGGTGGCTTTGATGCTGTCATCTGCCTTGGAAACAGTTTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102043 CAGCAGAGGGTGGCTTTGATGCTGTCATCTGCCTTGGAAACAGTTTCGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CACTTGCCAGACTGCAAAG         GGGACCAGAGTGAGCACCGGCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102093 CACTTGCCAGACTGCAAAGGTA...CAGGGGACCAGAGTGAGCACCGGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCGCTGAAAAACATTGCGAGCATGGTGCGGGCAGGGGGCCTACTGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102327 GGCGCTGAAAAACATTGCGAGCATGGTGCGGGCAGGGGGCCTACTGGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTGATCATCGCAACTACGACCACATCCTCAGTACAGGCTGTGCACCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102377 TTGATCATCGCAACTACGACCACATCCTCAGTACAGGCTGTGCACCCCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGGAAGAACATCTACTATAAG         AGTGACTTGACCAAGGACGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102427 GGGAAGAACATCTACTATAAGGTG...CAGAGTGACTTGACCAAGGACGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACAACATCAGTGCTGATAGTGAACAACAAGGCCCACATGGTGACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102581 CACAACATCAGTGCTGATAGTGAACAACAAGGCCCACATGGTGACCCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACTATACGGTGCAGGTGCCGGGGGCTGGCCAGGATGGCTCTCCTGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102631 ACTATACGGTGCAGGTGCCGGGGGCTGGCCAGGATGGCTCTCCTGGCTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AG         TAAGTTCCGGCTCTCCTACTACCCACACTGTCTGGCATC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102681 AGGTA...CAGTAAGTTCCGGCTCTCCTACTACCCACACTGTCTGGCATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTTCACGGAGCTGCTCCAAGCAGCCTTCGGAGGTAAGTGCCAGCACAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102807 CTTCACGGAGCTGCTCCAAGCAGCCTTCGGAGGTAAGTGCCAGCACAGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCCTGGGCGACTTCAAGCCTTACAAGCCAGGCCAAACCTACATTCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102857 TCCTGGGCGACTTCAAGCCTTACAAGCCAGGCCAAACCTACATTCCCTGC

    900     .    :    .    :    .    :
    856 TACTTCATCCACGTGCTCAAGAGGACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 102907 TACTTCATCCACGTGCTCAAGAGGACAGAC